PDB-5co5: Crystal structure of Ac-AChBP in complex with conotoxin GIC

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5co5

タイトル

Crystal structure of Ac-AChBP in complex with conotoxin GIC

要素

Alpha-conotoxin GIC
Soluble acetylcholine receptor

キーワード

METAL BINDING PROTEIN/TOXIN / AChBP / GIC / METAL BINDING PROTEIN-TOXIN complex

機能・相同性

機能・相同性情報

host cell postsynaptic membrane / acetylcholine receptor inhibitor activity / ion channel regulator activity / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / transmembrane signaling receptor activity / toxin activity / extracellular region / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Aplysia californica (無脊椎動物)

Conus geographus (アンボイナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Wang, X.Q. / Xu, M.Y. / Luo, S.L. / Lin, B.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Ac-AChBP in complex with conotoxin GIC
著者: Wang, X.Q. / Xu, M.Y. / Luo, S.L. / Lin, B.

履歴

登録	2015年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月16日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5co5.cif.gz	470.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5co5.ent.gz	388.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5co5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5co5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5co5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2uz6-2 6m4x-d 5oaj-1 5xgl-d 2byp-d 6m4z-d 2br8-d 5jme-d 2w8g-d 4xk9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (4) #71 - 2005年11月アセチルコリン受容体 (Acetylcholine Receptor) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Soluble acetylcholine receptor

F: Alpha-conotoxin GIC

B: Soluble acetylcholine receptor

C: Alpha-conotoxin GIC

D: Soluble acetylcholine receptor

E: Alpha-conotoxin GIC

G: Soluble acetylcholine receptor

H: Alpha-conotoxin GIC

I: Soluble acetylcholine receptor

J: Alpha-conotoxin GIC

141 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.585, 84.941, 208.601
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Soluble acetylcholine receptor 分子量: 26645.967 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aplysia californica (無脊椎動物) 発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他) 参照: UniProt: Q8WSF8
#2: タンパク質・ペプチド	Alpha-conotoxin GIC 分子量: 1614.832 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Conus geographus (アンボイナ) / 参照: UniProt: Q86RB2
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 648 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.07 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.5M lithium sulfate monohydrate, 0.1M Tris pH 8.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 85409 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 6.7 % / Net I/σ(I): 18.7

-
解析

ソフトウェア

名称: PHENIX / バージョン: 1.9_1692 / 分類: 精密化

精密化

解像度: 2.1→43.453 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.37 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.221	4283	5.01 %
R_work	0.1784	-	-
obs	0.1806	85409	96.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→43.453 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8810	0	0	648	9458

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	9040
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.153	12295
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.24	3275
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1370
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1600

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0515-2.0748	0.3003	125	0.2312	2522	X-RAY DIFFRACTION	90
2.0748-2.0992	0.2775	139	0.2231	2557	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0992-2.1248	0.2906	139	0.2274	2585	X-RAY DIFFRACTION	93
2.1248-2.1517	0.262	107	0.2167	2590	X-RAY DIFFRACTION	94
2.1517-2.18	0.2623	134	0.2183	2615	X-RAY DIFFRACTION	93
2.18-2.2099	0.2605	131	0.2218	2583	X-RAY DIFFRACTION	94
2.2099-2.2414	0.308	141	0.2211	2563	X-RAY DIFFRACTION	93
2.2414-2.2749	0.2627	148	0.2158	2612	X-RAY DIFFRACTION	95
2.2749-2.3104	0.294	145	0.2172	2613	X-RAY DIFFRACTION	94
2.3104-2.3483	0.2432	137	0.2052	2621	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3483-2.3888	0.2729	140	0.2024	2602	X-RAY DIFFRACTION	95
2.3888-2.4322	0.261	113	0.2066	2719	X-RAY DIFFRACTION	96
2.4322-2.479	0.2747	150	0.2084	2636	X-RAY DIFFRACTION	96
2.479-2.5296	0.2752	163	0.2032	2658	X-RAY DIFFRACTION	96
2.5296-2.5846	0.2432	153	0.1986	2678	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5846-2.6447	0.2355	158	0.1942	2714	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6447-2.7109	0.2344	154	0.1953	2709	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7109-2.7841	0.2651	144	0.1954	2726	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7841-2.866	0.2289	129	0.1963	2762	X-RAY DIFFRACTION	99
2.866-2.9585	0.2801	142	0.1992	2771	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9585-3.0643	0.247	144	0.2019	2769	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0643-3.1869	0.2322	138	0.1956	2779	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1869-3.3319	0.2546	143	0.1848	2796	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3319-3.5075	0.2102	136	0.1796	2829	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5075-3.7271	0.2095	144	0.1679	2806	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7271-4.0147	0.2061	146	0.1586	2798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0147-4.4184	0.1497	162	0.1322	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4184-5.0569	0.1432	147	0.1255	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0569-6.368	0.189	156	0.1597	2888	X-RAY DIFFRACTION	100
6.368-43.4624	0.2325	175	0.1817	2955	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 5.0676 Å / Origin y: -35.3219 Å / Origin z: 27.5531 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1935 Å²	0.0058 Å²	-0.0017 Å²	-	0.1381 Å²	-0.0346 Å²	-	-	0.181 Å²
L	0.5364 °²	0.0261 °²	0.0034 °²	-	0.2737 °²	-0.2987 °²	-	-	0.5925 °²
S	0.0168 Å °	0.0008 Å °	-0.0502 Å °	0.0069 Å °	0.0108 Å °	0.016 Å °	0.022 Å °	-0.0165 Å °	0 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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