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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5csy | |||||||||
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Title | Disproportionating enzyme 1 from Arabidopsis - acarbose soak | |||||||||
![]() | 4-alpha-glucanotransferase DPE1, chloroplastic/amyloplastic | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / disproportionating enzyme 1 / 4-alpha-glucanotransferase / Glycoside Hydrolase Family 77 / starch degradation | |||||||||
Function / homology | ![]() amyloplast / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / : / maltose catabolic process / starch catabolic process / chloroplast / glucose metabolic process Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | O'Neill, E.C. / Stevenson, C.E.M. / Tantanarat, K. / Latousakis, D. / Donaldson, M.I. / Rejzek, M. / Limpaseni, T. / Smith, A.M. / Field, R.A. / Lawson, D.M. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structural Dissection of the Maltodextrin Disproportionation Cycle of the Arabidopsis Plastidial Disproportionating Enzyme 1 (DPE1). Authors: O'Neill, E.C. / Stevenson, C.E. / Tantanarat, K. / Latousakis, D. / Donaldson, M.I. / Rejzek, M. / Nepogodiev, S.A. / Limpaseni, T. / Field, R.A. / Lawson, D.M. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 426.5 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 346.9 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 5cpqC ![]() 5cpsC ![]() 5cptC ![]() 5cq1C ![]() 5csuC ![]() 1x1nS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 60 - 576 / Label seq-ID: 48 - 564
|
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 63320.191 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 46-576 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: The crystallised protein contained residues 46-576 of the wild-type amino acid sequence preceded by an N-terminal nickel affinity tag Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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-Sugars , 3 types, 3 molecules
#2: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltotriose |
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#3: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose Source method: isolated from a genetically manipulated source |
#4: Polysaccharide | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4,6-dideoxy-4- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-4,6-dideoxy-4-{[(1S,4R,5S,6S)-4,5,6-trihydroxy-3-(hydroxymethyl)cyclohex-2-en-1-yl]amino}-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose Type: oligosaccharide / Mass: 1132.028 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source |
-Non-polymers , 2 types, 414 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: Chemical | ChemComp-EDO / #6: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.62 Å3/Da / Density % sol: 52.98 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8 Details: 1 microliter of 9% PEG2000 MME in 0.1 M HEPES-NaOH, pH 8.0 was added to 1 microliter of protein at a concentration of 10 mg/ml in 20 mM HEPES-NaOH, pH 7.5, 150 mM NaCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M / Detector: PIXEL / Date: Sep 21, 2011 | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9173 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.05→63.67 Å / Num. obs: 72219 / % possible obs: 89.7 % / Redundancy: 4.2 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Rpim(I) all: 0.051 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 303777 / Scaling rejects: 25 | |||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1X1N Resolution: 2.05→63.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.1904 / WRfactor Rwork: 0.1673 / FOM work R set: 0.7956 / SU B: 10.816 / SU ML: 0.139 / SU R Cruickshank DPI: 0.2035 / SU Rfree: 0.1612 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.161 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 106.65 Å2 / Biso mean: 43.944 Å2 / Biso min: 23.29 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.05→63.67 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 57822 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 2.05→2.103 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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