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- PDB-5cfs: Crystal Structure of ANT(2")-Ia in complex with AMPCPP and tobramycin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cfs
タイトルCrystal Structure of ANT(2")-Ia in complex with AMPCPP and tobramycin
要素AAD(2''),Gentamicin 2''-nucleotidyltransferase,Gentamicin resistance protein
キーワードtransferase/antibiotic / antibiotic resistance / nucleotidyltransferase / AMPCPP / tobramycin / Rossmann fold / transferase-antibiotic complex
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta Polymerase; domain 2 - #40 / Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Aminoglycoside-2''-adenylyltransferase / Beta Polymerase; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / : / TOBRAMYCIN / AadB
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Rodionov, D. / Bassenden, A.V. / Berghuis, A.M.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)CIHR MOP-13107 カナダ
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Analysis of the Tobramycin and Gentamicin Clinical Resistome Reveals Limitations for Next-generation Aminoglycoside Design.
著者: Bassenden, A.V. / Rodionov, D. / Shi, K. / Berghuis, A.M.
履歴
登録2015年7月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AAD(2''),Gentamicin 2''-nucleotidyltransferase,Gentamicin resistance protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4507
ポリマ－20,9651
非ポリマー1,4856
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.720, 45.970, 89.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 AAD(2''),Gentamicin 2''-nucleotidyltransferase,Gentamicin resistance protein


分子量: 20964.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: aadB, TNCP6 / プラスミド: pET-22b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q6X3H6

-
非ポリマー , 6種, 181分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-TOY / TOBRAMYCIN / 4-AMINO-2-[4,6-DIAMINO-3-(3-AMINO-6-AMINOMETHYL-5-HYDROXY-TETRAHYDRO-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY]-6-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-PYRAN-3,5-DIOL / トブラマイシン


分子量: 467.514 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37N5O9 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物 ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル


分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H12O3 / コメント: 阻害剤, 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.25 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3
詳細: 100 mM MES pH 6.3, 28% PEG 200, 5% PEG 3000, 1mM MnCl2, 10 mM AMPCPP, 10mM tobramycin

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月27日 / 詳細: 2x2 binning
放射モノクロメーター: Rigaku VariMax-HF focusing mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→37.1 Å / Num. obs: 19150 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 25.6 % / Biso Wilson estimate: 17.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.011 / Net I/σ(I): 43.1 / Num. measured all: 489780
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) all% possible all
1.7-1.745.50.5742.6752913590.27499.9
7.6-37.138.10.026147.196362530.00599.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
StructureStudio2.2.1データ収集
xia20.3.7.0データスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XJE

4xje


解像度: 1.7→37.096 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1927 973 5.08 %
Rwork0.1661 18175 -
obs0.1674 19148 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 56.59 Å2 / Biso mean: 22.9559 Å2 / Biso min: 10.03 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→37.096 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1373 0 92 175 1640
Biso mean--28.13 35.47 -
残基数----176
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061573
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9782157
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.036234
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004285
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.537602
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7001-1.78970.24381310.20125232654100
1.7897-1.90180.25761380.189625602698100
1.9018-2.04870.2391280.185825802708100
2.0487-2.25480.18471460.160925532699100
2.2548-2.5810.19111380.15362584272299
2.581-3.25150.16451370.161926272764100
3.2515-37.10470.18191550.160827482903100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.16630.64420.80432.8774-0.13853.0729-0.0531-0.18470.1951-0.0393-0.01230.270.1951-0.26750.0810.170.00120.01580.14430.01860.1464-18.1583-4.668221.8276
22.4045-0.08510.30991.66680.32512.29490.1113-0.3491-0.13440.09830.06270.0891-0.0012-0.0519-0.20740.1204-0.0160.01390.16980.01610.1306-14.58861.701215.996
31.1794-0.1362-0.48231.283-0.7642.0616-0.0246-0.0412-0.0046-0.08680.0313-0.02360.12920.1559-0.01310.1347-0.00210.01420.1253-0.00950.1416-9.331-2.13839.7661
44.3259-0.9161-1.75730.992-0.14651.23140.11010.3460.1357-0.1967-0.0243-0.026-0.0629-0.1233-0.09780.12980.00330.02970.15050.02060.1725-10.09519.8472-4.2337
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 16 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 41 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 42 through 152 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 153 through 176 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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