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- PDB-5cg2: Crystal structure of E. coli FabI bound to the thiocarbamoylated ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cg2
タイトルCrystal structure of E. coli FabI bound to the thiocarbamoylated benzodiazaborine inhibitor 35b.
要素Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
キーワードOxidoreductase/Oxidoreductase Inhibitor / antibiotics / NAD / enoyl-ACP reductase / Oxidoreducatase-Oxidoreducatase Inhibitor complex / Oxidoreductase-Oxidoreductase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


NADH binding / biotin biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / lipid biosynthetic process / catalytic complex / protein homotetramerization / response to antibiotic / protein-containing complex ...NADH binding / biotin biosynthetic process / fatty acid elongation / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / lipid biosynthetic process / catalytic complex / protein homotetramerization / response to antibiotic / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CJ3 / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.11 Å
データ登録者Jordan, C.A. / Vey, J.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
CSUN Faculty DevelopmentProbationary Faculty Support Grant 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Crystallographic insights into the structure-activity relationships of diazaborine enoyl-ACP reductase inhibitors.
著者: Jordan, C.A. / Sandoval, B.A. / Serobyan, M.V. / Gilling, D.H. / Groziak, M.P. / Xu, H.H. / Vey, J.L.
履歴
登録2015年7月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,1196
ポリマ－65,3822
非ポリマー1,7374
水3,837213
1
A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
ヘテロ分子

A: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
B: Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,23812
ポリマ－130,7654
非ポリマー3,4748
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_545x,x-y-1,-z+1/61
Buried area18570 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area28750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.913, 79.913, 323.789
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 257 / Label seq-ID: 45 - 300

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] FabI / ENR / NADH-dependent enoyl-ACP reductase


分子量: 32691.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fabI, envM, b1288, JW1281 / プラスミド: pET30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P0AEK4, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CJ3 / 1-hydroxy-2,3,1-benzodiazaborinine-2(1H)-carbothioamide


分子量: 205.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H8BN3OS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.11 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M citrate pH 7.0, 0.1M ammonium sulfate, 22%w/v PEG 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月20日
放射モノクロメーター: Si(111) Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.11→69.21 Å / Num. all: 36240 / Num. obs: 36240 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 17.2 % / Rpim(I) all: 0.012 / Rrim(I) all: 0.049 / Rsym value: 0.048 / Net I/av σ(I): 10.4 / Net I/σ(I): 42.6 / Num. measured all: 624835
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.11-2.23140.1156.36902249210.030.11518.195
2.23-2.3617.40.1245.58530249140.0320.12424.4100
2.36-2.5219.10.0729.98845746350.0170.07232.6100
2.52-2.7318.80.06211.38149543380.0150.06239.1100
2.73-2.9918.70.05512.57520640190.0130.05546100
2.99-3.3417.40.04713.96430536920.0110.04755100
3.34-3.8517.20.04513.75622032630.0110.04561.9100
3.85-4.7216.60.03815.44686928260.0090.03867.8100
4.72-6.6816.40.03715.93697122610.0090.03764.1100
6.68-39.65615.30.03216.22098813710.0080.03264.599.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.6.0117精密化
SCALA3.3.20データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CFZ

5cfz


解像度: 2.11→69.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 4.117 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2413 1836 5.1 %RANDOM
Rwork0.2019 ---
obs0.2039 34171 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 98.01 Å2 / Biso mean: 24.417 Å2 / Biso min: 9.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.02 Å20.01 Å20 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3----0.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.11→69.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3510 0 116 213 3839
Biso mean--30.82 31.23 -
残基数----478
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4921.9565024
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4425474
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.23624.167144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.57415561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4091519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2568
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213001
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 308 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.111→2.166 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.228 111 -
Rwork0.197 1986 -
all-2097 -
obs--88.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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