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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5clh | ||||||||||||
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タイトル | Structure of PurE (N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase) H59N from the acidophilic bacterium Acetobacter aceti, at pH 8 | ||||||||||||
![]() | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase | ||||||||||||
![]() | ISOMERASE / acidophile / purE / purine biosynthesis | ||||||||||||
機能・相同性 | ![]() 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||||||||
![]() | Starks, C.M. / Kappock, T.J. | ||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE 著者: Sullivan, K.L. / Tranchimand, S. / Kappock, T.J. #1: ![]() タイトル: Biochemical and structural studies of N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase from the acidophilic bacterium Acetobacter aceti. 著者: Constantine, C.Z. / Starks, C.M. / Mill, C.P. / Ransome, A.E. / Karpowicz, S.J. / Francois, J.A. / Goodman, R.A. / Kappock, T.J. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 142.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 111 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 456.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 456.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18858.666 Da / 分子数: 2 / 変異: H59N / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: purE, AZ09_02690 / プラスミド: pET23a / 詳細 (発現宿主): pJK283 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase #2: 化合物 | ChemComp-ACT / | #3: 化合物 | ChemComp-EDO / | #4: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: .2 M lithium sulfate, 0.1 M Tris, 30% (w/v) PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 111 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年9月18日 |
放射 | モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 38755 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 19.55 Å2 / Rsym value: 0.049 / Net I/σ(I): 30.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.405 / % possible all: 73.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ycb chain A 解像度: 1.75→35.118 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 14.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.118 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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