PDB-5co1: Crystal Structure of Zebrafish Protocadherin-19 EC3-4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5co1

タイトル

Crystal Structure of Zebrafish Protocadherin-19 EC3-4

要素

Protocadherin-19 isoform 1

キーワード

CELL ADHESION / adhesion / epilepsy

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of neuronal action potential / neural tube formation / brain morphogenesis / homophilic cell adhesion via plasma membrane adhesion molecules / visual perception / excitatory postsynaptic potential / cell-cell adhesion / postsynapse / cell adhesion / cadherin binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.51 Å

データ登録者

Cooper, S.R. / Jontes, J.D. / Sotomayor, M.

引用

ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Structural determinants of adhesion by Protocadherin-19 and implications for its role in epilepsy.
著者: Cooper, S.R. / Jontes, J.D. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2015年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年11月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2018年10月31日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5co1.cif.gz	341.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5co1.ent.gz	280.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5co1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5co1_validation.pdf.gz	456.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5co1_full_validation.pdf.gz	469.2 KB	表示
XML形式データ	5co1_validation.xml.gz	31.2 KB	表示
CIF形式データ	5co1_validation.cif.gz	42.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5co1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5co1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5iu9C 5cyx C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2qvi-d 4nuq-d 2qvf-d 4zmy-d 6eb5-1 2o72-d 4zmp-d 6eb5-2 4zmn-d 3crf-d 6ztb-d 1495 3cre-d 5tfl-1 5vt8-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

A: Protocadherin-19 isoform 1

B: Protocadherin-19 isoform 1

C: Protocadherin-19 isoform 1

D: Protocadherin-19 isoform 1

ヘテロ分子

98.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Protocadherin-19 isoform 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protocadherin-19 isoform 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protocadherin-19 isoform 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Protocadherin-19 isoform 1

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	149.355, 86.631, 132.583
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 122.13, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protocadherin-19 isoform 1 分子量: 24422.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ) 遺伝子: pcdh19 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: C4P340, UniProt: F8W3X3*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1 詳細: 100 mM Sodium Cacodylate pH 6.1, 100 mM Calcium Acetate, 25% MPD

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月31日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.51→50 Å / Num. obs: 47847 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.4 % / Net I/σ(I): 16.59
反射シェル	解像度: 2.51→2.55 Å / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.591 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / % possible all: 88.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0123	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4aqe_A

解像度: 2.51→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 21.276 / SU ML: 0.202 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.282 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23943	2360	4.9 %	RANDOM
R_work	0.18837	-	-	-
obs	0.19091	45487	97.78 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.112 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0 Å²	0.1 Å²
2-	-	-0.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.51→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6464	0	16	49	6529

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	6574
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6270
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.392	1.968	8953
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.74	3	14456
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.03	5	825
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.003	26.113	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.289	15	1109
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.534	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	1061
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.021	7519
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1385
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	6.26	5.782	3318
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	6.261	5.78	3317
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	9.708	8.638	4137
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	9.707	8.641	4138
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	6.549	6.444	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	6.545	6.441	3254
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	10.243	9.368	4816
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	14.152	44.907	6780
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	14.153	44.911	6777
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.514→2.579 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.416	143	-
R_work	0.383	2966	-
obs	-	-	86.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6434	-0.5878	0.6458	2.8766	-0.8394	0.678	-0.0574	0.0333	0.0981	-0.108	-0.0547	-0.3086	-0.0192	0.0258	0.112	0.164	-0.0165	-0.0132	0.1389	0.0639	0.1748	-32.7976	-1.4263	-10.9764
2	0.975	-0.6525	1.2951	0.9371	-1.407	3.0097	0.0407	0.167	0.125	0.2826	0.0472	-0.1179	-0.0005	0.1351	-0.0879	0.4017	0.115	-0.1898	0.088	-0.0129	0.1727	-19.969	-30.087	23.9643
3	0.7788	-0.9137	-0.8317	2.8298	1.0169	0.905	-0.0568	0.0336	-0.1299	-0.0557	-0.0748	0.2648	0.012	-0.029	0.1316	0.1418	-0.0162	0.0235	0.1436	-0.0421	0.1825	-40.2408	-31.0331	-11.4
4	1.0266	-0.4648	-0.8709	0.4084	0.794	2.057	-0.0256	0.0192	0.0053	-0.068	0.0398	-0.0264	-0.1057	-0.1806	-0.0142	0.1714	0.0674	0.1105	0.2231	0.045	0.1039	-57.8791	-2.4938	21.0154
5	0.3299	-0.3048	0.5285	2.2927	-0.1362	0.914	0.0033	0.0491	0.0164	-0.0194	0.0061	-0.2336	0.0023	0.0526	-0.0094	0.0005	-0.0045	0.0093	0.2217	0.0273	0.255	14.8952	-38.6473	55.5045
6	1.7448	-1.2034	1.2715	1.2426	-1.483	2.0318	0.1577	-0.0053	-0.0683	-0.2159	-0.0787	0.2015	0.1081	0.1296	-0.079	0.1695	0.018	-0.1958	0.0582	-0.0143	0.2421	-15.0638	-10.1372	33.172
7	0.2022	-0.433	-0.4153	1.8133	0.3736	1.1966	-0.0058	0.0619	-0.0522	0.022	-0.0595	0.2305	0.0002	-0.0828	0.0652	0.0196	-0.0133	0.0482	0.2312	-0.0155	0.2393	-10.5672	-37.6274	59.409
8	0.4842	0.1013	-0.9011	0.529	0.1917	2.1056	-0.0852	0.0258	-0.0303	-0.0719	-0.0622	-0.0275	0.1134	-0.0503	0.1473	0.1816	-0.0322	0.1228	0.173	0.0018	0.1696	11.9035	-65.6485	29.3047

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	213 - 318
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1001 - 1002
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1004
4	X-RAY DIFFRACTION	2	A	319 - 423
5	X-RAY DIFFRACTION	2	A	1003
6	X-RAY DIFFRACTION	3	B	213 - 318
7	X-RAY DIFFRACTION	3	B	501 - 502
8	X-RAY DIFFRACTION	3	B	504
9	X-RAY DIFFRACTION	4	B	319 - 422
10	X-RAY DIFFRACTION	4	B	503
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	213 - 318
12	X-RAY DIFFRACTION	5	C	501 - 502
13	X-RAY DIFFRACTION	5	C	504
14	X-RAY DIFFRACTION	6	C	319 - 422
15	X-RAY DIFFRACTION	6	C	503
16	X-RAY DIFFRACTION	7	D	213 - 318
17	X-RAY DIFFRACTION	7	D	501 - 502
18	X-RAY DIFFRACTION	7	D	504
19	X-RAY DIFFRACTION	8	D	319 - 422
20	X-RAY DIFFRACTION	8	D	503

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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