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- PDB-5cxd: 1.75 Angstrom resolution crystal structure of the apo-form acyl-c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cxd
タイトル1.75 Angstrom resolution crystal structure of the apo-form acyl-carrier-protein synthase (AcpS) (acpS; purification tag off) from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL in the I4 space group
要素Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
キーワードTRANSFERASE / acyl-carrier-protein synthase / AcpS / FAS II / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
4'-phosphopantetheinyl transferase domain / Holo-[acyl carrier protein] synthase / Phosphopantetheine-protein transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain / 4'-phosphopantetheinyl transferase domain superfamily / 4'-phosphopantetheinyl transferase superfamily / Ribosomal Protein L22; Chain A / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.75 Angstrom resolution crystal structure of the apo-form acyl-carrier-protein synthase (AcpS) (acpS; purification tag off) from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL in the I4 space group
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2012
タイトル: Structural characterization and comparison of three acyl-carrier-protein synthases from pathogenic bacteria.
著者: Halavaty, A.S. / Kim, Y. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Zhou, M. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Kwon, K. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / ...著者: Halavaty, A.S. / Kim, Y. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Zhou, M. / Onopriyenko, O. / Skarina, T. / Papazisi, L. / Kwon, K. / Peterson, S.N. / Joachimiak, A. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
B: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
C: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,29017
ポリマ－41,6993
非ポリマー59014
水5,819323
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6870 Å2
ΔGint-153 kcal/mol
Surface area18320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.117, 103.117, 71.189
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPHEPHEAA-2 - 1191 - 122
21SERSERPHEPHEBB-2 - 1191 - 122
12ASNASNPHEPHEAA-1 - 1192 - 122
22ASNASNPHEPHECC-1 - 1192 - 122
13ASNASNALAALABB-1 - 1182 - 121
23ASNASNALAALACC-1 - 1182 - 121

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Holo-[acyl-carrier-protein] synthase / Holo-ACP synthase / 4'-phosphopantetheinyl transferase AcpS


分子量: 13899.824 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: acpS, SACOL2061 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic
参照: UniProt: Q5HED0, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein (purification tag off): 4.6 mg/mL in 10 mM Tris-HCL pH 8.3, 500 mM NaCl 5 mM BME 1 mM CaCl2 150 mM imidazole Crystallization: The PACT Suite B8(20): 200 mM Ammonium chloride 100 mM ...詳細: Protein (purification tag off): 4.6 mg/mL in 10 mM Tris-HCL pH 8.3, 500 mM NaCl 5 mM BME 1 mM CaCl2 150 mM imidazole Crystallization: The PACT Suite B8(20): 200 mM Ammonium chloride 100 mM MES pH 6.0 20 % (w/v) PEG 6000 Cryo: crystallization condition

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日
放射モノクロメーター: single diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 37637 / Num. obs: 37637 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 24.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 22.86
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データスケーリング
BLU-MAXデータ収集
PHASER位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4JM7

4jm7


解像度: 1.75→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 4.528 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20336 1880 5 %RANDOM
Rwork0.16857 ---
obs0.17027 35751 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.084 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.5 Å20 Å20 Å2
2--0.5 Å2-0 Å2
3----1.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.75→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2913 0 20 323 3256
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0193188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.023026
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4361.9374312
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.28336995
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.0965403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.33124.907161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.78915583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.9711512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2458
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023734
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02774
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A59310.2
12B59310.2
21A61010.19
22C61010.19
31B65770.17
32C65770.17
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 151 -
Rwork0.243 2640 -
obs--99.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.15110.6707-0.44861.6201-0.43170.9371-0.06890.0792-0.07660.12550.03740.21440.3161-0.04120.03150.1603-0.00340.05710.059-0.02690.0891-27.35535.72370.0484
22.308-0.0468-0.52162.2994-0.51013.5527-0.14910.0949-0.09030.2389-0.07910.18060.3253-0.08270.22820.14170.00780.05750.0236-0.0190.0522-27.69638.57046.1402
30.63380.4888-0.11491.1955-0.06351.5918-0.0640.1435-0.07890.1225-0.01090.00680.14180.12620.0750.12640.03880.01360.14270.0050.0972-19.938715.58112.1529
43.5321-0.22460.421.3359-0.19821.14290.1471-0.2343-0.1070.1765-0.01630.25610.0005-0.2746-0.13070.06740.03670.04140.1908-0.00450.1101-34.022526.499-7.2415
51.91170.02561.30521.618-0.67233.0783-0.0678-0.17840.03140.02730.12790.1103-0.1538-0.2844-0.06010.04170.0605-0.00790.104-0.02390.0547-34.842533.0443-11.8411
60.9529-0.4863-0.11671.7780.02571.3792-0.0112-0.09250.08310.0189-0.034-0.0597-0.148-0.07150.04520.03880.0238-0.02160.0457-0.01220.0222-23.316629.6686-10.4377
72.49760.92770.73151.96431.20291.9136-00.22420.2652-0.1591-0.14890.39770.0544-0.22960.14890.09330.0197-0.05570.1317-0.00070.0967-27.728312.8332-22.3935
81.07280.4110.37074.38610.38431.62410.1225-0.0082-0.0053-0.2957-0.17070.29990.1577-0.15220.04810.06520.0005-0.02610.0274-0.00510.0373-23.00877.3977-26.3838
91.4860.5651.03851.66641.04511.95550.0209-0.07750.0614-0.01930.01260.02890.16960.1416-0.03350.07860.03190.00560.0720.02280.064-15.734211.4088-17.3391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2A30 - 73
3X-RAY DIFFRACTION3A74 - 119
4X-RAY DIFFRACTION4B-2 - 25
5X-RAY DIFFRACTION5B26 - 70
6X-RAY DIFFRACTION6B71 - 119
7X-RAY DIFFRACTION7C-1 - 24
8X-RAY DIFFRACTION8C25 - 74
9X-RAY DIFFRACTION9C75 - 119

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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