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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5coz
タイトルCrystal structure of an uncharacterized protein (EUBREC_2869) from Eubacterium rectale ATCC 33656 at 1.45 A resolution
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural Genomics / Unknown Function / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Regulatory protein YycH-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Eubacterium rectale (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an uncharacterized protein (EUBREC_2869) from Eubacterium rectale ATCC 33656 at 1.45 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5192
ポリマ－41,4961
非ポリマー231
水10,575587
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.090, 60.060, 130.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 41495.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Eubacterium rectale (strain ATCC 33656 / VPI 0990) (バクテリア)
株: ATCC 33656 / VPI 0990 / 遺伝子: EUBREC_2869 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: C4ZHW1
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 587 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M sodium cacodylate pH 6.5, 30% polyethylene glycol 8000, 0.2M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.95369,0.97934,0.97915
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月23日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.953691
20.979341
30.979151
反射解像度: 1.45→29.263 Å / Num. all: 66473 / Num. obs: 66473 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Rpim(I) all: 0.048 / Rrim(I) all: 0.099 / Rsym value: 0.086 / Net I/av σ(I): 6.86 / Net I/σ(I): 9.7 / Num. measured all: 267287
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I) obs% possible all
1.45-1.493.50.6870.5861.31691847850.350.6870.5861298.9
1.49-1.5340.5730.4981.51919147610.280.5730.4982.6100
1.53-1.5740.4690.4081.91862946020.2290.4690.4083.2100
1.57-1.624.10.3840.3342.31828044950.1870.3840.3343.8100
1.62-1.674.10.3320.2892.71755643220.1620.3320.2894.4100
1.67-1.734.10.2840.2473.11713142030.1390.2840.2475.1100
1.73-1.84.10.2420.213.61660440670.1180.2420.215.8100
1.8-1.874.10.1920.1664.51598639140.0940.1920.1667.2100
1.87-1.964.10.1550.1343.91539437730.0770.1550.1349100
1.96-2.054.10.1230.1066.91467635810.060.1230.10610.7100
2.05-2.164.10.1010.0878.21402434370.0490.1010.08712.5100
2.16-2.294.10.0950.0828.31326632520.0470.0950.08213.5100
2.29-2.454.10.0910.0798.81251030550.0440.0910.07914.5100
2.45-2.654.10.0880.0768.71177628860.0430.0880.07615.5100
2.65-2.94.10.070.06110.91080126430.0340.070.06118.1100
2.9-3.244.10.0580.0512.8979524120.0280.0580.0520.7100
3.24-3.7440.0490.04314.6867521490.0240.0490.04324.1100
3.74-4.5940.0460.0415.1734918370.0230.0460.0425.8100
4.59-6.483.90.0490.04214565714530.0240.0490.04223.1100
6.48-29.2633.60.050.04313.730698460.0250.050.04321.798.4

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位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
BUSTER-TNT2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
BUSTER2.10.2精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.45→29.263 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9633 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9547 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. CONDITIONS. 3. NA ION MODELED WAS PRESENT IN CRYSTALLIZATION CONDITION. 4. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1854 3255 4.9 %RANDOM
Rwork0.1605 ---
obs0.1617 66401 99.88 %-
原子変位パラメータBiso max: 88.51 Å2 / Biso mean: 18.5385 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.8605 Å20 Å20 Å2
2---0.1449 Å20 Å2
3---1.0054 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.145 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→29.263 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2820 0 1 587 3408
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1457SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes113HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes435HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3010HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion398SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4021SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3010HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4112HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.48
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.68
LS精密化 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246 217 4.55 %
Rwork0.2031 4557 -
all0.205 4774 -
obs--99.88 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.1924 Å / Origin y: 58.3284 Å / Origin z: 13.7016 Å
111213212223313233
T-0.0273 Å20.0112 Å2-0.0057 Å2--0.0339 Å2-0.0005 Å2---0.0307 Å2
L0.2685 °20.0514 °2-0.0323 °2-0.3082 °2-0.1082 °2--0.4694 °2
S0.0074 Å °-0.0415 Å °0.0117 Å °0.0186 Å °-0.0044 Å °-0.0027 Å °-0.0033 Å °0.0383 Å °-0.0029 Å °
精密化 TLSグループSelection details: {A|35 - 381}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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