PDB-5d3l: First bromodomain of BRD4 bound to inhibitor XD35

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d3l

タイトル

First bromodomain of BRD4 bound to inhibitor XD35

要素

Bromodomain-containing protein 4

キーワード

TRANSCRIPTION / Gene regulation / Bromodomain / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA polymerase II C-terminal domain binding / negative regulation of DNA damage checkpoint / P-TEFb complex binding / negative regulation by host of viral transcription / positive regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / histone reader activity / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / condensed nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Wohlwend, D. / Huegle, M.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
著者: Hugle, M. / Lucas, X. / Weitzel, G. / Ostrovskyi, D. / Breit, B. / Gerhardt, S. / Einsle, O. / Gunther, S. / Wohlwend, D.

履歴

登録	2015年8月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d3l.cif.gz	74.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d3l.ent.gz	54.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d3l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d3l_validation.pdf.gz	729.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d3l_full_validation.pdf.gz	729.9 KB	表示
XML形式データ	5d3l_validation.xml.gz	9.8 KB	表示
CIF形式データ	5d3l_validation.cif.gz	13.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/5d3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d3/5d3l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d24C 5d25C 5d26C 5d3hC 5d3jC 5d3nC 5d3pC 5d3rC 5d3sC 5d3tC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5n2m-d 4lyi-d 6xuz-d 4ogj-2 6sa2-d 4o7f-1 5c0v-4 6p05-d 5oww-1 6xv3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Bromodomain-containing protein 4

ヘテロ分子

15.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.580, 47.940, 58.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bromodomain-containing protein 4 / Protein HUNK1 分子量: 15099.380 Da / 分子数: 1 / 断片: First bromodomain, UNP residues 42-168 / 変異: T43M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BRD4, HUNK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O60885
#2: 化合物	ChemComp-57F / 4-acetyl-N-[5-(diethylsulfamoyl)-2-hydroxy-4-methylphenyl]-3-ethyl-5-methyl-1H-pyrrole-2-carboxamide 分子量: 435.537 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₉N₃O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.1 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG3350, Bis-tris, ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→37 Å / Num. obs: 18613 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.183 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 2693 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0071	精密化
SCALA	3.3.21	データスケーリング
PHASER		位相決定
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→37 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 2.741 / SU ML: 0.057 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.089 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20128	1850	10 %	RANDOM
R_work	0.17631	-	-	-
obs	0.17881	16718	96.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.011 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.06 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.42 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.36 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.5→37 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1062	0	30	195	1287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	1157
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1096
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.362	1.999	1585
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.791	3	2535
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.809	5	134
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.609	26	55
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.875	15	203
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	26.865	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	165
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	1318
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	259
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.249	0.671	527
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.248	0.671	526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.424	1.007	664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.424	1.008	665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.345	0.729	630
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.344	0.73	631
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.545	1.083	922
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.429	7.347	5105
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.065	6.627	4875
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.249	137	-
R_work	0.214	1226	-
obs	-	-	96.39 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3809	-0.7764	2.9493	1.44	-1.1861	5.9882	0.0625	0.3155	-0.0193	-0.0591	-0.064	-0.0991	0.0201	0.419	0.0015	0.0089	0.0084	0.0119	0.045	-0.0006	0.0296	17.0563	-8.9396	-26.8132
2	1.1326	-0.0848	-1.4073	1.0964	1.727	7.5529	0.0778	-0.0062	0.2896	-0.1071	0.0147	0.0116	-0.2935	-0.1693	-0.0925	0.0154	-0.0002	0.0138	0.0316	-0.0147	0.0891	-2.4623	-1.8666	-27.9674
3	7.0996	-1.2192	4.1374	1.3209	-0.5101	2.4568	-0.114	-0.2632	0.3456	0.2539	-0.1478	0.2329	-0.0387	-0.2125	0.2617	0.0707	-0.0023	0.0468	0.1041	-0.0799	0.0979	5.5106	-1.3127	-10.9506
4	2.3694	-0.3875	2.004	1.4991	-0.1653	2.622	0.0133	-0.0528	0.0376	0.1896	-0.0022	-0.1325	0.059	0.0508	-0.0111	0.0267	-0.0002	-0.0169	0.0161	-0.0051	0.0136	13.0885	-9.8267	-18.8271
5	3.6794	-2.1651	4.795	3.9189	-3.049	6.7999	0.1339	-0.1687	-0.0195	0.1428	-0.0189	0.242	0.146	-0.1501	-0.115	0.0245	-0.0207	0.0192	0.0358	-0.0141	0.0299	4.43	-13.156	-16.7879
6	4.0861	-3.8095	-2.8195	7.5426	-0.2037	3.964	-0.5995	-0.5412	-0.095	1.4963	0.5104	0.0689	-0.1995	0.3395	0.0891	0.4653	-0.083	-0.0032	0.2404	0.0201	0.0184	9.2294	-14.4884	-3.6263
7	3.3349	-0.2647	4.1901	0.8182	-0.2001	7.1997	-0.0055	-0.3121	0.186	0.1333	-0.0944	0.1304	0.1888	-0.2918	0.0999	0.0657	-0.0205	0.048	0.1146	-0.0354	0.119	-6.1584	-7.0266	-15.8596

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	42 - 55
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	56 - 69
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	70 - 85
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	86 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	124 - 137
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	138 - 151
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	152 - 168

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