PDB-5d1c: Crystal structure of D233G-Y306F HDAC8 in complex with a tetrapep...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d1c

タイトル

Crystal structure of D233G-Y306F HDAC8 in complex with a tetrapeptide substrate

要素

HDAC8 Fluor de Lys tetrapeptide substrate
Histone deacetylase 8

キーワード

HYDROLASE / histone deacetylase / arginase/deacetylase fold / enzyme substrate complex

機能・相同性

機能・相同性情報

histone decrotonylase activity / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K4 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / regulation of telomere maintenance ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.422 Å

データ登録者

Decroos, C. / Christianson, N.H. / Gullett, L.E. / Bowman, C.M. / Christianson, K.E. / Deardorff, M.A. / Christianson, D.W.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of HDAC8 Mutants Associated with Cornelia de Lange Syndrome Spectrum Disorders.
著者: Decroos, C. / Christianson, N.H. / Gullett, L.E. / Bowman, C.M. / Christianson, K.E. / Deardorff, M.A. / Christianson, D.W.

履歴

登録	2015年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月28日	Group: Database references
改定 1.2	2015年11月11日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.6	2023年11月15日	Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.7	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d1c.cif.gz	326.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d1c.ent.gz	262.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d1c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/5d1c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/5d1c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5d1bC 5d1dC 3ewfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dc8-2 5dc6-1 5dc6-2 4qa6-2 6oda-1 4qa7-d 5dc7-2 5dc8-1 3ewf-5 6whz-3 4ly1-3 5ths-1 3mz6-d 7kbg-1 4rn0-1 1c3s-d 7kbh-3 4rn0-2 5tht-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histone deacetylase 8

B: Histone deacetylase 8

C: HDAC8 Fluor de Lys tetrapeptide substrate

D: HDAC8 Fluor de Lys tetrapeptide substrate

ヘテロ分子

88.4 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histone deacetylase 8

C: HDAC8 Fluor de Lys tetrapeptide substrate

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histone deacetylase 8

D: HDAC8 Fluor de Lys tetrapeptide substrate

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
44.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.031, 97.936, 104.656
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Histone deacetylase 8 / HD8 分子量: 43157.957 Da / 分子数: 2 / 変異: D233G, Y306F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC8, HDACL1, CDA07 / プラスミド: pHD2-Xa-His / 発現宿主: Escherichia coli / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BY41, histone deacetylase
#2: タンパク質・ペプチド	HDAC8 Fluor de Lys tetrapeptide substrate 分子量: 836.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)

-
非ポリマー , 4種, 818分子

#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 811 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.13 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 100 mM Tris (pH 8.0), 10% (w/v) PEG 3350, 4 mM TCEP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月23日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.42→44.4 Å / Num. obs: 159962 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 28.5
反射シェル	解像度: 1.42→1.47 Å / 冗長度: 11.4 % / R_merge(I) obs: 1.112 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1833	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3EWF

3ewf

解像度: 1.422→44.353 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 15.66 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.167	8011	5.01 %	random
R_work	0.1464	-	-	-
obs	0.1474	159859	99.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.422→44.353 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5735	0	12	811	6558

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	6259
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.272	8555
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.195	2300
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.082	922
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1117

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4217-1.4379	0.268	241	0.2547	4781	X-RAY DIFFRACTION	95
1.4379-1.4548	0.271	266	0.2328	5009	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4548-1.4725	0.2348	275	0.2064	4991	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4725-1.4912	0.1993	278	0.1915	5041	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4912-1.5108	0.2203	245	0.1881	5056	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5108-1.5315	0.1767	264	0.1696	5010	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5315-1.5534	0.1943	232	0.1641	5051	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5534-1.5766	0.1924	277	0.1637	4998	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5766-1.6012	0.191	244	0.1582	5045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6012-1.6275	0.1695	251	0.1546	5070	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6275-1.6555	0.1858	293	0.1493	4978	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6555-1.6856	0.1599	241	0.1431	5092	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6856-1.7181	0.1745	280	0.146	5020	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7181-1.7531	0.1788	271	0.1466	5034	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7531-1.7912	0.1683	282	0.1434	5016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7912-1.8329	0.1618	277	0.1419	5075	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8329-1.8788	0.1602	295	0.139	5010	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8788-1.9296	0.1632	261	0.143	5077	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9296-1.9863	0.1852	266	0.1488	5045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9863-2.0504	0.1757	241	0.1474	5100	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0504-2.1237	0.1743	253	0.1479	5097	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1237-2.2088	0.1562	241	0.1424	5091	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2088-2.3093	0.1557	262	0.1428	5099	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3093-2.431	0.161	296	0.1447	5066	X-RAY DIFFRACTION	100
2.431-2.5833	0.1615	253	0.151	5108	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5833-2.7827	0.1608	295	0.1468	5092	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7827-3.0627	0.1713	265	0.149	5156	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0627-3.5057	0.1646	269	0.1408	5159	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5057-4.4162	0.1377	298	0.1224	5173	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4162-44.3747	0.1682	299	0.1413	5308	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8076	-0.0151	0.0561	2.2594	0.0688	2.8828	-0.0117	0.3276	-0.0729	-0.2761	0.028	-0.1145	-0.1676	-0.0883	-0.0039	0.1716	0.0074	0.0441	0.1239	0.006	0.1252	-1.4761	-0.6762	-6.1788
2	0.7695	-0.3963	-0.1786	1.5722	0.2202	0.7071	0.0008	0.1565	0.0328	-0.221	0.0494	-0.3809	-0.0763	0.1702	-0.0756	0.1286	-0.0156	0.0637	0.1665	-0.0074	0.1805	4.8296	2.3395	-3.1655
3	4.3755	-1.6503	1.6453	2.2723	-0.0317	1.7179	0.1824	0.6692	-0.207	-0.4261	-0.1964	-0.0753	0.3589	0.2498	0.025	0.2498	0.0216	0.0156	0.2313	-0.0762	0.183	-10.5223	-18.9319	-11.9948
4	2.282	-0.0538	-0.2852	1.4587	0.2663	1.5225	-0.0449	0.3977	-0.1386	-0.1911	-0.0202	0.0767	0.1014	-0.1564	0.0577	0.1741	-0.0081	0.0199	0.1467	-0.0257	0.1222	-11.4703	-11.8817	-8.216
5	0.8579	-0.4548	0.0927	1.1559	0.0584	1.039	-0.0389	-0.0058	-0.1401	0.0076	0.0164	-0.0722	0.2174	0.0388	0.0195	0.1358	0.0238	0.0147	0.0865	0.0026	0.13	-5.4192	-16.5427	7.0857
6	0.5418	-0.2655	0.0797	1.5289	-0.0856	0.8467	-0.0581	-0.1008	-0.0261	0.1612	0.0473	-0.1863	0.0264	0.1147	0.0233	0.0972	0.0231	-0.0239	0.1223	0.0033	0.1108	-0.6622	-3.0245	13.3958
7	0.5132	-0.1341	-0.0379	2.0453	-0.9012	1.3144	-0.0785	-0.1606	-0.0441	0.2371	0.1761	0.1116	0.1024	-0.0421	-0.1121	0.1753	0.0282	0.0066	0.1666	0.0134	0.1073	-8.6113	-2.2391	20.592
8	1.3025	0.3152	0.1998	2.3613	-0.5589	1.0314	0.0163	0.2172	-0.1273	-0.3361	0.011	0.2218	0.1839	-0.0824	-0.0216	0.1818	-0.0137	-0.0328	0.1577	-0.0345	0.1406	-40.2613	1.8056	-8.9931
9	2.6766	-0.4153	0.3948	2.6517	0.1915	2.1528	0.1666	0.4904	0.216	-0.3146	-0.3007	-0.0989	-0.3355	0.1753	-0.0204	0.156	0.01	0.002	0.2071	0.0663	0.1207	-25.8448	21.239	-11.022
10	1.6692	-0.2234	0.1691	1.5814	-0.2912	1.5106	0.0028	0.2005	0.0658	-0.1277	-0.0674	-0.0601	0.0046	0.1459	0.0232	0.0969	0.0099	-0.0023	0.0978	0.0187	0.0617	-28.3289	13.8305	-5.6322
11	1.2656	-0.8278	-0.2031	1.5094	-0.1922	1.1049	-0.0759	-0.0978	0.1087	0.1417	0.0914	0.0172	-0.1388	-0.0333	-0.0112	0.0831	0.0144	0.005	0.0793	-0.0013	0.0822	-35.8815	18.9054	9.2173
12	0.8214	-0.1693	-0.0274	1.3905	-0.0464	0.7541	-0.0596	-0.0985	-0.1176	0.1348	0.0665	0.2148	0.0812	-0.1286	0.0128	0.0944	-0.0014	0.0307	0.118	0.0228	0.1296	-40.9586	2.9688	9.717
13	0.8601	-0.2726	0.0291	2.2884	0.8821	1.4436	-0.0414	-0.2779	-0.1186	0.379	0.1273	0.0208	0.0533	-0.0927	-0.0749	0.2061	0.0142	0.0334	0.1974	0.0327	0.1301	-35.1256	1.8721	17.9476

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 14 through 36 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 37 through 63 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 64 through 85 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 86 through 127 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 128 through 225 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 226 through 336 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 337 through 377 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 14 through 63 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 64 through 85 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 86 through 156 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 157 through 225 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 226 through 336 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 337 through 377 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 4種, 818分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 4種, 818分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 4種, 818分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)