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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cbm | ||||||
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タイトル | Crystal structure of PfA-M17 with virtual ligand inhibitor | ||||||
要素 | M17 family aminopeptidase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / M17 LEUCYL-AMINOPEPTIDASE / PROTEASE / INHIBITOR / HYDROXAMIC ACID | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 leucyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / manganese ion binding / proteolysis / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum Vietnam Oak-Knoll (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ruggeri, C. / Drinkwater, N. / McGowan, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: Plos One / 年: 2015 タイトル: Identification and Validation of a Potent Dual Inhibitor of the P. falciparum M1 and M17 Aminopeptidases Using Virtual Screening. 著者: Ruggeri, C. / Drinkwater, N. / Sivaraman, K.K. / Bamert, R.S. / McGowan, S. / Paiardini, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cbm.cif.gz | 1.2 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cbm.ent.gz | 1015.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cbm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5cbm_validation.pdf.gz | 4.8 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5cbm_full_validation.pdf.gz | 4.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5cbm_validation.xml.gz | 121.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5cbm_validation.cif.gz | 195.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cbm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cb/5cbm | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 12分子 ABCDEFGHIJKL
#1: タンパク質 | 分子量: 57564.648 Da / 分子数: 12 / 断片: UNP residues 87-605 / 変異: N152Q,N515Q,N563Q / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum Vietnam Oak-Knoll (FVO) (マラリア病原虫) 遺伝子: PFFVO_05086 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A024V0B1 |
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-非ポリマー , 7種, 3323分子
#2: 化合物 | ChemComp-CO3 / #3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 化合物 | ChemComp-4ZN / ( #5: 化合物 | ChemComp-1PE / #6: 化合物 | ChemComp-GOL / | #7: 化合物 | ChemComp-SO4 / #8: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.45 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 40% (v/v) PEG 400, 0.1 M Tris pH 8.5, 0.2 M Li2SO4 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å | |||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月23日 | |||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL SILICON 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→48.98 Å / Num. obs: 315610 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 24.19 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.482 / Rpim(I) all: 0.182 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 2509800 / Scaling rejects: 1303 | |||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3KQZ 解像度: 2.3→48.976 Å / FOM work R set: 0.7737 / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.66 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 91.33 Å2 / Biso mean: 26.91 Å2 / Biso min: 8.32 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.3→48.976 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30
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