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- PDB-5cqk: Crystal Structure of the Cancer Genomic DNA Mutator APOBEC3B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cqk
タイトルCrystal Structure of the Cancer Genomic DNA Mutator APOBEC3B
要素DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
キーワードHYDROLASE / APOBEC / deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / P-body ...mRNA Editing: C to U Conversion / Formation of the Editosome / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / clearance of foreign intracellular DNA / cytidine deaminase activity / transposable element silencing / P-body / defense response to virus / innate immune response / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
APOBEC-like C-terminal domain / Novel AID APOBEC clade 2 / : / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者Shi, K. / Kurahashi, K. / Aihara, H.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of the DNA Deaminase APOBEC3B Catalytic Domain.
著者: Shi, K. / Carpenter, M.A. / Kurahashi, K. / Harris, R.S. / Aihara, H.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5527
ポリマ－21,9791
非ポリマー5736
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.630, 54.040, 66.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA dC->dU-editing enzyme APOBEC-3B / A3B / Phorbolin-1-related protein / Phorbolin-2/3


分子量: 21978.963 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 187-378 / 変異: F200S, W228S, L230K, Y250S, F308K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: APOBEC3B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UH17, 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 環状アミジンに作用

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非ポリマー , 5種, 99分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG3350, MES-NaOH

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→42 Å / Num. obs: 13173 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 1.88→1.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.168

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2166: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CQD

5cqd


解像度: 1.88→41.918 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2032 701 5 %
Rwork0.1736 --
obs0.1751 13173 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→41.918 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1498 0 34 93 1625
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091576
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9722127
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.361929
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.055216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007275
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8801-1.94730.35021350.31492664X-RAY DIFFRACTION96
1.9473-2.02520.29821450.2822640X-RAY DIFFRACTION98
2.0252-2.11740.27011260.2372683X-RAY DIFFRACTION99
2.1174-2.2290.23451420.21682650X-RAY DIFFRACTION99
2.229-2.36870.23671510.19962731X-RAY DIFFRACTION99
2.3687-2.55150.24371490.17962692X-RAY DIFFRACTION99
2.5515-2.80820.23771300.16092689X-RAY DIFFRACTION99
2.8082-3.21450.19051490.14932699X-RAY DIFFRACTION99
3.2145-4.04940.14841390.12222681X-RAY DIFFRACTION99
4.0494-41.92880.1491460.14422671X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.22730.22480.16660.31230.12990.50710.00580.1344-0.0772-0.05320.1347-0.01810.20540.30590.08770.14360.0254-0.0040.1679-0.02460.1654-0.1677-17.10472.158
20.0618-0.00490.00640.0292-0.03050.1515-0.06180.0953-0.0917-0.04010.02010.2115-0.14490.0207-0.05240.15340.0474-0.00770.1420.00910.1907-10.9378-0.59410.6916
30.01430.0277-0.0320.1542-0.02210.114-0.0733-0.0539-0.024-0.15130.01560.0666-0.05680.0346-0.02140.12370.0012-0.02690.12170.0090.1247-10.66551.1085-3.0646
40.1485-0.0503-0.11690.06470.00740.1132-0.1301-0.02480.110.12770.0362-0.1459-0.12650.2645-0.00220.1633-0.02320.00960.1536-0.01220.13840.88-0.33838.2611
50.10.0211-0.09260.1553-0.06090.1466-0.0452-0.1444-0.02740.1016-0.00450.1854-0.17140.0447-0.01720.14280.0065-0.02950.1006-0.0120.1895-12.3893.88774.2761
60.39730.0440.08990.0618-0.04820.11140.0466-0.1349-0.0254-0.0604-0.00510.0145-0.2489-0.13880.03670.20330.03940.02270.1145-0.01680.1316-8.3393-2.416114.1873
70.06140.10340.03520.16320.07560.08510.0999-0.0377-0.09750.2391-0.0356-0.02220.0693-0.03110.01150.17590.01250.02060.1554-0.01940.1613-8.2532-12.826218.9403
80.105-0.05350.03210.3366-0.0510.0559-0.06650.12920.065-0.00920.06870.180.0278-0.0750.01130.1207-0.0140.01780.18210.01810.1425-12.5955-12.57210.7106
90.0617-0.0615-0.04180.1726-0.00630.046-0.12460.2083-0.09510.02520.19490.05040.09320.19610.00550.1995-0.04880.01080.2546-0.03790.1688-6.2777-19.6654-8.2855
100.06550.0373-0.02410.028-00.02170.06-0.0463-0.24940.0782-0.11440.05280.1611-0.22200.1814-0.0118-0.00680.18440.00630.1517-16.1145-20.505811.9129
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 190:214 )A190 - 214
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 215:224 )A215 - 224
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 225:239 )A225 - 239
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 240:265 )A240 - 265
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 266:279 )A266 - 279
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 280:309 )A280 - 309
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 310:328 )A310 - 328
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 329:348 )A329 - 348
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 349:361 )A349 - 361
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 362:378 )A362 - 378

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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