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- PDB-5cs2: Crystal structure of Plasmodium falciparum diadenosine triphospha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cs2
タイトルCrystal structure of Plasmodium falciparum diadenosine triphosphate hydrolase in complex with Cyclomarin A
要素
  • Cyclomarin A
  • Histidine triad protein
キーワードHYDROLASE / Cyclomarin A / diadenosine triphosphate hydrolase / anti-plasmodial activity / malaria / Plasmodium falciparum
機能・相同性
機能・相同性情報


bis(5'-adenosyl)-triphosphatase / bis(5'-adenosyl)-triphosphatase activity / bis(5'-nucleosyl)-tetraphosphatase (asymmetrical) activity / nucleotide binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / FHIT family / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily ...: / FHIT family / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bis(5'-adenosyl)-triphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
Streptomyces (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ostermann, N. / Schmitt, E. / Gerhartz, B. / Hinniger, A. / Delmas, C.
引用ジャーナル: Chembiochem / 年: 2015
タイトル: Gift from Nature: Cyclomarin A Kills Mycobacteria and Malaria Parasites by Distinct Modes of Action.
著者: Burstner, N. / Roggo, S. / Ostermann, N. / Blank, J. / Delmas, C. / Freuler, F. / Gerhartz, B. / Hinniger, A. / Hoepfner, D. / Liechty, B. / Mihalic, M. / Murphy, J. / Pistorius, D. / ...著者: Burstner, N. / Roggo, S. / Ostermann, N. / Blank, J. / Delmas, C. / Freuler, F. / Gerhartz, B. / Hinniger, A. / Hoepfner, D. / Liechty, B. / Mihalic, M. / Murphy, J. / Pistorius, D. / Rottmann, M. / Thomas, J.R. / Schirle, M. / Schmitt, E.K.
履歴
登録2015年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月27日Group: Database references
改定 2.02019年5月15日Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: entity_poly / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code
改定 3.02024年1月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 4.02024年11月20日Group: Atomic model / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histidine triad protein
B: Cyclomarin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7453
ポリマ－24,7092
非ポリマー351
水2,000111
1
A: Histidine triad protein
B: Cyclomarin A
ヘテロ分子

A: Histidine triad protein
B: Cyclomarin A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,4896
ポリマ－49,4184
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_645y+1,x-1,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.953, 45.953, 138.440
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Histidine triad protein


分子量: 23647.811 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF14_0349 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): T1 resistant / 参照: UniProt: Q8IL97
#2: タンパク質・ペプチド Cyclomarin A


分子量: 1061.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Streptomyces (バクテリア)
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 27.97 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 uL of protein-inhibitor solution (11 mg/ml PFAp3Aase, 50 mM TRIS pH 8, 150 mM NaCl, 5% glycerol and 1 mM TCEP, 1mM cyclomarin A) was mixed with 0.2 uL reservoir solution (100 mM HEPES pH ...詳細: 0.2 uL of protein-inhibitor solution (11 mg/ml PFAp3Aase, 50 mM TRIS pH 8, 150 mM NaCl, 5% glycerol and 1 mM TCEP, 1mM cyclomarin A) was mixed with 0.2 uL reservoir solution (100 mM HEPES pH 7.5, 30% Iso-propanol, 200 mM Magnesium chloride hexahydrate) and equilibrated against 80 uL reservoir solution.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99997 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99997 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→17.5 Å / Num. obs: 20919 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 26.19 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 20.3
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.75 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FHI

2fhi


解像度: 1.65→17.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9496 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU R Cruickshank DPI: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Blow DPI: 0.099 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.096
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2232 1044 5 %RANDOM
Rwork0.1953 ---
obs0.1967 20891 98.49 %-
原子変位パラメータBiso mean: 31.74 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.1758 Å20 Å20 Å2
2---4.1758 Å20 Å2
3---8.3517 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.238 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.65→17.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1235 0 1 111 1347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011339HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.071810HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d478SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes38HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes182HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1339HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.35
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.97
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion180SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1577SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.74 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2812 151 4.98 %
Rwork0.2377 2883 -
all0.2398 3034 -
obs--98.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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