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- PDB-5d2k: 4-oxalocrotonate decarboxylase from Pseudomonas putida G7 - compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d2k
タイトル4-oxalocrotonate decarboxylase from Pseudomonas putida G7 - complexed with magnesium and 2-oxoadipate
要素4-oxalocrotonate decarboxylase NahK
キーワードLYASE / naphthalene degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


2-oxopent-4-enoate hydratase activity / catabolic process / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4-oxalocrotonate decarboxylase / : / Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal / Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain superfamily / Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase C-terminal / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / 2-OXOADIPIC ACID / 4-oxalocrotonate decarboxylase NahK
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas putida (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.571 Å
データ登録者Guimaraes, S.L. / Nagem, R.A.P.
資金援助 ブラジル, 4件
組織認可番号国
CAPES ブラジル
FAPEMIGRDP-00174-10; EDT-0185-0.00-0; Rede-170/08 ブラジル
Brazilian National Council for Scientific and Technological Development (CNPq)482173/2010-6 ブラジル
VALE S.A.RDP-00174-10 ブラジル
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Crystal Structures of Apo and Liganded 4-Oxalocrotonate Decarboxylase Uncover a Structural Basis for the Metal-Assisted Decarboxylation of a Vinylogous beta-Keto Acid.
著者: Guimaraes, S.L. / Coitinho, J.B. / Costa, D.M. / Araujo, S.S. / Whitman, C.P. / Nagem, R.A.
履歴
登録2015年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月25日Group: Database references
改定 1.22019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-oxalocrotonate decarboxylase NahK
B: 4-oxalocrotonate decarboxylase NahK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,10320
ポリマ－57,8682
非ポリマー1,23518
水11,602644
1
A: 4-oxalocrotonate decarboxylase NahK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,55310
ポリマ－28,9341
非ポリマー6199
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 4-oxalocrotonate decarboxylase NahK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,55010
ポリマ－28,9341
非ポリマー6169
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.328, 44.411, 81.623
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4-oxalocrotonate decarboxylase NahK


分子量: 28934.121 Da / 分子数: 2 / 変異: L155P / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: from plasmid NAH7 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: nahK / プラスミド: pET28a-TEV
詳細 (発現宿主): The thrombin site in the original pET28a vector was replaced by the TEV site for tag cleavage
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1XGK3, 2-oxo-3-hexenedioate decarboxylase

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非ポリマー , 5種, 662分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-OOG / 2-OXOADIPIC ACID / 2-オキソアジピン酸


分子量: 160.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O5
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 644 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.57 % / 解説: needle-shaped
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: sodium acetate trihydrate, PEG 4000 / PH範囲: 8.5 - 10.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 1.461 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.461 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.571→40.78 Å / Num. obs: 69868 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 13.25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 29.704
反射 シェル解像度: 1.571→1.6 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 7.972 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AMoRE位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EB4

2eb4


解像度: 1.571→40.78 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1754 3471 4.97 %Random selection
Rwork0.1505 ---
obs0.1518 69848 99.77 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 17.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.571→40.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3976 0 80 644 4700
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084235
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1525740
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9351579
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047662
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004750
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5706-1.59210.22911230.17282629X-RAY DIFFRACTION98
1.5921-1.61480.19041280.16442616X-RAY DIFFRACTION100
1.6148-1.63890.19681430.16422646X-RAY DIFFRACTION100
1.6389-1.66450.1811590.15762614X-RAY DIFFRACTION100
1.6645-1.69180.22111310.15322628X-RAY DIFFRACTION100
1.6918-1.7210.22131530.1532664X-RAY DIFFRACTION100
1.721-1.75230.20961380.15672633X-RAY DIFFRACTION100
1.7523-1.7860.19231460.15482659X-RAY DIFFRACTION100
1.786-1.82250.18161500.15432604X-RAY DIFFRACTION100
1.8225-1.86210.19281460.15192653X-RAY DIFFRACTION100
1.8621-1.90540.1771370.15272628X-RAY DIFFRACTION100
1.9054-1.95310.1751400.14342661X-RAY DIFFRACTION100
1.9531-2.00590.18061440.15012641X-RAY DIFFRACTION100
2.0059-2.06490.17741450.14992634X-RAY DIFFRACTION100
2.0649-2.13150.1741440.15122647X-RAY DIFFRACTION100
2.1315-2.20770.17991280.14512704X-RAY DIFFRACTION100
2.2077-2.29610.16691310.15022613X-RAY DIFFRACTION100
2.2961-2.40060.20111650.14882665X-RAY DIFFRACTION100
2.4006-2.52710.17731400.15152659X-RAY DIFFRACTION100
2.5271-2.68540.17861100.15942683X-RAY DIFFRACTION100
2.6854-2.89270.19491290.16052683X-RAY DIFFRACTION100
2.8927-3.18370.18991430.15982701X-RAY DIFFRACTION100
3.1837-3.64420.16151200.14322702X-RAY DIFFRACTION100
3.6442-4.59030.12191320.12972715X-RAY DIFFRACTION100
4.5903-40.79370.16271460.15652695X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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