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万見
- PDB-5ccv: Crystal structure of full-length NS5 from dengue virus type 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ccv
タイトルCrystal structure of full-length NS5 from dengue virus type 3
要素RNA-directed RNA polymerase NS5
キーワードTRANSFERASE / methyltransferase / nonstructural protein
機能・相同性
機能・相同性情報


flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport ...flavivirin / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of host TYK2 activity / host cell mitochondrion / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MAVS activity / double-stranded RNA binding / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / viral capsid / monoatomic ion transmembrane transport / mRNA (guanine-N7)-methyltransferase / methyltransferase cap1 / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / protein dimerization activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA helicase / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / serine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / virion membrane / ATP hydrolysis activity / proteolysis / extracellular region / ATP binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B ...Flavivirus capsid protein C superfamily / Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / : / mRNA cap 0/1 methyltransferase / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / RNA-directed RNA polymerase, thumb domain, Flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, thumb domain / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus envelope glycoprotein M / Flavivirus envelope glycoprotein E, stem/anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / : / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus NS3 helicase, C-terminal helical domain / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Vaccinia Virus protein VP39 / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Klema, V.J. / Choi, K.H.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01 A1 087856 米国
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2016
タイトル: Dengue Virus Nonstructural Protein 5 (NS5) Assembles into a Dimer with a Unique Methyltransferase and Polymerase Interface.
著者: Klema, V.J. / Ye, M. / Hindupur, A. / Teramoto, T. / Gottipati, K. / Padmanabhan, R. / Choi, K.H.
履歴
登録2015年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月1日Group: Data collection
改定 1.22021年5月12日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: RNA-directed RNA polymerase NS5
B: RNA-directed RNA polymerase NS5
C: RNA-directed RNA polymerase NS5
D: RNA-directed RNA polymerase NS5
E: RNA-directed RNA polymerase NS5
F: RNA-directed RNA polymerase NS5
G: RNA-directed RNA polymerase NS5
H: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)837,24232
ポリマ－833,1208
非ポリマー4,12224
水00
1
A: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6554
ポリマ－104,1401
非ポリマー5153
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6554
ポリマ－104,1401
非ポリマー5153
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6554
ポリマ－104,1401
非ポリマー5153
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6554
ポリマ－104,1401
非ポリマー5153
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6554
ポリマ－104,1401
非ポリマー5153
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6554
ポリマ－104,1401
非ポリマー5153
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6554
ポリマ－104,1401
非ポリマー5153
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6554
ポリマ－104,1401
非ポリマー5153
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
A: RNA-directed RNA polymerase NS5
F: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,3108
ポリマ－208,2802
非ポリマー1,0306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area73510 Å2
手法PISA
10
A: RNA-directed RNA polymerase NS5
B: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,3108
ポリマ－208,2802
非ポリマー1,0306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area74500 Å2
手法PISA
11
C: RNA-directed RNA polymerase NS5
D: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,3108
ポリマ－208,2802
非ポリマー1,0306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area74230 Å2
手法PISA
12
D: RNA-directed RNA polymerase NS5
G: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,3108
ポリマ－208,2802
非ポリマー1,0306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area73640 Å2
手法PISA
13
E: RNA-directed RNA polymerase NS5
F: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,3108
ポリマ－208,2802
非ポリマー1,0306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area74260 Å2
手法PISA
14
G: RNA-directed RNA polymerase NS5
H: RNA-directed RNA polymerase NS5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)209,3108
ポリマ－208,2802
非ポリマー1,0306
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2190 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area79220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.314, 215.314, 480.683
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質
RNA-directed RNA polymerase NS5 / Non-structural protein 5


分子量: 104139.984 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dengue virus type 3 (デング熱ウイルス)
株: Philippines/H87/1956 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL
参照: UniProt: P27915, mRNA (guanine-N7)-methyltransferase, methyltransferase cap1, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.28 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0 M succinic acid (pH 7.0), 0.1 M HEPES (pH 7.0), 1% PEG monomethylether 2000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年11月2日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→50 Å / Num. obs: 149778 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 16.4 % / Biso Wilson estimate: 100.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.33 / Rpim(I) all: 0.097 / Rrim(I) all: 0.339 / Χ2: 1.155 / Net I/av σ(I): 6.803 / Net I/σ(I): 4.6 / Num. measured all: 2458145
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2Rmerge(I) obsRrim(I) all
3.6-3.666.273920.1570.8661.198
3.66-3.737.473990.2660.7251.173
3.73-3.88.573970.3770.5691.151
3.8-3.889.874370.5240.4711.192
3.88-3.9611.374230.6280.3821.233
3.96-4.0513.274250.7470.2971.214
4.05-4.1614.673930.8230.2441.2310.9030.936
4.16-4.2715.774090.8860.21.2370.7690.795
4.27-4.3917.374880.9080.1561.2370.630.649
4.39-4.5419.973780.9350.1311.2360.5710.586
4.54-4.720.574920.9420.1221.2040.5410.555
4.7-4.8920.674580.9540.1061.2110.4720.484
4.89-5.1120.674920.9580.1021.2140.4520.463
5.11-5.3820.674640.960.0971.2010.430.441
5.38-5.7120.674790.9650.0921.1090.4090.419
5.71-6.1520.675410.9710.0831.0910.3680.378
6.15-6.7720.675470.9760.0711.0760.3150.323
6.77-7.7520.575640.9820.0591.0310.2630.269
7.75-9.7520.276500.9890.0470.9820.210.215
9.75-501979500.9640.0391.0690.1640.169

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Coot0.7モデル構築
HKL-20002.3.7データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entries 3P97 and 4HHJ

3p97

4hhj


解像度: 3.6→49.217 Å / SU ML: 0.6 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2737 2004 1.34 %Random selection
Rwork0.2381 ---
obs0.2386 149621 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.6→49.217 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数52457 0 224 0 52681
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00253947
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.47873136
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.72719771
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0217854
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0029440
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6-3.690.39931440.365210366X-RAY DIFFRACTION100
3.69-3.78970.43661400.352310419X-RAY DIFFRACTION100
3.7897-3.90120.37961380.329310475X-RAY DIFFRACTION100
3.9012-4.02710.30561440.309710416X-RAY DIFFRACTION100
4.0271-4.17090.37211400.286910463X-RAY DIFFRACTION100
4.1709-4.33780.29361430.264910490X-RAY DIFFRACTION100
4.3378-4.53510.27341400.24910453X-RAY DIFFRACTION100
4.5351-4.77410.29471440.239710553X-RAY DIFFRACTION100
4.7741-5.07290.26081440.231710504X-RAY DIFFRACTION100
5.0729-5.46410.24121430.231510524X-RAY DIFFRACTION100
5.4641-6.01310.35251420.239910601X-RAY DIFFRACTION100
6.0131-6.88120.25991470.221710603X-RAY DIFFRACTION100
6.8812-8.66190.21271410.192710718X-RAY DIFFRACTION100
8.6619-49.22110.1751540.155511032X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -115.4143 Å / Origin y: 62.2044 Å / Origin z: 39.5627 Å
111213212223313233
T0.9142 Å20.0592 Å2-0.0504 Å2-1.0036 Å2-0.0643 Å2--0.8998 Å2
L0.34 °2-0.0476 °2-0.0977 °2-0.138 °20.0636 °2--0.197 °2
S0.0488 Å °0.07 Å °-0.0423 Å °-0.0699 Å °-0.0656 Å °0.0799 Å °0.0097 Å °-0.0846 Å °0.0177 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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