PDB-5cwn: Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR71

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cwn

タイトル

Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR71

要素

Designed helical repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / helical repeat protein

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Bhabha, G. / Ekiert, D.C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Exploring the repeat protein universe through computational protein design.
著者: Brunette, T.J. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Tsutakawa, S.E. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Baker, D.

履歴

登録	2015年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月6日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cwn.cif.gz	140.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cwn.ent.gz	112.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cwn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cwn_validation.pdf.gz	442.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cwn_full_validation.pdf.gz	442.7 KB	表示
XML形式データ	5cwn_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	5cwn_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cwbC 5cwcC 5cwdC 5cwfC 5cwgC 5cwhC 5cwiC 5cwjC 5cwkC 5cwlC 5cwmC 5cwoC 5cwpC 5cwqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3f53-d 5v0r-1 1sum-d 6uy8-d 1wk0-d 4auv-1 6ux8-d 4auv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Designed helical repeat protein

ヘテロ分子

24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	23.270, 82.910, 103.300
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Designed helical repeat protein 分子量: 23614.760 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₇NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.11 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.7 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 / 詳細: 0.1 M CHES, pH 9.5, 50% (v/v) PEG 200

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.111 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月16日

放射

モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.111 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 22958 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 26.68 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.079 / R_rim(I) all: 0.086 / Χ²: 0.985 / Net I/σ(I): 15.01 / Num. measured all: 158634

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.7-1.74		7.1	0.638	1.643	1.25	11791	1667	1666	1.775	99.9
1.74-1.79			0.763	1.335	1.61	11662	1659	1656	1.443	99.8
1.79-1.84			0.722	1.118	1.98	10833	1539	1535	1.209	99.7
1.84-1.9			0.853	0.874	2.66	10886	1536	1534	0.945	99.9
1.9-1.96			0.92	0.618	3.94	10551	1498	1498	0.668	100
1.96-2.03			0.942	0.457	5.4	10203	1434	1434	0.494	100
2.03-2.11			0.951	0.354	6.95	10062	1430	1428	0.384	99.9
2.11-2.19			0.985	0.222	10.37	9245	1314	1309	0.241	99.6
2.19-2.29			0.99	0.168	13.16	9193	1302	1302	0.182	100
2.29-2.4			0.994	0.129	16.24	8665	1242	1236	0.139	99.5
2.4-2.53			0.993	0.118	17.48	8407	1200	1198	0.128	99.8
2.53-2.69			0.997	0.087	20.99	7722	1121	1115	0.095	99.5
2.69-2.87			0.998	0.072	25.31	7421	1079	1071	0.078	99.3
2.87-3.1			0.998	0.061	28.47	6628	977	975	0.066	99.8
3.1-3.4			0.998	0.054	32.77	6205	937	931	0.059	99.4
3.4-3.8			0.999	0.039	39.68	5384	846	841	0.042	99.4
3.8-4.39			0.999	0.032	44.87	4858	747	743	0.035	99.5
4.39-5.38			0.999	0.03	44.58	4185	651	650	0.033	99.8
5.38-7.6			0.999	0.032	39.72	3209	530	528	0.036	99.6
	7.6		0.998	0.03	38.61	1524	330	308	0.034	93.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.7→43.839 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.77 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2087	1144	5 %	RANDOM
R_work	0.1895	21747	-	-
obs	0.1905	22891	99.62 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.6 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 154.74 Å² / B_iso mean: 45.6607 Å² / B_iso min: 17.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→43.839 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1617	0	123	49	1789
B_iso mean	-	-	55.75	44.15	-
残基数	-	-	-	-	207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1778
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.01	2373
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	256
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	316
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.39	748

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.7-1.7772	0.3111	142	0.3068	2681	2823	100
1.7772-1.8709	0.276	139	0.2601	2636	2775	100
1.8709-1.9881	0.2615	140	0.222	2684	2824	100
1.9881-2.1416	0.1994	143	0.1808	2697	2840	100
2.1416-2.3571	0.1598	142	0.1472	2704	2846	100
2.3571-2.6981	0.1796	141	0.1517	2694	2835	100
2.6981-3.3991	0.2298	147	0.1916	2761	2908	100
3.3991-43.8537	0.2028	150	0.194	2890	3040	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.5231	-0.284	0.5266	1.6979	0.3923	1.6749	-0.0148	0.1678	-0.1759	0.0422	-0.0153	0.0604	0.2444	-0.0364	-0.0001	0.1838	-0.0162	-0.0026	0.191	-0.0156	0.2158	0.1145	-14.1914	10.6887
2	1.7817	0.0705	0.0729	1.0288	1.2808	1.6701	0.0649	-0.2199	0.0993	0.3259	-0.0851	0.0326	-0.0704	-0.2003	-0.0001	0.2838	-0.006	0.0243	0.259	-0.0415	0.2385	-3.8336	-2.9194	27.8604
3	1.7355	0.1063	-0.6443	0.7619	0.5959	1.1822	-0.1237	-0.6566	0.0898	0.3912	0.173	-0.0868	-0.1146	-0.2498	0.1668	0.4157	0.0423	0.0546	0.4592	-0.1108	0.263	-7.3245	-0.7537	42.9277

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 1:99 )	A	1 - 99
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 100:175 )	A	100 - 175
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 176:207 )	A	176 - 207

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