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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ct4 | ||||||
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タイトル | Wild-type Bacillus subtilis lipase A with 5% [BMIM][Cl] | ||||||
要素 | Esterase | ||||||
キーワード | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 lipase activity / triacylglycerol lipase / triacylglycerol lipase activity / lipid catabolic process / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus subtilis (枯草菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.49 Å | ||||||
データ登録者 | Nordwald, E.M. / Plaks, J.G. / Snell, J.R. / Sousa, M.C. / Kaar, J.L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015 タイトル: Crystallographic Investigation of Imidazolium Ionic Liquid Effects on Enzyme Structure. 著者: Nordwald, E.M. / Plaks, J.G. / Snell, J.R. / Sousa, M.C. / Kaar, J.L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ct4.cif.gz | 236.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ct4.ent.gz | 194.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ct4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5ct4_validation.pdf.gz | 447.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5ct4_full_validation.pdf.gz | 449.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5ct4_validation.xml.gz | 20.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5ct4_validation.cif.gz | 31.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/5ct4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/5ct4 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19311.758 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: lipA, QX56_01625 / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: I6V559, UniProt: P37957*PLUS, triacylglycerol lipase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.53 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 35 % PEG 3350, 20 mM NaSO4, 0.1M ethanolamine, 10mM ZnCl2, pH 9.5 Temp details: Room temp |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9999 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9999 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.49→39.4 Å / Num. obs: 52595 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 16.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.49→1.57 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.126 / Mean I/σ(I) obs: 7.2 / % possible all: 96.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.49→39.4 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 13.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.006 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.49→39.4 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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