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万見
- PDB-5ck0: BT4246 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ck0
タイトルBT4246
要素SusD homolog
キーワードmucin-binding protein / SusD homologue / tetra-trico peptide repeat (TPR) / microbiota
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
SusD-like, N-terminal / Starch-binding associating with outer membrane / RagB/SusD domain / SusD family / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
: / NICKEL (II) ION / SusD homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.996 Å
Model detailsmucin o-glycan binding SusD homologue
データ登録者Koropatkin, N.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
University of Michigan Host Microbiome Initiative 米国
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Mechanistic insight into mucin degradation by the human gut microbiota reveals targeting of the glycoprotein core
著者: Ndeh, D.A. / Nakjang, S. / Kwiatkowski, K.J. / Koropatkin, N.M. / Hirt, R.P. / Bolam, D.N.
履歴
登録2015年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SusD homolog
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,6276
ポリマ－71,3731
非ポリマー2545
水12,592699
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area810 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area23090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.216, 156.216, 114.704
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number177
Space group name H-MP622
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1351-

HOH

21A-1395-

HOH

31A-1418-

HOH

41A-1499-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SusD homolog


分子量: 71372.930 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 40-642 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_4246 / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta pLysS / 参照: UniProt: Q89ZX5
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 699 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.15 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG 3350, KCl / Temp details: cold room

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.996→46.23 Å / Num. all: 55908 / Num. obs: 55908 / % possible obs: 99.25 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.2025 / Net I/σ(I): 8.03
反射 シェル解像度: 1.996→2.068 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.881 / Mean I/σ(I) obs: 1.66 / % possible all: 96.63

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Semet structure

解像度: 1.996→46.228 Å / FOM work R set: 0.8411 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2265 2000 3.58 %random selection
Rwork0.1867 53887 --
obs0.1881 55887 99.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 77.6 Å2 / Biso mean: 13.15 Å2 / Biso min: 0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.996→46.228 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4861 0 5 699 5565
Biso mean--25.08 19.38 -
残基数----603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075007
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9726819
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041699
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.9511782
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9962-2.04610.32471340.25493620375495
2.0461-2.10150.27181420.24273800394299
2.1015-2.16330.25481410.230738073948100
2.1633-2.23310.27061410.213937973938100
2.2331-2.31290.25321420.205138163958100
2.3129-2.40550.2441410.192738203961100
2.4055-2.5150.22051430.195538363979100
2.515-2.64760.2211420.193138423984100
2.6476-2.81350.23341420.187138303972100
2.8135-3.03060.23771440.191538724016100
3.0306-3.33550.24511430.18143869401299
3.3355-3.8180.20641450.16643896404199
3.818-4.80950.16521460.14773940408699
4.8095-46.24080.20161540.16624142429699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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