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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4ycj | ||||||
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Title | Structure of Acetobacter aceti PurE Y154F | ||||||
![]() | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase | ||||||
![]() | ISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis | ||||||
Function / homology | ![]() 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kappock, T.J. / Sullivan, K.L. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE Authors: Sullivan, K.L. / Tranchimand, S. / Kappock, T.J. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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PDB format | ![]() | 111.4 KB | Display | ![]() |
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Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 447.8 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 17.4 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 25.8 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 4ycbSC ![]() 4yccC ![]() 4ycdC ![]() 5clfC ![]() 5clgC ![]() 5clhC ![]() 5cliC ![]() 5cljC ![]() 5ctjC ![]() 5cvtC S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 18866.711 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: Y154F Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() References: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SO4 / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.4 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.3 Details: 25% (v/v) PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: MARMOSAIC 300 mm CCD / Detector: CCD / Date: Jun 27, 2012 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9785 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.842→50 Å / Num. obs: 36064 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 12 % / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 44.1 |
Reflection shell | Resolution: 1.85→1.88 Å / Redundancy: 11.7 % / Mean I/σ(I) obs: 5.36 / Rsym value: 0.421 / % possible all: 100 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4YCB CHAIN A Resolution: 1.845→32.598 Å / SU ML: 0.17 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 21.19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.845→32.598 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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