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万見
- PDB-5d22: Structure of ovine granulocyte-macrophage colony-stimulating factor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d22
タイトルStructure of ovine granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
要素Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
キーワードCYTOKINE / Signaling Protein / recombinant proteins / cytokine immunology
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / neutrophil differentiation / positive regulation of interleukin-23 production / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / myeloid dendritic cell differentiation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of podosome assembly ...granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / neutrophil differentiation / positive regulation of interleukin-23 production / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / positive regulation of leukocyte proliferation / myeloid dendritic cell differentiation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of podosome assembly / monocyte differentiation / macrophage differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / embryonic placenta development / cytokine activity / growth factor activity / cell population proliferation / immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.994 Å
データ登録者Felix, J. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of GM-CSF and IL-2 sequestration by the viral decoy receptor GIF.
著者: Jan Felix / Eaazhisai Kandiah / Steven De Munck / Yehudi Bloch / Gydo C P van Zundert / Kris Pauwels / Ann Dansercoer / Katka Novanska / Randy J Read / Alexandre M J J Bonvin / Bjorn ...著者: Jan Felix / Eaazhisai Kandiah / Steven De Munck / Yehudi Bloch / Gydo C P van Zundert / Kris Pauwels / Ann Dansercoer / Katka Novanska / Randy J Read / Alexandre M J J Bonvin / Bjorn Vergauwen / Kenneth Verstraete / Irina Gutsche / Savvas N Savvides /
要旨: Subversion of the host immune system by viruses is often mediated by molecular decoys that sequester host proteins pivotal to mounting effective immune responses. The widespread mammalian pathogen ...Subversion of the host immune system by viruses is often mediated by molecular decoys that sequester host proteins pivotal to mounting effective immune responses. The widespread mammalian pathogen parapox Orf virus deploys GIF, a member of the poxvirus immune evasion superfamily, to antagonize GM-CSF (granulocyte macrophage colony-stimulating factor) and IL-2 (interleukin-2), two pleiotropic cytokines of the mammalian immune system. However, structural and mechanistic insights into the unprecedented functional duality of GIF have remained elusive. Here we reveal that GIF employs a dimeric binding platform that sequesters two copies of its target cytokines with high affinity and slow dissociation kinetics to yield distinct complexes featuring mutually exclusive interaction footprints. We illustrate how GIF serves as a competitive decoy receptor by leveraging binding hotspots underlying the cognate receptor interactions of GM-CSF and IL-2, without sharing any structural similarity with the cytokine receptors. Our findings contribute to the tracing of novel molecular mimicry mechanisms employed by pathogenic viruses.
履歴
登録2015年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
B: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0335
ポリマ－28,8532
非ポリマー1803
水2,180121
1
A: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,5473
ポリマ－14,4261
非ポリマー1212
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,4852
ポリマ－14,4261
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.100, 77.020, 47.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.54, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / GM-CSF / Colony-stimulating factor / CSF


分子量: 14426.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: CSF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28773
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.2 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2 M sodium acetate trihydrate 0.1 M TRIS hydrochloride pH 8.5 30% w/v PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 1.239 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.239 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→38.51 Å / Num. all: 18842 / Num. obs: 18252 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 3.28 % / Rsym value: 0.129 / Net I/σ(I): 8.17
反射 シェル解像度: 1.99→2.11 Å / 冗長度: 3.14 % / Mean I/σ(I) obs: 2.12 / Rsym value: 0.732 / % possible all: 94

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GMF

2gmf


解像度: 1.994→38.51 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 26.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2286 900 5 %
Rwork0.1881 --
obs0.19 18017 95.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.994→38.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1905 0 12 121 2038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091981
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0682685
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.777734
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049310
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006343
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9943-2.11920.32771380.28812667X-RAY DIFFRACTION91
2.1192-2.28290.28851520.24732853X-RAY DIFFRACTION96
2.2829-2.51260.24971500.2162829X-RAY DIFFRACTION95
2.5126-2.8760.2451500.19612889X-RAY DIFFRACTION98
2.876-3.62310.24261540.17692933X-RAY DIFFRACTION98
3.6231-38.51720.17511560.15252946X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.6389 Å / Origin y: -18.0912 Å / Origin z: -9.3264 Å
111213212223313233
T0.2436 Å2-0.0429 Å20.0148 Å2-0.236 Å2-0.0164 Å2--0.264 Å2
L0.7692 °2-0.4638 °20.4686 °2-0.6854 °2-0.2923 °2--1.1407 °2
S-0.0122 Å °-0.0032 Å °-0.02 Å °-0.0281 Å °0.0123 Å °-0.0039 Å °0.0081 Å °-0.0134 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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