PDB-1rz1: Reduced flavin reductase PheA2 in complex with NAD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1rz1

タイトル

Reduced flavin reductase PheA2 in complex with NAD

要素

phenol 2-hydroxylase component B

キーワード

OXIDOREDUCTASE / flavin / NAD

機能・相同性

機能・相同性情報

pyrimidine nucleobase catabolic process / riboflavin reductase (NADPH) activity / FMN binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Geobacillus thermoglucosidasius (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Van Den Heuvel, R.H. / Westphal, A.H. / Heck, A.J. / Walsh, M.A. / Rovida, S. / Van Berkel, W.J. / Mattevi, A.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2004
タイトル: Structural Studies on Flavin Reductase PheA2 Reveal Binding of NAD in an Unusual Folded Conformation and Support Novel Mechanism of Action.
著者: Van Den Heuvel, R.H. / Westphal, A.H. / Heck, A.J. / Walsh, M.A. / Rovida, S. / Van Berkel, W.J. / Mattevi, A.

履歴

登録	2003年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月29日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1rz1.cif.gz	273.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1rz1.ent.gz	225.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1rz1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1rz1_validation.pdf.gz	6.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1rz1_full_validation.pdf.gz	6.3 MB	表示
XML形式データ	1rz1_validation.xml.gz	59.2 KB	表示
CIF形式データ	1rz1_validation.cif.gz	73.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/1rz1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rz/1rz1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1rz0SC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1rz0-2 1rz0-4 1rz0-3 4jms-d 5obz-d 3vmw-d 6cl4-d 5jyo-8 2x6t-3 3m28-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: phenol 2-hydroxylase component B

B: phenol 2-hydroxylase component B

C: phenol 2-hydroxylase component B

D: phenol 2-hydroxylase component B

E: phenol 2-hydroxylase component B

F: phenol 2-hydroxylase component B

G: phenol 2-hydroxylase component B

H: phenol 2-hydroxylase component B

ヘテロ分子

155 kDa, 8 ポリマー
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1

A: phenol 2-hydroxylase component B

B: phenol 2-hydroxylase component B

ヘテロ分子

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38.8 kDa, 2 ポリマー
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2

C: phenol 2-hydroxylase component B

D: phenol 2-hydroxylase component B

ヘテロ分子

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38.8 kDa, 2 ポリマー
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3

E: phenol 2-hydroxylase component B

F: phenol 2-hydroxylase component B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 2 ポリマー
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4

G: phenol 2-hydroxylase component B

H: phenol 2-hydroxylase component B

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.8 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	53.693, 156.457, 83.925
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASP	ASP	LEU	LEU	A	A	3 - 24	3 - 24
2	1	ASP	ASP	LEU	LEU	B	B	3 - 24	3 - 24
3	1	ASP	ASP	LEU	LEU	C	C	3 - 24	3 - 24
4	1	ASP	ASP	LEU	LEU	D	D	3 - 24	3 - 24
5	1	ASP	ASP	LEU	LEU	E	E	3 - 24	3 - 24
6	1	ASP	ASP	LEU	LEU	F	F	3 - 24	3 - 24
7	1	ASP	ASP	LEU	LEU	G	G	3 - 24	3 - 24
8	1	ASP	ASP	LEU	LEU	H	H	3 - 24	3 - 24
9	2	ALA	ALA	GLN	GLN	A	A	27 - 153	27 - 153
10	2	ALA	ALA	GLN	GLN	B	B	27 - 153	27 - 153
11	2	ALA	ALA	GLN	GLN	C	C	27 - 153	27 - 153
12	2	ALA	ALA	GLN	GLN	D	D	27 - 153	27 - 153
13	2	ALA	ALA	GLN	GLN	E	E	27 - 153	27 - 153
14	2	ALA	ALA	GLN	GLN	F	F	27 - 153	27 - 153
15	2	ALA	ALA	GLN	GLN	G	G	27 - 153	27 - 153
16	2	ALA	ALA	GLN	GLN	H	H	27 - 153	27 - 153
17	3	FAD	FAD	FAD	FAD	A	I	1200
18	3	FAD	FAD	FAD	FAD	B	K	2200
19	3	FAD	FAD	FAD	FAD	C	M	3200
20	3	FAD	FAD	FAD	FAD	D	O	4200
21	3	FAD	FAD	FAD	FAD	E	Q	5200
22	3	FAD	FAD	FAD	FAD	F	S	6200
23	3	FAD	FAD	FAD	FAD	G	U	7200
24	3	FAD	FAD	FAD	FAD	H	W	8200
25	4	NAD	NAD	NAD	NAD	A	J	1201
26	4	NAD	NAD	NAD	NAD	B	L	2201
27	4	NAD	NAD	NAD	NAD	C	N	3201
28	4	NAD	NAD	NAD	NAD	D	P	4201
29	4	NAD	NAD	NAD	NAD	E	R	5201
30	4	NAD	NAD	NAD	NAD	F	T	6201
31	4	NAD	NAD	NAD	NAD	G	V	7201
32	4	NAD	NAD	NAD	NAD	H	X	8201

#1: タンパク質	phenol 2-hydroxylase component B / Flavin reductase PheA2 分子量: 17957.650 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Geobacillus thermoglucosidasius (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LAG2
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.38 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.9 %

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→15 Å / Num. all: 80392 / Num. obs: 77418 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MAR345		データ収集
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
CCP4		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1RZ0

1rz0

解像度: 2.1→15 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 6.968 / SU ML: 0.176 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.291 / ESU R Free: 0.207 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25604	1560	2 %	RANDOM
R_work	0.23686	-	-	-
all	0.23726	0	-	-
obs	0.23726	74830	95.15 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.413 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.23 Å²	0 Å²	-0.6 Å²
2-	-	1.06 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→15 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9408	0	776	397	10581

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	10384
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.489	2.058	14152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.547	5	1216
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	7320
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	4609
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.166	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.549	0.2	72
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.426	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.818	1.5	6056
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.604	2	9760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.38	3	4328
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.818	4.5	4392

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1245 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	tight positional	0.04	0.05
2	B	tight positional	0.05	0.05
3	C	tight positional	0.04	0.05
4	D	tight positional	0.05	0.05
5	E	tight positional	0.04	0.05
6	F	tight positional	0.05	0.05
7	G	tight positional	0.04	0.05
8	H	tight positional	0.05	0.05
1	A	tight thermal	0.15	0.5
2	B	tight thermal	0.17	0.5
3	C	tight thermal	0.16	0.5
4	D	tight thermal	0.14	0.5
5	E	tight thermal	0.14	0.5
6	F	tight thermal	0.16	0.5
7	G	tight thermal	0.14	0.5
8	H	tight thermal	0.17	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.153 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.346	111
R_work	0.357	4914

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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