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万見
- PDB-5cw9: Crystal structure of De novo designed ferredoxin-ferredoxin domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cw9
タイトルCrystal structure of De novo designed ferredoxin-ferredoxin domain insertion protein
要素De novo designed ferredoxin-ferredoxin domain insertion protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / designed / de novo / ferredoxin / domain insertion
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.108 Å
データ登録者DiMaio, F. / King, I.C. / Gleixner, J. / Doyle, L. / Stoddard, B. / Baker, D.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Defense Threat Reduction Agency (DTRA)N00024-10-D-6318/0024 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2015
タイトル: Precise assembly of complex beta sheet topologies from de novo designed building blocks.
著者: King, I.C. / Gleixner, J. / Doyle, L. / Kuzin, A. / Hunt, J.F. / Xiao, R. / Montelione, G.T. / Stoddard, B.L. / DiMaio, F. / Baker, D.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: De novo designed ferredoxin-ferredoxin domain insertion protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,8391
ポリマ－16,8391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.563, 80.563, 222.683
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
詳細monomer according to gel filtration

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要素

#1: タンパク質 De novo designed ferredoxin-ferredoxin domain insertion protein


分子量: 16838.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 3.5 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年7月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→40.282 Å / Num. obs: 6783 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.1 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 18.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.42 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.108→40.282 Å / FOM work R set: 0.4538 / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 53.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3488 675 9.95 %
Rwork0.3332 6108 -
obs0.3349 6783 97.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 428.27 Å2 / Biso mean: 219.11 Å2 / Biso min: 154.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.108→40.282 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1181 0 0 0 1181
残基数----146
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0191194
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7111607
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.089192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007204
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.25469
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1082-3.34810.44441240.45831121124592
3.3481-3.68490.48891320.46041204133698
3.6849-4.21760.53631360.45951218135499
4.2176-5.31180.36121380.37111250138899
5.3118-40.28490.28981450.26921315146098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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