PDB-5cgb: Crystal structure of FimH in complex with heptyl alpha-D-septanoside

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cgb

タイトル

Crystal structure of FimH in complex with heptyl alpha-D-septanoside

要素

Protein FimH

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / UTI / lectin / urinary tract infection / type 1 fimbriae / pilus / inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

pilus tip / mechanosensory behavior / cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / cell-substrate adhesion / D-mannose binding / host cell membrane / cell adhesion
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Jakob, R.P. / Preston, R.P. / Zihlmann, P. / Fiege, B. / Sager, C.P. / Vannam, R. / Rabbani, S. / Zalewski, A. / Maier, T. / Ernst, B. / Peczuh, M.

引用

ジャーナル: Chem Sci / 年: 2018
タイトル: The price of flexibility - a case study on septanoses as pyranose mimetics.
著者: Sager, C.P. / Fiege, B. / Zihlmann, P. / Vannam, R. / Rabbani, S. / Jakob, R.P. / Preston, R.C. / Zalewski, A. / Maier, T. / Peczuh, M.W. / Ernst, B.

履歴

登録	2015年7月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年7月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年4月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cgb.cif.gz	195.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cgb.ent.gz	158.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cgb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5cgb_validation.pdf.gz	879.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5cgb_full_validation.pdf.gz	879.5 KB	表示
XML形式データ	5cgb_validation.xml.gz	18.8 KB	表示
CIF形式データ	5cgb_validation.cif.gz	28.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/5cgb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cg/5cgb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lovS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4av4-d 4xo8-1 6gtx-3 6g2s-3 5l4x-2 4x50-1 6gty-1 7ayn-1 1tr7-1 3mcy-3 7ayn-2 5muc-1 5fwr-7 6g2s-8 3zl2-d 7ayn-4 6g2s-1 4avk-2 5fwr-3 6gtx-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Protein FimH

B: Protein FimH

ヘテロ分子

34.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein FimH

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.580, 68.550, 95.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Protein FimH 分子量: 16916.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: fimH, b4320, JW4283 / プラスミド: pTRC99a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): HM125 / 参照: UniProt: P08191
#2: 化合物	ChemComp-51C / (6R)-1,6-anhydro-2-O-heptyl-6-(hydroxymethyl)-D-galactitol 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₂₈O₆
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 475 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.12 % / 解説: plates
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 1.5 M NH4SO4, 0.1 M BisTris pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年3月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.6→47.89 Å / Num. obs: 55686 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1938	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LOV

4lov

解像度: 1.6→47.89 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.71 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1792	2760	4.96 %
R_work	0.16	-	-
obs	0.161	55686	99.52 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2392	0	50	475	2917

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2510
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.166	3452
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.687	880
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	406
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	440

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5999-1.6275	0.2856	117	0.2616	2578	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6275-1.6571	0.2419	141	0.2313	2585	X-RAY DIFFRACTION	99
1.6571-1.689	0.2478	115	0.2165	2627	X-RAY DIFFRACTION	100
1.689-1.7234	0.2207	134	0.1978	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7234-1.7609	0.2168	126	0.1819	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7609-1.8019	0.1955	154	0.1719	2593	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8019-1.8469	0.186	136	0.169	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8469-1.8969	0.1844	135	0.1639	2617	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8969-1.9527	0.1849	144	0.159	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9527-2.0157	0.1714	136	0.1589	2628	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0157-2.0878	0.203	156	0.1487	2591	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0878-2.1714	0.167	126	0.1416	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1714-2.2702	0.1649	131	0.1369	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2702-2.3899	0.1736	129	0.1332	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3899-2.5396	0.1679	157	0.1392	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5396-2.7357	0.1501	164	0.1429	2650	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7357-3.0109	0.1827	135	0.1551	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0109-3.4465	0.1705	155	0.154	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4465-4.3418	0.1598	155	0.1523	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3418-47.9114	0.198	114	0.1799	2889	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9755	1.2865	0.9875	6.6371	4.4508	3.0664	0.0631	-0.2815	0.5508	0.1742	-0.0421	-0.0913	-0.4362	0.2638	-0.0831	0.2167	-0.0335	0.0234	0.1869	-0.0118	0.151	-14.5925	0.0816	-2.6345
2	0.2988	0.4292	0.6856	2.2332	1.4251	4.9626	0.2276	-0.053	0.1454	0.0532	0.0439	-0.0224	-0.7013	0.0816	-0.2339	0.148	-0.0019	-0.0012	0.1579	0.001	0.1622	-14.3936	-0.8319	18.1835
3	0.2536	-0.1567	0.6696	0.8691	-1.6711	8.4584	0.0262	0.0142	0.035	0.0331	0.0957	0.0645	-0.304	0.1322	-0.1174	0.1697	-0.0002	0.0037	0.1541	-0.0047	0.1578	-23.0694	-1.2356	0.1758
4	8.3904	-0.6152	2.6675	1.2706	-0.7815	3.7324	0.2536	0.1311	-0.2975	-0.1067	-0.0083	0.0235	0.4842	0.2144	-0.2907	0.1371	-0.0056	0.0086	0.0759	-0.0175	0.0918	-19.0741	-12.419	3.9383
5	6.1988	1.3119	4.4575	1.3512	0.4694	3.2835	0.1343	-0.2914	-0.122	0.1103	-0.0389	-0.0323	0.1375	-0.1359	-0.0771	0.163	0.0045	-0.0021	0.1433	0.0051	0.134	-18.0708	-10.5497	18.3984
6	1.7257	-1.6659	1.548	3.7879	-4.1561	4.7386	0.0093	-0.0666	-0.1033	-0.1584	0.2509	0.2528	0.1392	-0.3704	-0.2922	0.1576	-0.017	-0.0108	0.1636	0.0079	0.1635	-25.6224	-12.8672	6.9658
7	0.9897	-0.8674	2.6964	0.9841	-2.537	8.6381	-0.0231	-0.0297	0.0838	0.0714	-0.0117	-0.0318	-0.0794	-0.0714	0.0345	0.1596	-0.007	0.0116	0.1484	0.0002	0.16	-22.3109	-4.2495	10.7299
8	6.0436	3.7094	-5.0023	3.1087	-3.2344	4.1594	-0.0616	-0.2397	-0.0269	0.1474	-0.1173	-0.2096	-0.0446	1.0428	0.1464	0.192	-0.0147	-0.0131	0.2274	-0.0012	0.1684	-6.9841	-3.4722	22.9333
9	6.5213	1.0903	7.2074	0.867	1.1586	8.6408	0.2858	0.0538	-0.1794	0.0052	-0.0204	-0.0285	0.4857	0.1259	-0.2535	0.1639	-0.0046	0.0031	0.1551	-0.0027	0.1277	-16.7651	-10.3053	2.6304
10	0.7666	0.2083	0.7783	0.7156	0.2458	3.9739	0.0153	0.0697	-0.0216	-0.0612	0.0361	-0.025	-0.0301	0.376	-0.0628	0.1617	0.0094	0.0194	0.1459	-0.0017	0.1456	-14.5689	-6.427	6.5585
11	5.2426	-0.0326	-0.1275	5.6451	-4.3983	3.5194	0.1896	-0.1952	-0.6595	0.1184	0.0587	0.3489	0.5027	-0.2623	-0.2126	0.2044	-0.0421	-0.012	0.1796	0.0106	0.1757	-48.9858	-0.0418	4.0425
12	0.2936	-0.1016	-0.2212	0.6608	-0.5327	5.8232	0.0346	-0.0182	-0.0529	-0.0061	-0.0009	0.0236	0.2816	0.0736	-0.0439	0.1837	-0.0185	0.0089	0.1565	0.0067	0.1708	-46.989	0.8788	23.8475
13	0.5538	-0.4199	-2.3615	1.0214	1.9041	7.6743	0.0711	0.038	0.0206	0.0019	0.0157	0.0055	-0.0708	-0.01	-0.0959	0.1098	0.0015	-0.0084	0.1647	-0.0019	0.1414	-42.9613	7.5946	11.038
14	0.489	-0.5001	-1.1117	1.1892	1.9133	5.2103	0.0274	-0.0259	0.0139	-0.0591	0.097	-0.0792	0.0269	0.3302	-0.1424	0.1124	-0.0061	0.0027	0.1759	-0.0182	0.1452	-39.7129	8.0838	15.7646
15	6.2714	3.6041	5.1195	2.6603	3.0039	4.17	-0.0982	-0.291	0.0758	0.0278	-0.0242	0.2614	-0.0862	-1.0241	0.1138	0.1244	0.0022	0.0123	0.1866	0.0056	0.1604	-56.6915	3.5716	29.5822
16	0.6981	0.0111	-1.5281	0.5732	-0.6567	5.7208	0.1329	0.0421	0.0647	-0.0099	0.0232	0.0204	-0.2518	-0.1307	-0.1518	0.131	-0.0163	-0.0025	0.1506	-0.0004	0.1333	-48.1507	7.7185	11.8824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 15 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 32 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 33 through 53 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 54 through 64 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 65 through 77 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 78 through 95 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 96 through 116 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 117 through 124 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 125 through 135 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 136 through 158 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 1 through 15 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 16 through 40 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 41 through 77 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 78 through 116 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 117 through 124 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 125 through 158 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)