PDB-5cwu: Crystal structure of Chaetomium thermophilum Nup188 TAIL domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cwu

タイトル

Crystal structure of Chaetomium thermophilum Nup188 TAIL domain

要素

Nucleoporin NUP188

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / nucleocytoplasmic transport

機能・相同性

機能・相同性情報

nuclear pore inner ring / structural constituent of nuclear pore / RNA export from nucleus / mRNA transport / protein import into nucleus / nuclear membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.35 Å

データ登録者

Stuwe, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Petrovic, S. / Schilbach, S. / Mayo, D.J. / Perriches, T. / Rundlet, E.J. / Jeon, Y.E. / Collins, L.N. ...

資金援助

米国, 5件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01-GM111461	米国
V Foundation for Cancer Research	Albert Wyrick V Scholar Award	米国
Edward Mallinckrodt Jr. Foundation	54th Mallinckrodt Scholar Award	米国
Sidney Kimmel Foundation for Cancer Research	Kimmel Scholar Award	米国
The Camille & Henry Dreyfus Foundation	Camille-Dreyfus Teacher Scholar Award	米国

引用

ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Architecture of the fungal nuclear pore inner ring complex.
著者: Stuwe, T. / Bley, C.J. / Thierbach, K. / Petrovic, S. / Schilbach, S. / Mayo, D.J. / Perriches, T. / Rundlet, E.J. / Jeon, Y.E. / Collins, L.N. / Huber, F.M. / Lin, D.H. / Paduch, M. / Koide, ...

履歴

登録	2015年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年10月14日	Group: Database references
改定 1.2	2016年7月20日	Group: Data collection
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.4	2017年11月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.5	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.6	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5cwu.ent.gz	793.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cwu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5cwu_validation.pdf.gz	523.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cwu_full_validation.pdf.gz	549.8 KB	表示
XML形式データ	5cwu_validation.xml.gz	78.2 KB	表示
CIF形式データ	5cwu_validation.cif.gz	100.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwu	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4jnuC 4jnvC 4jo7C 4jo9C 4jq5C 5cwsC 5cwtC 5cwvC 5cwwC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3e2k-1 3e2l-1 7bov-d 6cwf-d 6cwl-d 1v6c-2 5eg9-d 1msk-d 1w9h-d 5u7p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoporin NUP188

B: Nucleoporin NUP188

C: Nucleoporin NUP188

D: Nucleoporin NUP188

E: Nucleoporin NUP188

F: Nucleoporin NUP188

G: Nucleoporin NUP188

H: Nucleoporin NUP188

ヘテロ分子

356 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Nucleoporin NUP188

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
44.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nucleoporin NUP188

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
44.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Nucleoporin NUP188

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
44.5 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Nucleoporin NUP188

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
44.5 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Nucleoporin NUP188

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
44.5 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Nucleoporin NUP188

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
44.4 kDa, 1 ポリマー
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7

G: Nucleoporin NUP188

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
44.5 kDa, 1 ポリマー
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8

H: Nucleoporin NUP188

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
44.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	65.276, 65.278, 155.548
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.95, 90.01
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

詳細

Monomer by SEC-MALS

#1: タンパク質	Nucleoporin NUP188 / Nuclear pore protein NUP188 分子量: 44428.438 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1447-1858 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類) 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: NUP188, CTHT_0070850 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SFH5
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.32 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 100 mM HEPES, pH 6.9 16 % (w/v) PEG 3,350 200 mM ammonium citrate PH範囲: 6.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97944 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年11月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97944 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.35→20 Å / Num. obs: 33102 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 4 % / R_sym value: 0.054 / Net I/σ(I): 23.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データスケーリング
SCALEPACK		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.35→19.853 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 31.02 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2792	3632	4.99 %	Random selection
R_work	0.2462	-	-	-
obs	0.2477	33102	98.82 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.35→19.853 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18256	0	48	0	18304

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	18584
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.734	25288
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.999	6616
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	3152
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3152

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.35-3.3939	0.3858	152	0.3869	2796	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3939-3.4401	0.3201	140	0.3773	2718	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4401-3.489	0.3206	136	0.3355	2496	X-RAY DIFFRACTION	98
3.489-3.5408	0.3185	124	0.3551	2593	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5408-3.5958	0.4015	148	0.3397	2570	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5958-3.6544	0.3425	136	0.365	2774	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6544-3.717	0.3135	128	0.3497	2512	X-RAY DIFFRACTION	99
3.717-3.7842	0.4307	134	0.3332	2732	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7842-3.8564	0.3916	150	0.332	2706	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8564-3.9346	0.4929	140	0.2819	2603	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9346-4.0194	0.3508	168	0.3449	2714	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0194-4.1121	0.4044	120	0.3073	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1121-4.214	0.4666	144	0.2966	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
4.214-4.3268	0.2373	156	0.2649	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
4.3268-4.4527	0.3235	136	0.2517	2616	X-RAY DIFFRACTION	99
4.4527-4.5947	0.3146	138	0.2675	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5947-4.7568	0.249	136	0.2774	2574	X-RAY DIFFRACTION	99
4.7568-4.9444	0.3089	160	0.2763	2755	X-RAY DIFFRACTION	99
4.9444-5.1657	0.3333	144	0.2725	2618	X-RAY DIFFRACTION	99
5.1657-5.4327	0.2716	160	0.212	2747	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4327-5.7653	0.1921	140	0.2448	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7653-6.1979	0.3138	126	0.2697	2642	X-RAY DIFFRACTION	99
6.1979-6.7987	0.3228	136	0.2925	2658	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7987-7.7312	0.264	136	0.2498	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
7.7312-9.5562	0.2196	122	0.1653	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
9.5562-19.8536	0.1382	122	0.1441	2582	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.1334	3.5071	1.5224	6.5662	0.9024	4.3366	0.5355	0.7325	-1.186	0.5516	0.7208	-3.1904	1.3506	1.4873	-1.1051	1.2048	0.3828	-0.3984	0.9851	-0.3571	1.708	18.4314	-9.3005	5.2783
2	2.7939	-1.7341	-0.0855	3.8596	-0.2066	0.7724	0.2113	-0.1176	-0.4436	0.8359	0.1145	-0.4471	0.0511	0.0849	-0.0119	0.8159	0.2114	-0.4116	0.2886	-0.0769	0.7687	12.0428	-7.078	8.7978
3	4.4945	-0.2556	3.3901	4.9945	0.1435	6.2582	0.1623	1.7235	-0.1906	-0.467	0.0839	-0.4927	-0.4827	1.8283	0.2006	0.5591	-0.0232	-0.1251	0.7883	-0.073	0.2085	17.8124	7.3171	9.2044
4	3.0509	0.8209	3.3763	2.4741	0.7237	7.6256	0.2395	-0.1719	-0.3171	1.139	0.1193	-0.2624	0.1012	-0.315	0.0757	0.9477	0.0541	-0.4231	0.3472	-0.0724	0.423	10.546	3.7762	17.5028
5	4.9012	2.1135	0.2959	4.603	2.1137	7.1308	-0.1119	-0.8935	1.0115	0.9415	0.0089	0.6665	-1.3271	-0.8483	0.449	1.0125	0.1099	-0.0816	0.7421	-0.2958	0.497	1.7695	14.4336	18.5868
6	2.3748	0.998	2.8637	1.4493	-0.8243	7.4289	0.0479	-1.2848	0.7647	0.5423	0.703	-0.3856	0.189	-0.0373	-0.5498	2.0567	0.5446	0.2253	1.6739	-0.5261	1.2454	-9.2126	16.9179	25.5868
7	3.6527	1.0418	0.2042	5.535	-6.6681	8.6484	0.7707	-1.3432	1.6228	0.3971	1.0819	1.5172	0.9514	-1.9363	-1.7387	1.2382	-0.3522	0.2539	2.5253	-0.0614	1.3439	-22.6639	9.8911	14.2863
8	1.9652	-3.1161	-1.4962	6.0166	1.2274	2.3782	0.2183	-0.4704	0.7622	-0.5084	0.9703	-2.4491	-0.3325	0.9452	-1.0871	1.0159	-0.2423	0.2003	0.6733	-0.3687	1.4109	51.0195	42.4292	-44.445
9	4.0552	1.3783	-3.4473	4.1984	-0.9851	2.9311	0.1592	-0.522	0.568	-0.7966	0.2049	-0.9344	-0.3272	0.6128	-0.0987	0.6633	-0.1524	0.2227	0.3312	-0.2116	0.4801	46.6256	35.0827	-48.141
10	0.5746	-0.4252	-0.4667	0.6122	0.9288	1.6591	0.1368	0.0814	0.1069	-0.6141	-0.1096	-0.0575	0.1318	-0.0856	0.3847	1.1578	-0.0564	0.4842	0.3311	-0.2618	0.5927	43.0434	29.3316	-56.7159
11	4.1946	-2.0296	-1.1378	1.3674	1.1992	7.8044	-0.2088	0.831	-1.1123	-0.8654	0.235	0.3715	1.1154	-0.6505	0.3318	1.0401	-0.0011	-0.0246	0.6363	-0.3365	0.5527	34.3404	18.6568	-57.7216
12	4.3458	0.585	-2.2358	2.5668	-1.3676	2.283	-0.6043	1.2795	-0.058	-1.4874	0.8289	0.1446	0.581	-0.53	-0.01	1.8768	-0.291	-0.2907	1.8539	-0.5977	1.161	23.3144	16.1748	-64.7543
13	0.5917	0.2399	0.2715	6.1565	-7.4661	9.5921	0.9283	1.7349	-2.5122	0.1454	0.92	0.8056	-0.7615	-1.1947	-1.7748	1.2506	0.4	-0.4495	2.9692	-0.1062	1.7372	9.9019	23.2162	-53.4325
14	4.8023	-3.1196	1.1483	2.6011	0.2286	6.3713	0.5907	-0.3993	-2.2258	-0.6805	0.9552	0.7503	1.7684	-1.0907	-1.3185	0.9722	-0.2548	-0.2828	1.0199	0.4232	1.5573	23.4094	14.6965	44.1347
15	2.5866	-0.4601	1.2076	4.7666	-3.823	3.3355	0.3736	-0.5275	-0.7446	-0.8828	0.2583	1.0581	0.7504	-0.1906	-0.4492	0.4057	-0.1449	-0.2026	0.6119	0.1778	0.5205	30.7372	19.1113	47.843
16	2.7198	-1.0549	1.8313	2.2512	-2.3424	4.852	0.0121	-0.9723	-0.2357	0.1857	0.3274	0.317	-0.0145	-0.1874	0.1137	0.3131	-0.0206	-0.1574	0.9625	0.4607	0.5074	36.4866	22.6305	56.3829
17	3.3176	-1.075	-0.1149	3.6803	-1.3171	9.2533	0.2121	-1.1772	0.5175	0.9325	-0.0956	-0.9176	-1.003	1.1607	0.1918	0.7649	-0.018	-0.3491	0.9078	0.0011	0.5738	47.1462	31.3879	57.452
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
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3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 1521:1543 )	A	1521 - 1543
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 1544:1592 )	A	1544 - 1592
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 1615:1674 )	A	1615 - 1674
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 1675:1760 )	A	1675 - 1760
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 1761:1799 )	A	1761 - 1799
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 1450:1473 )	B	1450 - 1473
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 1474:1543 )	B	1474 - 1543
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 1544:1592 )	B	1544 - 1592
11	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 1615:1674 )	B	1615 - 1674
12	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 1675:1760 )	B	1675 - 1760
13	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 1761:1799 )	B	1761 - 1799
14	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN C AND RESID 1450:1473 )	C	1450 - 1473
15	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN C AND RESID 1474:1543 )	C	1474 - 1543
16	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN C AND RESID 1544:1592 )	C	1544 - 1592
17	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN C AND RESID 1615:1674 )	C	1615 - 1674
18	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN C AND RESID 1675:1760 )	C	1675 - 1760
19	X-RAY DIFFRACTION	19	( CHAIN C AND RESID 1761:1799 )	C	1761 - 1799
20	X-RAY DIFFRACTION	20	( CHAIN D AND RESID 1450:1473 )	D	1450 - 1473
21	X-RAY DIFFRACTION	21	( CHAIN D AND RESID 1474:1520 )	D	1474 - 1520
22	X-RAY DIFFRACTION	22	( CHAIN D AND RESID 1521:1543 )	D	1521 - 1543
23	X-RAY DIFFRACTION	23	( CHAIN D AND RESID 1544:1592 )	D	1544 - 1592
24	X-RAY DIFFRACTION	24	( CHAIN D AND RESID 1615:1674 )	D	1615 - 1674
25	X-RAY DIFFRACTION	25	( CHAIN D AND RESID 1675:1760 )	D	1675 - 1760
26	X-RAY DIFFRACTION	26	( CHAIN D AND RESID 1761:1799 )	D	1761 - 1799
27	X-RAY DIFFRACTION	27	( CHAIN E AND RESID 1450:1473 )	E	1450 - 1473
28	X-RAY DIFFRACTION	28	( CHAIN E AND RESID 1474:1543 )	E	1474 - 1543
29	X-RAY DIFFRACTION	29	( CHAIN E AND RESID 1544:1592 )	E	1544 - 1592
30	X-RAY DIFFRACTION	30	( CHAIN E AND RESID 1615:1674 )	E	1615 - 1674
31	X-RAY DIFFRACTION	31	( CHAIN E AND RESID 1675:1760 )	E	1675 - 1760
32	X-RAY DIFFRACTION	32	( CHAIN E AND RESID 1761:1799 )	E	1761 - 1799
33	X-RAY DIFFRACTION	33	( CHAIN F AND RESID 1450:1473 )	F	1450 - 1473
34	X-RAY DIFFRACTION	34	( CHAIN F AND RESID 1474:1520 )	F	1474 - 1520
35	X-RAY DIFFRACTION	35	( CHAIN F AND RESID 1521:1543 )	F	1521 - 1543
36	X-RAY DIFFRACTION	36	( CHAIN F AND RESID 1544:1592 )	F	1544 - 1592
37	X-RAY DIFFRACTION	37	( CHAIN F AND RESID 1615:1674 )	F	1615 - 1674
38	X-RAY DIFFRACTION	38	( CHAIN F AND RESID 1675:1760 )	F	1675 - 1760
39	X-RAY DIFFRACTION	39	( CHAIN F AND RESID 1761:1799 )	F	1761 - 1799
40	X-RAY DIFFRACTION	40	( CHAIN G AND RESID 1450:1473 )	G	1450 - 1473
41	X-RAY DIFFRACTION	41	( CHAIN G AND RESID 1474:1543 )	G	1474 - 1543
42	X-RAY DIFFRACTION	42	( CHAIN G AND RESID 1544:1592 )	G	1544 - 1592
43	X-RAY DIFFRACTION	43	( CHAIN G AND RESID 1615:1674 )	G	1615 - 1674
44	X-RAY DIFFRACTION	44	( CHAIN G AND RESID 1675:1760 )	G	1675 - 1760
45	X-RAY DIFFRACTION	45	( CHAIN G AND RESID 1761:1799 )	G	1761 - 1799
46	X-RAY DIFFRACTION	46	( CHAIN H AND RESID 1450:1473 )	H	1450 - 1473
47	X-RAY DIFFRACTION	47	( CHAIN H AND RESID 1474:1543 )	H	1474 - 1543
48	X-RAY DIFFRACTION	48	( CHAIN H AND RESID 1544:1674 )	H	1544 - 1674
49	X-RAY DIFFRACTION	49	( CHAIN H AND RESID 1675:1760 )	H	1675 - 1760
50	X-RAY DIFFRACTION	50	( CHAIN H AND RESID 1761:1799 )	H	1761 - 1799

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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