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- PDB-5cce: Joint X-ray/neutron structure of wild type MTAN complexed with SR... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cce
タイトルJoint X-ray/neutron structure of wild type MTAN complexed with SRH and adenine
要素5'-Methylthioadenosine Nucleosidase
キーワードHYDROLASE / Helicobacter pylori / binding sites / s-adenosylhomocysteine / n-glycosyl neutron / deuterium / nucleosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / adenosylhomocysteine nucleosidase / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ribosylhomocysteine / ADENINE / : / DEUTERATED WATER / Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法中性子回折 / X線回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Banco, M.T. / Kovalevsky, A.Y. / Ronning, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)N-123528-01 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Neutron structures of the Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine nucleosidase highlight proton sharing and protonation states.
著者: Banco, M.T. / Mishra, V. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Evans, G.B. / Kovalevsky, A. / Ronning, D.R.
履歴
登録2015年7月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月21日Group: Database references
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-Methylthioadenosine Nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3804
ポリマ－24,9761
非ポリマー4043
水1,26170
1
A: 5'-Methylthioadenosine Nucleosidase
ヘテロ分子

A: 5'-Methylthioadenosine Nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7608
ポリマ－49,9522
非ポリマー8096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area3450 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area17800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.189, 83.189, 67.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-470-

DOD

-
要素

#1: タンパク質 5'-Methylthioadenosine Nucleosidase / Aminofutalosine nucleosidase / Aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 5'-methylthioadenosine/S- ...Aminofutalosine nucleosidase / Aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / 6-amino-6-deoxyfutalosine N-ribosylhydrolase


分子量: 24975.754 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: mtnN, mtn, jhp_0082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ZMY2, aminodeoxyfutalosine nucleosidase, adenosylhomocysteine nucleosidase
#2: 糖 ChemComp-2WP / S-ribosylhomocysteine / (2S)-2-amino-4-({[(2S,3S,4R,5S)-3,4,5-trihydroxytetrahydrofuran-2-yl]methyl}sulfanyl)butanoic acid


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 267.299 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H17NO6S
#3: 化合物 ChemComp-ADE / ADENINE / アデニン


分子量: 135.127 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5
#4: 化合物 ChemComp-D8U / deuterium(1+)


分子量: 2.014 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: D
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法
中性子回折
X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG550 MME, 50 mM magnesium chloride hexahydrate, 100 mM HEPES, pH 7

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12961
22961
放射光源
由来タイプID波長 (Å)
NUCLEAR REACTOROTHER12.66
回転陽極RIGAKU21.54
検出器
タイプID検出器日付
CUSTOM-MADE1IMAGE PLATE2013年1月15日
RIGAKU RAXIS IV++2IMAGE PLATE2013年1月15日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMneutron1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
12.661
21.541
反射

Entry-ID: 5CCE

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.5-50939397.13.90.1111.5
1.82-4023011944.40.026243.1
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.5-2.593.20.6811.7194.9
1.82-1.894.50.4962.9290.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
DENZOdata processing
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000data processing
Cootモデル構築
Oモデル構築
nCNS1.0.0精密化
精密化

Biso max: 117.37 Å2 / Biso mean: 31.49 Å2 / Biso min: 0 Å2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 構造決定の手法: 分子置換 / 開始モデル: PDB entry 3NM5

3nm5

/ 立体化学のターゲット値: Joint X-ray/neutron ML / 溶媒モデル: CNS bulk solvent model used

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor Rfree errorRfactor RworkNum. reflection RfreeNum. reflection RworkNum. reflection allNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDBsol (Å2)ksol (e/Å3)
2.5-31.79neutron diffraction0.3760.020.3433567503965578594.581.4129.95530.657036
1.82-31.79x-ray diffraction0.2570.0080.2539971925624544202534.982.537.08550.361679
Refine analyze
Refine-ID#notag 0
neutron diffraction
FreeObs
Luzzati coordinate error0.480.4
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a0.460.34
x-ray diffraction
FreeObs
Luzzati coordinate error0.290.29
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a0.30.29
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→31.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 27 70 1852
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
neutron diffractionx_bond_d0.129
neutron diffractionx_angle_deg4.4
neutron diffractionx_torsion_deg19.7
neutron diffractionx_torsion_impr_deg14.6
x-ray diffractionx_bond_d0.129
x-ray diffractionx_angle_deg4.4
x-ray diffractionx_torsion_deg19.7
x-ray diffractionx_torsion_impr_deg14.6
LS精密化 シェル

Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.5-2.610.389334.80.328659neutron diffraction0.068119469258
2.61-2.750.409293.70.322748neutron diffraction0.076118177765.8
2.75-2.920.34343.90.32830neutron diffraction0.058118386473
2.92-3.150.378505.10.311933neutron diffraction0.053121198381.2
3.15-3.470.3484240.3191009neutron diffraction0.0541185105188.7
3.47-3.970.3475650.2841068neutron diffraction0.0461218112492.3
3.97-50.239514.40.3011097neutron diffraction0.0331208114895
5-31.790.5076150.4631159neutron diffraction0.0651284122095
1.82-1.910.326614.90.3261179x-ray diffraction0.0423040124040.8
1.91-2.010.3321105.10.3282066x-ray diffraction0.0323032217671.8
2.01-2.130.2921224.80.3142411x-ray diffraction0.0263041253383.3
2.13-2.30.29415960.3022509x-ray diffraction0.0233047266887.6
2.3-2.530.321124.10.2972652x-ray diffraction0.033066276490.2
2.53-2.890.2714250.2762720x-ray diffraction0.0233063286293.4
2.89-3.640.2831404.80.2452804x-ray diffraction0.0243089294495.3
3.64-31.790.1851514.90.192915x-ray diffraction0.0153205306695.6

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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