+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4zc8 | ||||||
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Title | Structure of Acetobacter aceti PurE-S57T | ||||||
Components | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis | ||||||
Function / homology | Function and homology information 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Acetobacter aceti 1023 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / FOURIER SYNTHESIS / Resolution: 1.754 Å | ||||||
Authors | Kappock, T.J. / Sullivan, K.L. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: Mutation of the conserved serine in two PurE classes Authors: Sullivan, K.L. / Kappock, T.J. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4zc8.cif.gz | 142.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4zc8.ent.gz | 113.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4zc8.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4zc8_validation.pdf.gz | 470.3 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 4zc8_full_validation.pdf.gz | 472.1 KB | Display | |
Data in XML | 4zc8_validation.xml.gz | 16.9 KB | Display | |
Data in CIF | 4zc8_validation.cif.gz | 24.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/4zc8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/zc/4zc8 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4z7jC 5borC 5bosC 4ycbS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 18896.738 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: S57T Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Acetobacter aceti 1023 (bacteria) / Gene: purE, AZ09_02690 / Plasmid: pET23a / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase #2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-EDO / #4: Chemical | ChemComp-SO4 / | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.49 Å3/Da / Density % sol: 50.7 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 8.3 Details: 25% (v/v) PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, 0.2 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 21-ID-G / Wavelength: 0.97856 Å |
Detector | Type: MARMOSAIC 225 mm CCD / Detector: CCD / Date: Dec 3, 2011 |
Radiation | Monochromator: C(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97856 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.75→50 Å / Num. all: 41986 / Num. obs: 41984 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 45.2 |
Reflection shell | Resolution: 1.75→1.78 Å / Redundancy: 14.7 % / Rmerge(I) obs: 0.866 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: FOURIER SYNTHESIS Starting model: 4ycb Resolution: 1.754→35.613 Å / SU ML: 0.14 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 15.52 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.754→35.613 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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