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- PDB-5cpt: Disproportionating enzyme 1 from Arabidopsis - beta cyclodextrin soak -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cpt
タイトルDisproportionating enzyme 1 from Arabidopsis - beta cyclodextrin soak
要素4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic
キーワードTRANSFERASE / disproportionating enzyme 1 / 4-alpha-glucanotransferase / Glycoside Hydrolase Family 77 / starch degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


maltose catabolic process / amyloplast / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / starch catabolic process / chloroplast / glucose metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 77 / 4-alpha-glucanotransferase / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-maltose / 4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者O'Neill, E.C. / Stevenson, C.E.M. / Tantanarat, K. / Latousakis, D. / Donaldson, M.I. / Rejzek, M. / Limpaseni, T. / Smith, A.M. / Field, R.A. / Lawson, D.M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J004561/1 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Dissection of the Maltodextrin Disproportionation Cycle of the Arabidopsis Plastidial Disproportionating Enzyme 1 (DPE1).
著者: O'Neill, E.C. / Stevenson, C.E. / Tantanarat, K. / Latousakis, D. / Donaldson, M.I. / Rejzek, M. / Nepogodiev, S.A. / Limpaseni, T. / Field, R.A. / Lawson, D.M.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Database references
改定 1.22017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic
B: 4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,31820
ポリマ－126,6402
非ポリマー1,67818
水5,999333
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8840 Å2
ΔGint41 kcal/mol
Surface area41300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.750, 73.110, 79.330
Angle α, β, γ (deg.)65.440, 69.480, 66.850
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 60 - 576 / Label seq-ID: 48 - 564

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic / Amylomaltase / Disproportionating enzyme / D-enzyme / Protein DISPROPORTIONATING ENZYME 1


分子量: 63320.191 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 46-576 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The crystallised protein contained residues 46-576 of the wild-type amino acid sequence preceded by an N-terminal nickel affinity tag
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: DPE1, At5g64860, MXK3.9 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LV91, 4-alpha-glucanotransferase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2122h-1a_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][D-1-deoxy-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.76 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 1 microliter of 9% PEG2000 MME in 0.1 M HEPES-NaOH, pH 8.0 was added to 1 microliter of protein at a concentration of 10 mg/ml in 20 mM HEPES-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9173 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9173 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→70.323 Å / Num. all: 52530 / Num. obs: 52530 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 41.1 Å2 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.1 / Rsym value: 0.081 / Net I/av σ(I): 8.214 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 276058
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.3-2.365.30.6911.12060039010.3720.6912.592.5
2.36-2.425.40.5451.32051438220.2940.545394
2.42-2.495.30.4331.72018037850.2340.4333.794.5
2.49-2.575.30.3791.91920636130.2050.3794.393.6
2.57-2.665.30.3072.41851535010.1670.307593.9
2.66-2.755.30.262.81801534140.1420.265.893.6
2.75-2.855.20.2133.41696232390.1170.2136.792.6
2.85-2.975.30.1694.31623530630.0930.1698.291.7
2.97-3.15.20.135.71500828990.0730.131090.4
3.1-3.255.10.1076.91354326730.060.10711.586.2
3.25-3.4350.0848.71258825220.0470.08414.384.9
3.43-3.645.30.06411.31396126590.0350.06418.196
3.64-3.895.30.05612.41306024820.030.05620.995.5
3.89-4.25.30.04714.31212122990.0250.04723.495.4
4.2-4.65.30.04215.21131521360.0220.04225.895
4.6-5.145.20.04315.3978418820.0220.0432693.4
5.14-5.945.20.04415.2835616060.0230.04425.790
5.94-7.275.20.04115.9660312680.0210.04126.284.5
7.27-10.295.40.02722.1616511390.0140.0273098.4
10.29-70.3235.30.02721.833276270.0150.02732.498.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1X1N

1x1n


解像度: 2.3→63.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.193 / WRfactor Rwork: 0.1606 / FOM work R set: 0.8712 / SU B: 11.635 / SU ML: 0.137 / SU R Cruickshank DPI: 0.2816 / SU Rfree: 0.1931 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.196 2692 5.1 %RANDOM
Rwork0.1633 ---
obs0.165 49836 92.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.84 Å2 / Biso mean: 40.1 Å2 / Biso min: 19.56 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.19 Å21.08 Å20.48 Å2
2---1.3 Å2-0.78 Å2
3---0.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→63.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7938 0 108 333 8379
Biso mean--51.62 41.36 -
残基数----1025
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0198273
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.027585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3081.94311243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.882317402
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.64151023
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.35723.886368
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.774151235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3271546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0730.21207
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0219404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2472.374098
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2412.374097
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0033.5515116
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 29726 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.06 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 173 -
Rwork0.244 3720 -
all-3893 -
obs--92.43 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.2474-1.1494-0.59597.97712.47315.7684-0.2829-0.011-0.25991.1437-0.07870.96060.6408-0.18720.36160.4051-0.06280.12760.4052-0.07690.79373.681238.023341.0723
21.75120.0889-0.69043.09572.18684.49490.0779-0.005-0.06360.0113-0.08310.18620.14090.04190.00520.0163-0.0003-0.01720.02350.00320.034325.3611.71526.1181
32.22390.63710.22744.0804-0.35133.33910.1050.1974-0.281-0.0687-0.0270.0390.5534-0.1258-0.0780.2038-0.01040.00110.0948-0.01820.048519.9972-11.953414.3544
40.080.1347-0.16920.81981.06096.6205-0.00910.05740.0157-0.1109-0.0350.07490.2238-0.27690.04410.07190.0295-0.02530.08330.02070.085119.1609-3.88833.8464
50.68410.3505-0.02213.31361.33723.8985-0.01830.15830.1096-0.44180.1382-0.139-0.42350.2543-0.120.1629-0.0229-0.02780.10680.03410.070827.169316.60574.6022
61.4117-0.4935-0.26213.581.07451.38950.0571-0.1501-0.05340.18520.0723-0.29240.08390.3005-0.12940.02-0.0038-0.03050.09820.00630.047937.121412.485131.2405
76.30363.76387.09627.99896.77679.1403-0.06570.15230.2086-0.12460.1124-0.285-0.15510.2458-0.04670.5506-0.14080.08510.3485-0.00960.396333.93931.91565.1225
81.3076-0.3512-1.99566.31572.96644.6071-0.0959-0.04750.0586-0.01450.1012-0.2734-0.03270.2507-0.00530.0504-0.0319-0.0490.04370.04430.076140.474551.568843.0601
92.5720.1591-0.10864.2537-0.33712.20270.0506-0.19450.38230.33320.0207-0.288-0.29720.1154-0.07130.0980.0094-0.02020.1157-0.04580.119535.615669.568149.9175
104.1795-3.0736-1.44613.3641.15440.52410.12160.05220.2642-0.1095-0.0515-0.0642-0.0632-0.0576-0.07020.09060.0025-0.03810.1239-0.00070.053823.41571.125446.2227
112.2967-1.1238-0.61884.10781.60691.2041-0.05470.0732-0.28410.113-0.23060.70140.1084-0.32050.28540.07330.0046-0.03180.1493-0.04210.220812.244453.123742.4911
120.7909-0.09780.04173.23611.69392.806-0.1151-0.1583-0.10020.51620.0508-0.16520.30130.10080.06420.11840.0106-0.02590.06130.0470.053734.996936.881448.7114
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A60 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2A78 - 134
3X-RAY DIFFRACTION3A135 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4A215 - 293
5X-RAY DIFFRACTION5A294 - 438
6X-RAY DIFFRACTION6A439 - 576
7X-RAY DIFFRACTION7B60 - 76
8X-RAY DIFFRACTION8B77 - 122
9X-RAY DIFFRACTION9B123 - 212
10X-RAY DIFFRACTION10B213 - 294
11X-RAY DIFFRACTION11B295 - 438
12X-RAY DIFFRACTION12B439 - 576

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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