PDB-5cxd: 1.75 Angstrom resolution crystal structure of the apo-form acyl-c...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cxd

タイトル

1.75 Angstrom resolution crystal structure of the apo-form acyl-carrier-protein synthase (AcpS) (acpS; purification tag off) from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL in the I4 space group

要素

Holo-[acyl-carrier-protein] synthase

キーワード

TRANSFERASE / acyl-carrier-protein synthase / AcpS / FAS II / structural genomics / CSGID / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases

機能・相同性

機能・相同性情報

holo-[acyl-carrier-protein] synthase / holo-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.75 Å

データ登録者

Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: 1.75 Angstrom resolution crystal structure of the apo-form acyl-carrier-protein synthase (AcpS) (acpS; purification tag off) from Staphylococcus aureus subsp. aureus COL in the I4 space group
著者: Halavaty, A.S. / Minasov, G. / Papazisi, L. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

履歴

登録	2015年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cxd.cif.gz	175.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cxd.ent.gz	138.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cxd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/5cxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cx/5cxd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jm7S 4dxe S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2xce-2 2xcd-1 6vw4-2 1s4d-5 4b0h-d 2baz-d 2xcd-2 4ao5-2 2gep-d 1v9a-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP00816

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase

B: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase

C: Holo-[acyl-carrier-protein] synthase

ヘテロ分子

42.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	103.117, 103.117, 71.189
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	PHE	PHE	A	A	-2 - 119	1 - 122
2	1	SER	SER	PHE	PHE	B	B	-2 - 119	1 - 122
1	2	ASN	ASN	PHE	PHE	A	A	-1 - 119	2 - 122
2	2	ASN	ASN	PHE	PHE	C	C	-1 - 119	2 - 122
1	3	ASN	ASN	ALA	ALA	B	B	-1 - 118	2 - 121
2	3	ASN	ASN	ALA	ALA	C	C	-1 - 118	2 - 121

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Holo-[acyl-carrier-protein] synthase / Holo-ACP synthase / 4'-phosphopantetheinyl transferase AcpS 分子量: 13899.824 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌) 株: COL / 遺伝子: acpS, SACOL2061 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Magic 参照: UniProt: Q5HED0, holo-[acyl-carrier-protein] synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION 分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NI / NICKEL (II) ION 分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER 分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 323 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.79 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: Protein (purification tag off): 4.6 mg/mL in 10 mM Tris-HCL pH 8.3, 500 mM NaCl 5 mM BME 1 mM CaCl2 150 mM imidazole Crystallization: The PACT Suite B8(20): 200 mM Ammonium chloride 100 mM ...詳細: Protein (purification tag off): 4.6 mg/mL in 10 mM Tris-HCL pH 8.3, 500 mM NaCl 5 mM BME 1 mM CaCl2 150 mM imidazole Crystallization: The PACT Suite B8(20): 200 mM Ammonium chloride 100 mM MES pH 6.0 20 % (w/v) PEG 6000 Cryo: crystallization condition

結晶

マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.79 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: Protein (purification tag off): 4.6 mg/mL in 10 mM Tris-HCL pH 8.3, 500 mM NaCl 5 mM BME 1 mM CaCl2 150 mM imidazole Crystallization: The PACT Suite B8(20): 200 mM Ammonium chloride 100 mM ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月29日
放射	モノクロメーター: single diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.75→30 Å / Num. all: 37637 / Num. obs: 37637 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 24.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 22.86
反射シェル	解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 6.3 % / R_merge(I) obs: 0.74 / Mean I/σ(I) obs: 2.34 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
HKL-2000		データスケーリング
BLU-MAX		データ収集
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JM7

4jm7

解像度: 1.75→29.29 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.951 / SU B: 4.528 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.113 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20336	1880	5 %	RANDOM
R_work	0.16857	-	-	-
obs	0.17027	35751	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.084 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.5 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.5 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-1.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.75→29.29 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2913	0	20	323	3256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	3188
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	3026
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.436	1.937	4312
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.283	3	6995
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.096	5	403
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.331	24.907	161
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.789	15	583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.971	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	458
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3734
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	774
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	5931	0.2
1	2	B	5931	0.2
2	1	A	6101	0.19
2	2	C	6101	0.19
3	1	B	6577	0.17
3	2	C	6577	0.17

LS精密化シェル

解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.309	151	-
R_work	0.243	2640	-
obs	-	-	99.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1511	0.6707	-0.4486	1.6201	-0.4317	0.9371	-0.0689	0.0792	-0.0766	0.1255	0.0374	0.2144	0.3161	-0.0412	0.0315	0.1603	-0.0034	0.0571	0.059	-0.0269	0.0891	-27.3553	5.7237	0.0484
2	2.308	-0.0468	-0.5216	2.2994	-0.5101	3.5527	-0.1491	0.0949	-0.0903	0.2389	-0.0791	0.1806	0.3253	-0.0827	0.2282	0.1417	0.0078	0.0575	0.0236	-0.019	0.0522	-27.6963	8.5704	6.1402
3	0.6338	0.4888	-0.1149	1.1955	-0.0635	1.5918	-0.064	0.1435	-0.0789	0.1225	-0.0109	0.0068	0.1418	0.1262	0.075	0.1264	0.0388	0.0136	0.1427	0.005	0.0972	-19.9387	15.5811	2.1529
4	3.5321	-0.2246	0.42	1.3359	-0.1982	1.1429	0.1471	-0.2343	-0.107	0.1765	-0.0163	0.2561	0.0005	-0.2746	-0.1307	0.0674	0.0367	0.0414	0.1908	-0.0045	0.1101	-34.0225	26.499	-7.2415
5	1.9117	0.0256	1.3052	1.618	-0.6723	3.0783	-0.0678	-0.1784	0.0314	0.0273	0.1279	0.1103	-0.1538	-0.2844	-0.0601	0.0417	0.0605	-0.0079	0.104	-0.0239	0.0547	-34.8425	33.0443	-11.8411
6	0.9529	-0.4863	-0.1167	1.778	0.0257	1.3792	-0.0112	-0.0925	0.0831	0.0189	-0.034	-0.0597	-0.148	-0.0715	0.0452	0.0388	0.0238	-0.0216	0.0457	-0.0122	0.0222	-23.3166	29.6686	-10.4377
7	2.4976	0.9277	0.7315	1.9643	1.2029	1.9136	-0	0.2242	0.2652	-0.1591	-0.1489	0.3977	0.0544	-0.2296	0.1489	0.0933	0.0197	-0.0557	0.1317	-0.0007	0.0967	-27.7283	12.8332	-22.3935
8	1.0728	0.411	0.3707	4.3861	0.3843	1.6241	0.1225	-0.0082	-0.0053	-0.2957	-0.1707	0.2999	0.1577	-0.1522	0.0481	0.0652	0.0005	-0.0261	0.0274	-0.0051	0.0373	-23.0087	7.3977	-26.3838
9	1.486	0.565	1.0385	1.6664	1.0451	1.9555	0.0209	-0.0775	0.0614	-0.0193	0.0126	0.0289	0.1696	0.1416	-0.0335	0.0786	0.0319	0.0056	0.072	0.0228	0.064	-15.7342	11.4088	-17.3391

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-2 - 29
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	30 - 73
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	74 - 119
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	-2 - 25
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	26 - 70
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	71 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	-1 - 24
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	25 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	75 - 119

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)