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万見
- PDB-5chj: CRYSTAL STRUCTURE OF Fox-4 cephamycinase complexed with cephaloth... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5chj
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF Fox-4 cephamycinase complexed with cephalothin BATSI (SM23)
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / beta-lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like ...: / : / Beta-lactamase, class-C active site / Beta-lactamase class-C active site. / : / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-SM2 / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.358 Å
データ登録者Malashkevich, V.N. / Toro, R. / Lefurgy, S. / Almo, S.C.
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Structures of FOX-4 Cephamycinase in Complex with Transition-State Analog Inhibitors.
著者: Lefurgy, S.T. / Caselli, E. / Taracila, M.A. / Malashkevich, V.N. / Biju, B. / Papp-Wallace, K.M. / Bonanno, J.B. / Prati, F. / Almo, S.C. / Bonomo, R.A.
履歴
登録2015年7月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,20319
ポリマ－77,6162
非ポリマー1,58817
水16,232901
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,4547
ポリマ－38,8081
非ポリマー6466
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,74912
ポリマ－38,8081
非ポリマー94111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.294, 57.161, 83.229
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.670, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 38807.797 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-382 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: fox-4 / プラスミド: pHMTEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9L387, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-SM2 / (1R)-1-(2-THIENYLACETYLAMINO)-1-(3-CARBOXYPHENYL)METHYLBORONIC ACID


分子量: 319.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H14BNO5S
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 901 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.05M zinc acetate, 20% PEG 3350, 1 mM SM23

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.358→83.194 Å / Num. all: 147034 / Num. obs: 147034 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 9.47 Å2 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.096 / Rsym value: 0.067 / Net I/av σ(I): 6.965 / Net I/σ(I): 9.9 / Num. measured all: 539219
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.358-1.433.60.4481.775926211150.3240.4482.696.5
1.43-1.523.70.3072.573237200440.2190.3073.797.1
1.52-1.623.70.2063.870066189710.1480.2065.397.4
1.62-1.753.70.1455.365725177420.1040.1457.198
1.75-1.923.70.0987.660933164420.070.0989.798.3
1.92-2.153.70.06610.355092149260.0480.06613.598.7
2.15-2.483.70.05211.648701132450.0390.05216.899
2.48-3.043.70.04312.141327112190.0330.04319.599.4
3.04-4.293.70.03613.23166186550.0280.03623.398.4
4.29-83.1943.50.03612.41655146750.030.03621.794.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation1.22 Å47.12 Å
Translation1.22 Å47.12 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALA3.3.20データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CGS

5cgs


解像度: 1.358→25.735 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1926 7437 5.06 %
Rwork0.1633 139523 -
obs0.1648 146960 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 82.79 Å2 / Biso mean: 16.9079 Å2 / Biso min: 4.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.358→25.735 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5388 0 117 914 6419
Biso mean--18.78 27.35 -
残基数----712
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0115700
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.467681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092838
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091006
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4822028
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.358-1.37340.27092220.26334541476396
1.3734-1.38960.27842250.25324584480996
1.3896-1.40650.25482470.24274600484797
1.4065-1.42430.27132340.24154595482997
1.4243-1.44310.23672490.22694567481697
1.4431-1.46280.26932410.22494611485297
1.4628-1.48370.22892540.21644584483897
1.4837-1.50590.20392320.20984588482097
1.5059-1.52940.20892610.19464600486197
1.5294-1.55450.22462640.20234569483397
1.5545-1.58130.22822610.18924616487797
1.5813-1.610.22532560.18514619487598
1.61-1.6410.18832470.17424630487797
1.641-1.67450.21452290.17424652488198
1.6745-1.71090.20592520.17064649490198
1.7109-1.75070.17242400.17064653489398
1.7507-1.79440.20822670.16534642490998
1.7944-1.8430.18562580.16124661491998
1.843-1.89720.19442670.1584667493499
1.8972-1.95840.18572590.15524705496499
1.9584-2.02840.18722650.14694668493399
2.0284-2.10950.16922470.14254681492899
2.1095-2.20550.172470.13624721496899
2.2055-2.32170.16442580.14084690494899
2.3217-2.4670.15572390.1374778501799
2.467-2.65730.17772500.13834721497199
2.6573-2.92440.15942460.14434757500399
2.9244-3.34680.19022320.14434815504799
3.3468-4.21360.17612360.13874719495598
4.2136-25.73950.20042520.17084640489294
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 92.3476 Å / Origin y: 3.6312 Å / Origin z: 21.0118 Å
111213212223313233
T0.0883 Å20.0163 Å2-0.0008 Å2-0.0388 Å20.0163 Å2--0.0443 Å2
L0.7243 °20.3989 °20.1289 °2-0.4498 °20.1569 °2--0.1748 °2
S-0.0243 Å °0.0222 Å °0.0859 Å °-0.0344 Å °0.0201 Å °0.0339 Å °-0.0393 Å °0.0004 Å °-0.0039 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA6 - 405
2X-RAY DIFFRACTION1allB6 - 407
3X-RAY DIFFRACTION1allB408 - 409
4X-RAY DIFFRACTION1allB410
5X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 1150

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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