[日本語] English
万見
- PDB-5d28: Complex of GM-CSF/IL-2 inhibition factor with Granulocyte-macroph... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d28
タイトルComplex of GM-CSF/IL-2 inhibition factor with Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
要素
  • GM-CSF/IL-2 inhibition factor
  • Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
キーワードVIRAL PROTEIN / Signaling Protein / Cytokine / Host-pathogen interactions / Immunology
機能・相同性
機能・相同性情報


granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / neutrophil differentiation / positive regulation of interleukin-23 production / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of podosome assembly ...granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor binding / neutrophil differentiation / positive regulation of interleukin-23 production / granulocyte macrophage colony-stimulating factor receptor complex / granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signaling pathway / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of leukocyte proliferation / cellular response to granulocyte macrophage colony-stimulating factor stimulus / positive regulation of macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of podosome assembly / monocyte differentiation / macrophage differentiation / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / embryonic placenta development / cytokine activity / growth factor activity / cell population proliferation / immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Major secreted virus protein, 35kDa / Poxvirus chemokine inhibitor superfamily / Viral chemokine binding protein / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; ...Major secreted virus protein, 35kDa / Poxvirus chemokine inhibitor superfamily / Viral chemokine binding protein / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor signature. / Granulocyte-macrophage colony-simulating factor (GM-CSF) / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / GM-CSF/IL-2 inhibition factor
類似検索 - 構成要素
生物種Orf virus (オルフウイルス)
Ovis aries (ヒツジ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.845 Å
データ登録者Felix, J. / Savvides, S.N.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Structural basis of GM-CSF and IL-2 sequestration by the viral decoy receptor GIF.
著者: Jan Felix / Eaazhisai Kandiah / Steven De Munck / Yehudi Bloch / Gydo C P van Zundert / Kris Pauwels / Ann Dansercoer / Katka Novanska / Randy J Read / Alexandre M J J Bonvin / Bjorn ...著者: Jan Felix / Eaazhisai Kandiah / Steven De Munck / Yehudi Bloch / Gydo C P van Zundert / Kris Pauwels / Ann Dansercoer / Katka Novanska / Randy J Read / Alexandre M J J Bonvin / Bjorn Vergauwen / Kenneth Verstraete / Irina Gutsche / Savvas N Savvides /
要旨: Subversion of the host immune system by viruses is often mediated by molecular decoys that sequester host proteins pivotal to mounting effective immune responses. The widespread mammalian pathogen ...Subversion of the host immune system by viruses is often mediated by molecular decoys that sequester host proteins pivotal to mounting effective immune responses. The widespread mammalian pathogen parapox Orf virus deploys GIF, a member of the poxvirus immune evasion superfamily, to antagonize GM-CSF (granulocyte macrophage colony-stimulating factor) and IL-2 (interleukin-2), two pleiotropic cytokines of the mammalian immune system. However, structural and mechanistic insights into the unprecedented functional duality of GIF have remained elusive. Here we reveal that GIF employs a dimeric binding platform that sequesters two copies of its target cytokines with high affinity and slow dissociation kinetics to yield distinct complexes featuring mutually exclusive interaction footprints. We illustrate how GIF serves as a competitive decoy receptor by leveraging binding hotspots underlying the cognate receptor interactions of GM-CSF and IL-2, without sharing any structural similarity with the cytokine receptors. Our findings contribute to the tracing of novel molecular mimicry mechanisms employed by pathogenic viruses.
履歴
登録2015年8月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_PDB_caveat.text / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GM-CSF/IL-2 inhibition factor
B: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
C: Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor
D: GM-CSF/IL-2 inhibition factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,80512
ポリマ－84,8244
非ポリマー2,9818
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8710 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area33620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)145.700, 105.600, 73.490
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.31, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ADBC

#1: タンパク質 GM-CSF/IL-2 inhibition factor


分子量: 27985.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Orf virus (オルフウイルス) / 遺伝子: GIF / 細胞株 (発現宿主): HEK293 T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9J5U5
#2: タンパク質 Granulocyte-macrophage colony-stimulating factor / GM-CSF / Colony-stimulating factor / CSF


分子量: 14426.386 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ovis aries (ヒツジ) / 遺伝子: CSF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P28773

-
糖 , 3種, 6分子

#3: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Orf virus (オルフウイルス) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Orf virus (オルフウイルス) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / 由来: (組換発現) Orf virus (オルフウイルス) / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 19分子

#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.45 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.15 M ammonium sulfate, 0.1 M MES pH 6.0, 24 % PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 25798 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.9 % / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 20.39
反射 シェル解像度: 2.84→2.96 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 1.12 / Mean I/σ(I) obs: 1.77 / % possible all: 95.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1685精密化
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D22, 2VGA, 1CQ3

5d22

2vga

1cq3


解像度: 2.845→44.063 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 26.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2353 1126 5.03 %
Rwork0.1905 --
obs0.1928 22384 85.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.845→44.063 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5487 0 102 17 5606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075743
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.947827
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8362081
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04912
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006996
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8447-2.97410.4036450.30311038X-RAY DIFFRACTION33
2.9741-3.13090.35861170.27372001X-RAY DIFFRACTION65
3.1309-3.3270.31981460.25242785X-RAY DIFFRACTION90
3.327-3.58370.26961610.21143063X-RAY DIFFRACTION99
3.5837-3.94420.23481660.18483051X-RAY DIFFRACTION99
3.9442-4.51440.20421620.15143087X-RAY DIFFRACTION99
4.5144-5.68580.18991670.1573108X-RAY DIFFRACTION99
5.6858-44.06830.21681620.19913125X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.6418 Å / Origin y: -54.1475 Å / Origin z: -5.9087 Å
111213212223313233
T0.068 Å2-0.0165 Å2-0.0226 Å2-0.2034 Å2-0.0852 Å2--0.2893 Å2
L1.0327 °20.1365 °2-0.8689 °2-2.4339 °2-0.9845 °2--4.0278 °2
S0.1066 Å °-0.1362 Å °0.1219 Å °-0.2759 Å °-0.0421 Å °0.1836 Å °0.1425 Å °0.2793 Å °0.0285 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る