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- PDB-6oda: Crystal structure of HDAC8 in complex with compound 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6oda
タイトルCrystal structure of HDAC8 in complex with compound 2
要素Histone deacetylase 8
キーワードHYDROLASE / histone deacetylase / HDAC8 / hydroxamic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


histone decrotonylase activity / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K4 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / tubulin deacetylase activity ...histone decrotonylase activity / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K4 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / tubulin deacetylase activity / protein lysine deacetylase activity / regulation of telomere maintenance / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex / negative regulation of protein ubiquitination / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Hsp70 protein binding / epigenetic regulation of gene expression / HDACs deacetylate histones / Hsp90 protein binding / regulation of protein stability / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Separation of Sister Chromatids / chromatin organization / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C7 / : / Histone deacetylase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å
データ登録者Zheng, X. / Conti, C. / Caravella, J. / Zablocki, M.-M. / Bair, K. / Barczak, N. / Han, B. / Lancia Jr., D. / Liu, C. / Martin, M. ...Zheng, X. / Conti, C. / Caravella, J. / Zablocki, M.-M. / Bair, K. / Barczak, N. / Han, B. / Lancia Jr., D. / Liu, C. / Martin, M. / Ng, P.Y. / Rudnitskaya, A. / Thomason, J.J. / Garcia-Dancey, R. / Hardy, C. / Lahdenranta, J. / Leng, C. / Li, P. / Pardo, E. / Saldahna, A. / Tan, T. / Toms, A.V. / Yao, L. / Zhang, C.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure-based Discovery of Novel N-(E)-N-Hydroxy-3-(2-(2-oxoimidazolidin-1-yl)phenyl)acrylamides as Potent and Selective HDAC8 inhibitors
著者: Zheng, X. / Conti, C. / Caravella, J. / Zablocki, M.-M. / Bair, K. / Barczak, N. / Han, B. / Lancia Jr., D. / Liu, C. / Martin, M. / Ng, P.Y. / Rudnitskaya, A. / Thomason, J.J. / Garcia- ...著者: Zheng, X. / Conti, C. / Caravella, J. / Zablocki, M.-M. / Bair, K. / Barczak, N. / Han, B. / Lancia Jr., D. / Liu, C. / Martin, M. / Ng, P.Y. / Rudnitskaya, A. / Thomason, J.J. / Garcia-Dancey, R. / Hardy, C. / Lahdenranta, J. / Leng, C. / Li, P. / Pardo, E. / Saldahna, A. / Tan, T. / Toms, A.V. / Yao, L. / Zhang, C.
履歴
登録2019年3月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月11日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 8
B: Histone deacetylase 8
C: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)139,41515
ポリマ－137,9283
非ポリマー1,48812
水543
1
A: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4725
ポリマ－45,9761
非ポリマー4964
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4725
ポリマ－45,9761
非ポリマー4964
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Histone deacetylase 8
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4725
ポリマ－45,9761
非ポリマー4964
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.750, 91.290, 92.700
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Histone deacetylase 8 / HD8


分子量: 45975.906 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC8, HDACL1, CDA07 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BY41, histone deacetylase
#2: 化合物 ChemComp-C7 / N-{2-[3-(hydroxyamino)-3-oxopropyl]phenyl}-3-(trifluoromethyl)benzamide


分子量: 352.308 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H15F3N2O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.19 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.3
詳細: 0.1M MES pH5.3, 5% PEG6000, 0.06M Gly-Gly-Gly, 4mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.993 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.993 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.88→50 Å / Num. obs: 29616 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.79 % / Rmerge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.88→2.95 Å / 冗長度: 3.83 % / Num. unique obs: 1892 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1T64

1t64


解像度: 2.88→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.885 / SU B: 37.587 / SU ML: 0.326 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.399 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24875 1521 4.9 %RANDOM
Rwork0.1988 ---
obs0.20129 29616 93.73 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 56.341 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.22 Å2-0 Å21.53 Å2
2--0.57 Å2-0 Å2
3----1 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.88→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8411 0 84 3 8498
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0198723
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.027919
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2371.96311823
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.911318389
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.09551076
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.96724.155373
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.523151415
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9481533
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21292
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0219669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021780
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8534.0854316
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8524.0854315
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.546.1255388
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.546.1265389
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.0564.2664407
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.0524.264403
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.5746.3576430
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.70549.20310107
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.70649.21310108
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.88→2.955 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 107 -
Rwork0.317 1892 -
obs--82.64 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1656-0.3110.01430.57810.1321.0733-0.06230.0975-0.01460.0692-0.0711-0.0444-0.0787-0.02030.13350.15220.0355-0.10780.0449-0.00170.125196.70828.3648-53.3058
21.8218-0.03220.35760.9801-0.02230.64550.18710.21790.05980.0156-0.0768-0.33440.0849-0.0847-0.11030.02480.012-0.02390.06340.0380.2982129.1399-19.1168-54.8019
31.7780.2420.69130.63720.5471.7336-0.2101-0.1396-0.0401-0.1555-0.06920.0393-0.0853-0.02130.27930.17610.0642-0.06410.0728-0.0380.143689.2309-9.6104-99.226
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A14 - 377
2X-RAY DIFFRACTION2B14 - 376
3X-RAY DIFFRACTION3C14 - 376

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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