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- PDB-5bor: Structure of Acetobacter aceti PurE-S57C, sulfonate form -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 5bor

タイトル

Structure of Acetobacter aceti PurE-S57C, sulfonate form

要素

N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

キーワード

ISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Sullivan, K.L. / Kappock, T.J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mutation of the conserved serine in two PurE classes
著者: Sullivan, K.L. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2015年5月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年6月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5bor.cif.gz	141.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5bor.ent.gz	111.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5bor.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5bor_validation.pdf.gz	459.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5bor_full_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示
XML形式データ	5bor_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	5bor_validation.cif.gz	23.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5bor ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bo/5bor	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4z7jC 4zc8C 5bosC 4ycbS 1u11 S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ycd-1 2fw1-1 4ycj-1 5bos-1 4zjy-1 5clf-1 2fwb-1 2fw6-1 5ctj-1 5clh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

38.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
153 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.527, 99.527, 165.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-304- HOH
2	1	A-434- HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質

N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase / N5-CAIR mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase

分子量: 18946.773 Da / 分子数: 2 / 変異: S57C / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)
遺伝子: purE, AZ09_02690 / プラスミド: pET23a / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase

-
非ポリマー , 5種, 268分子

#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 25% (v/v) PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月27日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9996→50 Å / Num. obs: 28501 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.7 % / B_iso Wilson estimate: 27.3 Å² / R_sym value: 0.122 / Net I/σ(I): 34.04
反射シェル	解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 12.4 % / R_merge(I) obs: 0.802 / Mean I/σ(I) obs: 3.875 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4ycb chain A

解像度: 2→35.714 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.24 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1755	1362	4.78 %	Same as 4z7j
R_work	0.1396	-	-	-
obs	0.1412	28495	99.83 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→35.714 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2320	0	22	262	2604

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2504
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.985	3443
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.162	923
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	412
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	443

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9996-2.0711	0.2283	132	0.1759	2643	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0711-2.154	0.2223	139	0.162	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.154-2.252	0.2103	129	0.1513	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.252-2.3707	0.2142	138	0.1485	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3707-2.5192	0.1638	133	0.1448	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5192-2.7137	0.1972	132	0.145	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7137-2.9866	0.195	140	0.1481	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9866-3.4185	0.1699	136	0.1385	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4185-4.3058	0.1459	136	0.1228	2753	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3058-35.72	0.1571	147	0.133	2896	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.133	-0.4769	-0.7275	4.4906	-3.6666	3.4079	0.2192	-0.3243	0.5209	0.4553	-0.1438	-0.012	-0.1231	-0.0387	0.0503	0.2574	-0.0117	-0.0041	0.2566	-0.0609	0.2253	-5.917	30.2905	35.8937
2	5.1367	4.8701	-0.6943	4.8504	-1.0049	3.5013	0.1402	-0.5144	0.0707	0.1935	-0.1644	0.0216	0.1176	-0.0356	0.0376	0.2786	0.0357	0.0019	0.3009	-0.0242	0.2321	-0.8632	23.0123	41.3377
3	7.9915	6.102	5.3476	7.0055	4.3791	4.556	0.1711	-0.2742	0.0603	0.2013	-0.1771	-0.07	0.0464	-0.1977	0.0273	0.1988	0.0097	0.0076	0.1806	-0.042	0.182	-8.3712	27.2502	36.2138
4	9.5599	7.3948	-4.1138	6.1853	-3.3844	1.8606	-0.001	0.4404	0.7188	0.1153	0.1793	0.6151	-0.254	-0.1563	-0.1777	0.2215	0.0626	-0.0248	0.1994	-0.02	0.2869	-16.5965	30.4644	28.5883
5	2.639	0.9768	0.1591	3.9253	1.148	2.2387	0.0056	0.0469	0.2171	-0.1187	-0.1349	0.1321	-0.0914	-0.0776	0.1148	0.1483	0.0075	-0.0136	0.1803	-0.011	0.1723	-7.6779	26.825	27.2724
6	5.5965	-3.2411	-1.7167	5.4695	-0.5934	1.2285	0.2367	-1.1953	-0.7913	1.6767	-0.0953	-0.3856	0.6253	0.034	0.0713	0.4668	-0.089	-0.0512	0.4384	0.0941	0.2833	-4.63	5.8659	34.8528
7	2.5352	2.1894	0.3716	4.243	0.5242	1.6956	-0.0266	0.0591	0.1211	0.0544	-0.0248	0.0528	-0.0704	0.0315	0.059	0.1448	0.0243	-0.0047	0.1866	-0.008	0.1691	0.7118	22.2474	26.1959
8	8.6447	-7.8394	7.9914	7.8245	-7.2508	8.545	0.0758	0.2036	-0.0424	0.0364	-0.1435	0.0091	-0.2616	0.3032	0.121	0.1781	-0.0479	0.0015	0.2054	-0.0452	0.2075	15.063	32.1957	35.4661
9	5.1272	-5.0384	2.3115	5.0331	-1.4929	8.4269	-0.1945	-0.5802	-0.1159	1.1075	0.5143	-0.3113	0.8208	0.0268	-0.277	0.4523	0.0223	-0.0748	0.3316	-0.0496	0.3272	24.1546	14.4588	43.6321
10	7.4102	-0.6661	-2.1763	2.7596	4.4827	8.1593	-0.0682	0.2002	0.3302	-0.1308	0.0009	-0.0946	-0.0165	0.3069	0.0943	0.2006	-0.0407	-0.0465	0.2504	0.0626	0.1841	13.3231	28.1196	11.7094
11	4.8843	-3.8856	-0.5356	7.5708	1.1267	3.5802	0.1113	0.3993	0.0304	-0.4372	-0.064	0.161	-0.0609	-0.3312	-0.0357	0.3074	-0.0261	-0.0381	0.2968	0.0282	0.1779	6.6108	22.4743	6.1824
12	2.1334	-0.7064	0.1388	2.298	-0.4207	1.5135	0.0444	0.0737	0.1431	-0.13	-0.0587	-0.1911	-0.0555	0.1784	0.0309	0.2553	-0.0378	-0.0088	0.2166	0.0235	0.2187	16.4055	24.5993	17.7387
13	1.6232	1.1312	-2.1252	0.7995	-1.2759	6.6213	0.2739	1.2582	-0.6963	-1.792	-0.1705	0.848	0.5519	-0.3151	0.0049	0.494	0.0555	-0.0826	0.4385	-0.0686	0.3701	5.8603	4.6762	12.4237
14	1.4774	-1.2336	-0.0363	5.9917	0.7496	1.837	-0.0222	0.0261	0.0856	-0.1345	0.0285	0.0108	-0.0682	0.0003	0.0135	0.1183	-0.0226	0.0068	0.1968	0.0177	0.1417	4.4454	21.8575	20.659
15	4.6211	5.3437	3.0489	6.2884	3.22	3.0905	-0.2838	0.0353	0.7224	-0.3586	0.2055	0.6696	-0.3445	-0.3845	0.143	0.3664	0.0373	-0.0607	0.309	0.087	0.3955	-6.9456	35.2481	12.0938
16	3.825	5.4057	-2.8188	8.885	-1.0908	9.713	-0.1901	0.1265	0.1594	-0.6575	0.0507	0.9421	0.2063	-0.0447	0.229	0.3392	0.0116	-0.0859	0.3552	0.0525	0.3536	-20.5352	19.8474	4.0113

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 20 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 61 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 72 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 73 through 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 108 through 114 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 115 through 154 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 155 through 171 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 172 through 179 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 30 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 31 through 46 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 47 through 107 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 108 through 114 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 115 through 154 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 155 through 171 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 172 through 179 )

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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