PDB-5cwl: Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR54

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cwl

タイトル

Crystal structure of de novo designed helical repeat protein DHR54

要素

Designed helical repeat protein

キーワード

DE NOVO PROTEIN / helical repeat protein

機能・相同性

TRIETHYLENE GLYCOL

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Bhabha, G. / Ekiert, D.C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Exploring the repeat protein universe through computational protein design.
著者: Brunette, T.J. / Parmeggiani, F. / Huang, P.S. / Bhabha, G. / Ekiert, D.C. / Tsutakawa, S.E. / Hura, G.L. / Tainer, J.A. / Baker, D.

履歴

登録	2015年7月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年12月30日	Group: Database references
改定 1.2	2016年1月6日	Group: Database references
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cwl.cif.gz	227.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cwl.ent.gz	189.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cwl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cwl_validation.pdf.gz	446.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cwl_full_validation.pdf.gz	447.8 KB	表示
XML形式データ	5cwl_validation.xml.gz	15.8 KB	表示
CIF形式データ	5cwl_validation.cif.gz	22.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cwl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cwbC 5cwcC 5cwdC 5cwfC 5cwgC 5cwhC 5cwiC 5cwjC 5cwkC 5cwmC 5cwnC 5cwoC 5cwpC 5cwqC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6n6d-d 2v0v-3 4nto-3 2f4i-3 6l9k-d 4nto-1 4nto-2 2f4i-2 4nt2-d 4lrk-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Designed helical repeat protein

B: Designed helical repeat protein

ヘテロ分子

41 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Designed helical repeat protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Designed helical repeat protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
20.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.250, 69.100, 82.630
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Designed helical repeat protein 分子量: 20301.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET21_NESG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL 分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION 分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL 分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 162 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.67 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2 M Sodium chloride, 0.1 M Na/K phosphate, pH 6.2, 50% (v/v) PEG 200

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ALS

/ ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.111 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月16日

放射

モノクロメーター: DOUBLE FLAT CRYSTAL, SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.111 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 51178 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 23.18 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.056 / R_rim(I) all: 0.061 / Χ²: 0.991 / Net I/σ(I): 15.08 / Num. measured all: 360741

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.5-1.54		7.1	0.489	1.802	1.03	26354	3723	3720	1.946	99.9
1.54-1.58			0.497	1.659	1.16	25799	3642	3640	1.792	99.9
1.58-1.63			0.58	1.329	1.48	25456	3586	3584	1.436	99.9
1.63-1.68			0.752	1.018	1.95	24596	3454	3452	1.099	99.9
1.68-1.73			0.809	0.807	2.45	23938	3358	3356	0.871	99.9
1.73-1.79			0.879	0.588	3.41	23224	3243	3241	0.635	99.9
1.79-1.86			0.958	0.403	4.93	22467	3131	3129	0.434	99.9
1.86-1.94			0.971	0.282	7.02	21608	3012	3010	0.305	99.9
1.94-2.02			0.986	0.186	10.36	20931	2910	2908	0.2	99.9
2.02-2.12			0.994	0.114	15.61	20154	2814	2811	0.123	99.9
2.12-2.24			0.997	0.084	20.35	18855	2633	2631	0.091	99.9
2.24-2.37			0.998	0.065	25.59	17994	2523	2521	0.07	99.9
2.37-2.54			0.998	0.054	29.21	16770	2369	2367	0.059	99.9
2.54-2.74			0.998	0.049	33.14	15399	2203	2195	0.052	99.6
2.74-3			0.999	0.042	37.13	14056	2056	2044	0.045	99.4
3-3.35			0.999	0.038	39.85	12548	1872	1864	0.041	99.6
3.35-3.87			0.999	0.034	44.81	11171	1650	1643	0.036	99.6
3.87-4.74			0.999	0.032	46.76	9336	1421	1408	0.035	99.1
4.74-6.71			0.999	0.032	45.03	7307	1132	1122	0.035	99.1
	6.71		0.998	0.031	40.53	2778	675	532	0.035	78.8

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.5→45.929 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2091	1817	3.88 %	RANDOM
R_work	0.1793	45067	-	-
obs	0.1805	46884	91.32 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.5 Å / VDWプローブ半径: 0.9 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 210.29 Å² / B_iso mean: 47.768 Å² / B_iso min: 18.79 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→45.929 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2703	0	55	162	2920
B_iso mean	-	-	72.65	49.43	-
残基数	-	-	-	-	352

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3019
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.698	4086
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.028	468
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	566
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.601	1224

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.5-1.5406	0.4569	113	0.3588	2828	2941	76
1.5406-1.5859	0.3698	114	0.333	2944	3058	78
1.5859-1.6371	0.3096	123	0.2961	3095	3218	82
1.6371-1.6956	0.3104	121	0.2686	3185	3306	85
1.6956-1.7635	0.3153	137	0.2481	3297	3434	88
1.7635-1.8438	0.2293	143	0.2167	3430	3573	91
1.8438-1.941	0.1979	137	0.2014	3533	3670	94
1.941-2.0626	0.2188	154	0.1775	3703	3857	98
2.0626-2.2219	0.1831	153	0.1565	3756	3909	99
2.2219-2.4455	0.1652	153	0.149	3775	3928	100
2.4455-2.7993	0.1935	154	0.1573	3799	3953	99
2.7993-3.5266	0.1847	158	0.1712	3850	4008	100
3.5266-45.9504	0.2144	157	0.1714	3872	4029	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2913	-0.0099	-0.0512	0.2039	0.0824	0.0909	0.0867	0.0725	0.0539	-0.2591	0.5686	0.7542	0.045	-0.9378	-0.0005	0.3537	-0.028	-0.0505	0.6089	0.0814	0.5007	-16.6002	12.7061	-21.7028
2	0.5856	-0.1022	0.6456	2.0188	-0.3515	1.1062	0.0559	0.0704	-0.0464	-0.2064	-0.0854	-0.1089	0.0439	-0.0558	0	0.2235	0.0261	0.0107	0.2333	0.0058	0.2263	-7.3369	18.4977	-15.159
3	0.6194	-0.5821	0.5415	1.8192	0.5783	1.5176	0.0653	0.0106	0.0139	0.0432	-0.1106	-0.2986	-0.0357	0.104	0	0.1945	-0.0056	-0.0003	0.2311	0.0226	0.2248	-1.3564	27.6251	-4.6919
4	0.6085	-0.8802	-0.2732	1.573	-0.0972	1.0182	0.1506	0.2796	0.2559	0.105	-0.3253	-1.1471	-0.1365	0.9617	-0.0315	0.344	-0.0658	-0.0586	0.5053	0.0819	0.4933	6.6533	30.7538	-1.7293
5	0.0777	-0.1506	-0.003	0.4743	0.4124	2.2173	-0.1253	0.504	0.2461	-0.4639	0.0312	0.4182	0.1436	-0.8787	-0.4596	0.397	0.0104	-0.1436	0.5799	0.1372	0.3214	-36.0557	26.642	-22.127
6	1.3007	0.2179	0.3854	0.65	-0.8348	1.7346	0.0794	0.5636	-0.1467	-1.22	0.0848	-0.5132	0.3781	-0.1876	0.77	0.6252	0.0871	0.1862	0.4528	0.0389	0.3489	-25.9751	25.3873	-21.278
7	0.3398	-0.321	-0.1105	0.8921	0.565	0.3663	0.1107	0.365	0.2378	-0.3177	0.3873	0.3229	-0.4184	-0.864	0.0093	0.3241	0.059	0.0335	0.353	0.0992	0.2446	-32.5593	32.9566	-14.9317
8	0.6825	-0.348	-0.0092	1.6481	0.6533	1.8291	0.0488	0.1106	0.1681	-0.2799	0.0077	-0.4267	-0.281	0.2742	0.0003	0.2603	0.0111	0.0604	0.2659	0.0436	0.3061	-23.0276	33.8618	-7.885
9	0.668	-0.2212	0.3136	0.4676	0.3348	0.5693	0.1563	0.1299	0.1752	0.1309	0.0081	0.0558	-0.7253	-0.189	0.0001	0.4015	0.0192	0.0459	0.233	0.0203	0.3078	-25.6568	43.1355	0.6632
10	0.3943	0.4333	-0.0049	0.8567	0.3119	0.2752	-0.2043	-0.2178	0.1018	0.1801	-0.0411	-0.6672	-0.1218	0.4974	-0.0119	0.2769	-0.0574	-0.0088	0.3582	0.0283	0.4536	-15.5039	39.4219	3.826

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 2:22 )	A	2 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 23:109 )	A	23 - 109
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 110:154 )	A	110 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 155:178 )	A	155 - 178
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 2:23 )	B	2 - 23
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 24:45 )	B	24 - 45
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN B AND RESID 46:66 )	B	46 - 66
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 67:131 )	B	67 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 132:154 )	B	132 - 154
10	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 155:176 )	B	155 - 176

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)