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- PDB-5ax3: Crystal structure of ERK2 complexed with allosteric and ATP-compe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ax3
タイトルCrystal structure of ERK2 complexed with allosteric and ATP-competitive inhibitors.
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 1
  • allosteric and ATP-competitive inhibitor
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ternary complex / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA sequestering activity / positive regulation of metalloendopeptidase activity / PTK6 Activates STAT3 / eye photoreceptor cell differentiation / retinal rod cell differentiation / radial glial cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of primary miRNA processing / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of neuron migration ...RNA sequestering activity / positive regulation of metalloendopeptidase activity / PTK6 Activates STAT3 / eye photoreceptor cell differentiation / retinal rod cell differentiation / radial glial cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway via STAT / negative regulation of primary miRNA processing / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of neuron migration / T-helper 17 type immune response / Signalling to STAT3 / negative regulation of inflammatory response to wounding / primary miRNA binding / POU5F1 (OCT4), SOX2, NANOG activate genes related to proliferation / response to leptin / sexual reproduction / interleukin-11-mediated signaling pathway / regulation of feeding behavior / T-helper 17 cell lineage commitment / cellular response to interleukin-17 / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / Interleukin-9 signaling / Interleukin-21 signaling / interleukin-9-mediated signaling pathway / phospho-PLA2 pathway / MET activates STAT3 / interleukin-2-mediated signaling pathway / Signaling by MAPK mutants / RAF-independent MAPK1/3 activation / Suppression of apoptosis / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / Signaling by Activin / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / intracellular receptor signaling pathway / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / ERKs are inactivated / negative regulation of stem cell differentiation / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / Signaling by MAP2K mutants / interleukin-15-mediated signaling pathway / cellular response to leptin stimulus / Signaling by NODAL / STAT3 nuclear events downstream of ALK signaling / astrocyte differentiation / RSK activation / Interleukin-23 signaling / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / Signaling by cytosolic FGFR1 fusion mutants / positive regulation of macrophage proliferation / Interleukin-37 signaling / Interleukin-15 signaling / Regulation of the apoptosome activity / outer ear morphogenesis / Signaling by Leptin / Interleukin-35 Signalling / Interleukin-27 signaling / regulation of cellular pH / negative regulation of glycolytic process / regulation of Golgi inheritance / ERBB signaling pathway / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / growth hormone receptor signaling pathway / positive regulation of vascular endothelial cell proliferation / trachea formation / Negative feedback regulation of MAPK pathway / regulation of early endosome to late endosome transport / temperature homeostasis / eating behavior / regulation of stress-activated MAPK cascade / Signaling by ALK / IFNG signaling activates MAPKs / Frs2-mediated activation / Interleukin-20 family signaling / interleukin-6-mediated signaling pathway / lung morphogenesis / Interleukin-6 signaling / positive regulation of macrophage chemotaxis / positive regulation of Notch signaling pathway / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / response to exogenous dsRNA / regulation of cytoskeleton organization / Activation of the AP-1 family of transcription factors / face development / ERK/MAPK targets / progesterone receptor signaling pathway / androgen receptor signaling pathway / RUNX2 regulates osteoblast differentiation / pseudopodium / Recycling pathway of L1 / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Interleukin-10 signaling / MAPK1 (ERK2) activation / somatic stem cell population maintenance / Bergmann glial cell differentiation / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT
類似検索 - 分子機能
STAT3, SH2 domain / : / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain ...STAT3, SH2 domain / : / Signal transducer and activator of transcription, linker domain / STAT transcription factor, DNA-binding, N-terminal / STAT transcription factor, protein interaction / STAT transcription factor, all-alpha domain / STAT transcription factor, DNA-binding / STAT protein, all-alpha domain / STAT protein, DNA binding domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT protein, protein interaction domain / STAT transcription factor, N-terminal domain superfamily / Transcription factor STAT / STAT transcription factor, coiled coil / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / p53-like transcription factor, DNA-binding / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-5ID / Mitogen-activated protein kinase 1 / Signal transducer and activator of transcription 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.984 Å
データ登録者Kinoshita, T. / Sugiyama, H. / Mori, Y. / Takahashi, N. / Tomonaga, A.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2016
タイトル: Identification of allosteric ERK2 inhibitors through in silico biased screening and competitive binding assay
著者: Kinoshita, T. / Sugiyama, H. / Mori, Y. / Takahashi, N. / Tomonaga, A.
履歴
登録2015年7月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年2月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
B: allosteric and ATP-competitive inhibitor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1153
ポリマ－43,7232
非ポリマー3921
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area17590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.835, 66.465, 116.871
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK ...MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAPK 2


分子量: 42231.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAPK1, ERK2, PRKM1, PRKM2 / プラスミド: pGEX 6p-1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P28482, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド allosteric and ATP-competitive inhibitor


分子量: 1491.815 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P40763*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-5ID / (2R,3R,4S,5R)-2-(4-AMINO-5-IODO-7H-PYRROLO[2,3-D]PYRIMIDIN-7-YL)-5-(HYDROXYMETHYL)TETRAHYDROFURAN-3,4-DIOL / 5-IODOTUBERCIDIN / 5-ヨ-ドツベルシジン


分子量: 392.150 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H13IN4O4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.82 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG3350, Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→43.89 Å / Num. obs: 13356 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 14.7
反射 シェル解像度: 2.98→3.16 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.693 / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FYS

2fys


解像度: 2.984→43.886 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 32.85 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2846 614 4.6 %random selection
Rwork0.2364 ---
obs0.2387 13356 99.55 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.984→43.886 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2812 0 20 0 2832
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032899
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7533923
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5271098
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003494
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.984-3.28430.35791530.28693161X-RAY DIFFRACTION99
3.2843-3.75930.36421580.24123182X-RAY DIFFRACTION100
3.7593-4.73540.23491630.223187X-RAY DIFFRACTION100
4.7354-43.89060.27521400.23483212X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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