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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5co5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Ac-AChBP in complex with conotoxin GIC | ||||||
要素 |
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キーワード | METAL BINDING PROTEIN/TOXIN / AChBP / GIC / METAL BINDING PROTEIN-TOXIN complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine receptor activity / ion channel regulator activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / toxin activity / neuron projection / シナプス / extracellular region ...host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / acetylcholine receptor activity / ion channel regulator activity / acetylcholine-gated monoatomic cation-selective channel activity / response to nicotine / toxin activity / neuron projection / シナプス / extracellular region / 生体膜 / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aplysia californica (ジャンボアメフラシ) Conus geographus (アンボイナ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, X.Q. / Xu, M.Y. / Luo, S.L. / Lin, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of Ac-AChBP in complex with conotoxin GIC 著者: Wang, X.Q. / Xu, M.Y. / Luo, S.L. / Lin, B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5co5.cif.gz | 465.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5co5.ent.gz | 397 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5co5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5co5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5co5 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26645.967 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aplysia californica (ジャンボアメフラシ) 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q8WSF8 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1614.832 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus geographus (アンボイナ) / 参照: UniProt: Q86RB2 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.07 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5M lithium sulfate monohydrate, 0.1M Tris pH 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å |
検出器 | タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 85409 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 18.7 |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.1→43.453 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.453 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 5.0676 Å / Origin y: -35.3219 Å / Origin z: 27.5531 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |