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- PDB-5ccd: Joint X-ray/neutron structure of MTAN D198N complex with SAH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ccd
タイトルJoint X-ray/neutron structure of MTAN D198N complex with SAH
要素Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / Helicobacter pylori (ヘリコバクター・ピロリ) / Neutron (中性子) / S-Adenosylhomocysteine (S-アデノシル-L-ホモシステイン) / N-Glycosyl Hydrolases
機能・相同性
機能・相同性情報


aminodeoxyfutalosine nucleosidase / 6-amino-6-deoxyfutalosine hydrolase activity / アデノシルホモシステインヌクレオシダーゼ / adenosylhomocysteine nucleosidase activity / methylthioadenosine nucleosidase activity / L-methionine salvage from S-adenosylmethionine / nucleoside catabolic process / L-methionine salvage from methylthioadenosine / menaquinone biosynthetic process / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
MTA/SAH nucleosidase / Nucleoside phosphorylase domain / Nucleoside phosphorylase domain / Phosphorylase superfamily / Nucleoside phosphorylase superfamily / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DEUTERATED WATER / S-アデノシル-L-ホモシステイン / Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Banco, M.T. / Kovalevsky, A.Y. / Ronning, D.R.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Aeronautic Space Administration (NASA, United States)N-123528-01 米国
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2016
タイトル: Neutron structures of the Helicobacter pylori 5'-methylthioadenosine nucleosidase highlight proton sharing and protonation states.
著者: Banco, M.T. / Mishra, V. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Evans, G.B. / Kovalevsky, A. / Ronning, D.R.
履歴
登録2015年7月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月28日Group: Database references
改定 1.22020年1月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_special_symmetry / struct_keywords
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5132
ポリマ－25,1291
非ポリマー3841
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
ヘテロ分子

A: Aminodeoxyfutalosine nucleosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0274
ポリマ－50,2582
非ポリマー7692
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+2/31
Buried area21890 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.189, 83.189, 67.633
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-449-

DOD

21A-468-

DOD

-
要素

#1: タンパク質 Aminodeoxyfutalosine nucleosidase / Aminofutalosine nucleosidase / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / ...Aminofutalosine nucleosidase / 5'-methylthioadenosine/S-adenosylhomocysteine nucleosidase / MTAN / 6-amino-6-deoxyfutalosine N-ribosylhydrolase


分子量: 25128.936 Da / 分子数: 1 / 変異: D198N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Helicobacter pylori (strain J99 / ATCC 700824) (ピロリ菌)
株: J99 / ATCC 700824 / 遺伝子: mtnN, mtn, jhp_0082 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9ZMY2, aminodeoxyfutalosine nucleosidase, アデノシルホモシステインヌクレオシダーゼ
#2: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン / S-アデノシル-L-ホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水 / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: PEG 550 MME, Magnesium Chloride Hexahydrate and HEPES pH 7

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来ビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU MICROMAX-007 HF11.54
NUCLEAR REACTORIMAGINE22.8 - 4.5
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年6月7日 / 詳細: OSMIC VARIMAX
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
22.81
34.51
反射

Entry-ID: 5CCD

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
2.2-401369697.14.30.076119.5
2.6-40717574.73.50.19623.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.89-2.284.40.6272.3195.2
2.49-2.632.60.3371.7258.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNSnCNS 1.0.0精密化
DENZOdata processing
SCALEPACKデータスケーリング
HKL-3000data processing
Cootモデル構築
CNS1.0.0精密化
Oモデル構築
PHENIX位相決定
nCNS1.0.0精密化
精密化

R Free selection details: RANDOM / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 3 / 構造決定の手法: 分子置換

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor Rfree errorRfactor RworkNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-ID
2.2-40X-RAY DIFFRACTION0.2390.0070.2031035106161074.71
2.6-30.02NEUTRON DIFFRACTION0.2140.0210.20148273149.7762
Refine analyze
Refine-ID#notag 0
X-RAY DIFFRACTION
FreeObs
Luzzati coordinate error0.30.26
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a0.30.26
NEUTRON DIFFRACTION
FreeObs
Luzzati coordinate error0.690.51
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a1.481.04
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1755 0 26 77 1858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg16.7
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.77
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d0.008
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
NEUTRON DIFFRACTIONx_torsion_deg16.7
NEUTRON DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg0.77
LS精密化 シェル

Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDRfactor Rfree error% reflection obs (%)
2.2-2.30.2634211.10.248380X-RAY DIFFRACTION0.04121.9
2.6-2.720.51638110.439344NEUTRON DIFFRACTION0.08433

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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