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- PDB-4ycc: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ycc | ||||||
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Title | Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE with Y154L mutation | ||||||
![]() | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase | ||||||
![]() | ISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis | ||||||
Function / homology | ![]() 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kappock, T.J. / Sullivan, K.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE Authors: Sullivan, K.L. / Tranchimand, S. / Kappock, T.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 107.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 452.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 453 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 15.6 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 22.5 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ycbSC ![]() 4ycdC ![]() 4ycjC ![]() 5clfC ![]() 5clgC ![]() 5clhC ![]() 5cliC ![]() 5cljC ![]() 5ctjC ![]() 5cvtC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 18754.623 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: W34F, Y154L, W165F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-ACT / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.6 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.3 Details: 30% w/v PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2011 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97872 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.25→50 Å / Num. obs: 19655 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 8.1 % / Biso Wilson estimate: 26.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.102 / Net I/σ(I): 37.3 |
Reflection shell | Resolution: 2.25→2.29 Å / Redundancy: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 10.6 / % possible all: 99.6 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4YCB Resolution: 2.257→49.729 Å / SU ML: 0.19 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 16.87 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.257→49.729 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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