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- PDB-5d2a: Bifunctional dendrimers -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d2a
タイトルBifunctional dendrimers
要素
  • (ZDC-ALA-PRO-ALA-LYS-PHE-CYS-ALA-PRO-ALA-PHB- ...) x 2
  • Fucose-binding lectin
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / LectinB / Pseudomonas / Dendrimer / Biofilm / Bifunctional
機能・相同性
機能・相同性情報


single-species biofilm formation / carbohydrate binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Lectin, sugar-binding / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin / Calcium-mediated lectin superfamily / Fucose-binding lectin II (PA-IIL) / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-galactopyranose / P-HYDROXYBENZOIC ACID / Chem-ZDC / Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin PA-IIL
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.134 Å
データ登録者Michaud, G. / Visini, R. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.L.
引用ジャーナル: Chem Sci / 年: 2016
タイトル: Overcoming antibiotic resistance inPseudomonas aeruginosabiofilms using glycopeptide dendrimers.
著者: Michaud, G. / Visini, R. / Bergmann, M. / Salerno, G. / Bosco, R. / Gillon, E. / Richichi, B. / Nativi, C. / Imberty, A. / Stocker, A. / Darbre, T. / Reymond, J.L.
履歴
登録2015年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_validate_close_contact / struct_conn
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fucose-binding lectin
B: Fucose-binding lectin
C: ZDC-ALA-PRO-ALA-LYS-PHE-CYS-ALA-PRO-ALA-PHB-GAL
D: ZDC-ALA-PRO-ALA-LYS-PHE-CYS-ALA-PRO-ALA-PHB-GAL
E: ZDC-ALA-PRO-ALA-LYS-PHE-CYS-ALA-PRO-ALA-PHB-GAL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,51213
ポリマ－24,6215
非ポリマー8918
水1,42379
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area10090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.107, 105.107, 111.092
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Fucose-binding lectin / Fucose-binding lectin PA-IIL / Photopexin A / Pseudomonas aeruginosa genome assembly PAE221


分子量: 11734.707 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
遺伝子: lecB, ERS445055_01627, PA8380_17510, PAE221_03716, PAMH19_1713, YQ19_10010
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A069Q9V4, UniProt: Q9HYN5*PLUS

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ZDC-ALA-PRO-ALA-LYS-PHE-CYS-ALA-PRO-ALA-PHB- ... , 2種, 3分子 CDE

#2: タンパク質・ペプチド ZDC-ALA-PRO-ALA-LYS-PHE-CYS-ALA-PRO-ALA-PHB-GAL


分子量: 636.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: タンパク質・ペプチド ZDC-ALA-PRO-ALA-LYS-PHE-CYS-ALA-PRO-ALA-PHB-GAL


分子量: 257.286 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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糖 , 2種, 3分子

#6: 糖 ChemComp-GAL / beta-D-galactopyranose / beta-D-galactose / D-galactose / galactose / β-D-ガラクトピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGalpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GalpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GalSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖 ChemComp-ZDC / 3,7-anhydro-2,8-dideoxy-L-glycero-D-gluco-octonic acid


タイプ: D-saccharide / 分子量: 206.193 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14O6

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非ポリマー , 3種, 84分子

#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物 ChemComp-PHB / P-HYDROXYBENZOIC ACID / 4-ヒドロキシ安息香酸


分子量: 138.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O3
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.41 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 2M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→47.506 Å / Num. obs: 38033 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.28 % / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 14.95

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CE8

4ce8


解像度: 2.134→47.506 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 36.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.246 1995 9.68 %Random selection
Rwork0.205 18612 --
obs0.2091 20607 99.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.67 Å2 / Biso mean: 53.1255 Å2 / Biso min: 40.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.134→47.506 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1634 0 127 79 1840
Biso mean--86.07 52.04 -
残基数----228
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011784
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.322453
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051313
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005321
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.594566
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1342-2.18760.40591320.35811236136894
2.1876-2.24670.35011380.322812971435100
2.2467-2.31290.35381400.293812971437100
2.3129-2.38750.31591410.27541301144299
2.3875-2.47280.2991400.261413091449100
2.4728-2.57180.33891400.250513091449100
2.5718-2.68890.31571420.232413221464100
2.6889-2.83060.26871420.229813211463100
2.8306-3.00790.27951410.225913261467100
3.0079-3.24010.29721420.225913271469100
3.2401-3.56610.23561440.184313471491100
3.5661-4.08190.21061450.170613481493100
4.0819-5.14180.16151490.142213821531100
5.1418-47.51770.2151590.176514901649100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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