[日本語] English
万見
- PDB-5cb6: Structure of adenosine-5'-phosphosulfate kinase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cb6
タイトルStructure of adenosine-5'-phosphosulfate kinase
要素Probable adenylyl-sulfate kinase
キーワードTRANSFERASE / Synechocystis / sulfur metabolism / enzyme / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


sulfate assimilation, phosphoadenylyl sulfate reduction by phosphoadenylyl-sulfate reductase (thioredoxin) / adenylyl-sulfate kinase / adenylylsulfate kinase activity / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / hydrogen sulfide biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
: / Adenylyl-sulfate kinase / Adenylylsulphate kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / CACODYLATE ION / Probable adenylyl-sulfate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Herrmann, J. / Jez, J.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-0904215 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Recapitulating the Structural Evolution of Redox Regulation in Adenosine 5'-Phosphosulfate Kinase from Cyanobacteria to Plants.
著者: Herrmann, J. / Nathin, D. / Lee, S.G. / Sun, T. / Jez, J.M.
履歴
登録2015年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Database references
改定 1.32017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Probable adenylyl-sulfate kinase
B: Probable adenylyl-sulfate kinase
C: Probable adenylyl-sulfate kinase
D: Probable adenylyl-sulfate kinase
E: Probable adenylyl-sulfate kinase
F: Probable adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,28027
ポリマ－131,2376
非ポリマー6,04421
水1,58588
1
A: Probable adenylyl-sulfate kinase
D: Probable adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,82110
ポリマ－43,7462
非ポリマー2,0768
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable adenylyl-sulfate kinase
F: Probable adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6618
ポリマ－43,7462
非ポリマー1,9166
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Probable adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子

C: Probable adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,93510
ポリマ－43,7462
非ポリマー2,1908
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,y,-z1
4
E: Probable adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子

E: Probable adenylyl-sulfate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6618
ポリマ－43,7462
非ポリマー1,9166
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_554-x,y,-z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)136.904, 109.681, 100.807
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Probable adenylyl-sulfate kinase / APS kinase / ATP adenosine-5'-phosphosulfate 3'-phosphotransferase / Adenosine-5'-phosphosulfate kinase


分子量: 21872.799 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: cysC, slr0676 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P72940, adenylyl-sulfate kinase

-
非ポリマー , 6種, 109分子

#2: 化合物
ChemComp-ADX / ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE / アデノシン5′-ホスホ硫酸


タイプ: RNA linking / 分子量: 427.284 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O10PS
#3: 化合物
ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.29 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M sodium cacodylate trihydrate, pH 6.5, 0.2 M magnesium acetate tetrahydrate, 20% PEG 8000, 5 mM adenosine-5'-phosphosulfate, 5 mM beta, gamma-imidoadenosine-5'-triphosphate
PH範囲: 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.786→40.4 Å / Num. obs: 37195 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.148 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.79→2.84 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.823 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4FXP

4fxp


解像度: 2.79→40.34 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.61 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 1855 4.99 %
Rwork0.164 --
obs0.167 37155 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→40.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8130 0 365 88 8583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.23511782
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6163352
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051360
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061447
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.7863-2.86170.32451370.2672594X-RAY DIFFRACTION95
2.8617-2.94580.31071410.23472711X-RAY DIFFRACTION100
2.9458-3.04090.31651500.22842716X-RAY DIFFRACTION100
3.0409-3.14950.28921350.22692699X-RAY DIFFRACTION100
3.1495-3.27560.28071280.21322739X-RAY DIFFRACTION100
3.2756-3.42460.24311290.19312728X-RAY DIFFRACTION100
3.4246-3.6050.24261310.1762720X-RAY DIFFRACTION100
3.605-3.83070.22161510.16072727X-RAY DIFFRACTION100
3.8307-4.12630.17961560.14722694X-RAY DIFFRACTION100
4.1263-4.5410.18961480.12152724X-RAY DIFFRACTION100
4.541-5.19690.17021380.12152748X-RAY DIFFRACTION100
5.1969-6.5430.21741680.15662724X-RAY DIFFRACTION100
6.543-40.34650.17221430.14322776X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6755-2.1427-0.145.86320.01256.1254-0.149-0.18150.32840.50530.0174-0.6574-0.02470.16670.09040.3399-0.04160.0870.27550.06780.463-14.48940.7193-19.652
23.33730.75370.4153.8577-3.54327.19770.0884-0.00620.14740.346-0.3108-0.3649-0.00220.91580.1510.39510.03760.07480.36530.04480.4058-6.17174.0624-26.6386
31.9864-0.35112.04592.42420.24962.40.11850.0125-0.48760.0689-0.1549-0.09980.65980.29290.03520.44490.02350.05210.27170.05290.4483-10.2485-5.1362-30.8018
44.14914.09440.73485.5169-0.28838.54770.5695-0.2440.1483-0.07550.0740.0442-0.1779-0.1864-0.17540.36150.00410.11490.40090.05160.3984-28.69510.5103-29.9047
51.78550.9838-0.33244.7401-1.25683.64180.13910.0531-0.1706-0.1169-0.2987-0.0470.01450.0065-0.03970.2335-0.02470.07790.29640.01980.4643-21.69558.2132-36.5996
69.4159-5.5884-1.78533.56270.63032.7265-0.06470.8149-0.25280.0856-0.9989-0.11170.033-0.77580.64810.50580.00980.060.453-0.07280.3591-28.57530.8129-21.3891
77.0092-3.2263-1.23982.06480.0894.7357-0.4896-0.7629-0.92051.01670.42750.23050.7657-0.38770.10130.641-0.04190.06730.47180.10450.4311-19.3639-7.5369-13.9619
82.4694-0.4199-0.38964.97141.69863.1935-0.0971-0.90890.55760.31580.0619-0.38620.03650.12310.01290.3277-0.09780.0570.5296-0.16020.5097-34.648414.8466-5.1684
94.92746.62960.80918.920.82910.39260.8639-1.1732-0.28150.4342-0.5202-0.8067-0.07580.1348-0.30660.4176-0.20150.07120.8192-0.30030.7357-38.712312.98041.386
102.0036-0.6963-2.77329.1637-2.71915.5583-0.3237-1.3331-0.12470.60030.0086-0.48140.06110.0479-0.10070.4253-0.24320.05470.7573-0.01570.4523-53.41488.1191-1.0811
110.5638-0.04011.14732.05191.02593.98650.0446-0.45710.35-0.087-0.2947-0.1069-0.1527-0.4520.19220.3188-0.04920.0620.4949-0.10540.5528-46.867420.7116-4.2627
123.20540.73420.10953.54720.31341.56320.12230.25910.2882-0.0954-0.0311-0.11090.0105-0.1035-0.05520.4183-0.04580.09080.4824-0.02480.3761-43.59298.3616-18.3489
134.0515-1.156-0.55678.14411.63884.0355-0.19410.09760.749-0.44390.6539-0.8123-0.6940.7727-0.57470.4064-0.18020.10610.6013-0.09170.8011-27.945923.2772-8.1421
143.95710.51511.80056.00841.14865.0599-0.5206-0.0929-0.61740.74250.3784-0.53230.28480.57810.25250.53920.09260.10280.46250.16840.4697-67.8642-28.363416.8404
152.6825-1.0281-0.20092.6122-2.12372.56520.0618-0.1629-0.3749-0.2761-0.38-0.9220.24620.42610.29840.41160.08190.00510.42630.03330.4519-65.7111-20.69848.7399
163.7313-2.0315-1.34395.17233.13394.4497-0.31660.0456-0.6302-0.0596-0.03730.5340.0757-0.18890.30550.2392-0.01360.01880.27330.01910.3195-76.1215-20.80337.4297
171.13810.45040.12442.49960.59090.7716-0.2399-0.3601-0.18991.18120.1771-0.34160.42270.2710.02140.83930.1157-0.10420.63830.06950.3743-70.4221-12.600123.7777
182.815-2.4106-0.01654.05261.93244.5868-0.4704-0.0899-0.00630.99180.42431.58870.2937-0.2660.17320.5756-0.00520.2330.4927-0.05320.4433-81.8089-18.210720.2048
192.81231.25761.45794.0783.60985.9177-0.0626-0.2331-0.50731.20790.2761-0.20040.2018-0.2276-0.29681.00270.12380.08310.54120.22740.5752-73.3929-33.654523.4628
202.4696-0.5008-2.00022.92320.81515.1294-0.14480.0413-0.62830.0040.10460.1980.8792-0.1977-0.05150.58670.13570.03910.47160.05440.612117.145-9.3916-26.1311
211.762-0.71070.7997.7349-7.46788.66360.3682-0.0954-0.66190.40750.11940.75680.35410.1629-0.38520.56260.1282-0.05110.43420.04410.56228.5221-5.2666-32.3866
223.7998-0.1524-1.02822.1186-0.77522.8777-0.0221-0.3574-0.25740.24880.0896-0.110.2670.45050.04180.40840.1097-0.03090.3742-0.00350.34312.36352.9859-26.4043
233.72970.59831.00751.4233-0.72059.65570.0422-0.0313-0.45390.09990.1762-0.65060.57250.87-0.20180.36430.13240.02120.589-0.01220.537225.4785-1.4892-45.0045
241.635-1.4917-0.52435.9025-1.81333.1291-0.071-0.6927-0.22820.2023-0.2693-0.70370.60751.36180.45680.45530.2065-0.0610.8448-0.00060.621727.7366-0.1641-28.0667
257.1754-1.372-0.13245.38271.36333.0146-0.8855-2.1983-1.18770.9706-0.0296-0.37980.92391.40540.73630.92750.3556-0.02250.92110.24740.661122.0726-10.0141-16.2324
263.4382-1.06741.15013.18880.17553.5776-0.3047-0.28780.56980.35150.1612-0.3027-0.72460.12180.1320.4815-0.0863-0.07770.3562-0.06470.550516.679743.8172-45.0539
272.66391.29950.10677.63460.88992.6142-0.0708-0.48550.68160.52530.01990.5367-0.41720.0861-0.00890.44630.0279-0.02260.3472-0.08070.45138.213836.1397-45.1612
283.7224-1.88110.03863.5064-0.11482.794-0.10420.20610.445-0.65320.14670.0627-0.40180.22130.00920.4048-0.0872-0.04220.24320.00760.36749.992636.106-55.5261
293.11581.6843-0.87493.47722.10152.79750.20010.107-0.3145-0.09030.2748-0.8765-0.1880.6837-0.33680.4859-0.2428-0.13480.4801-0.05880.819625.074336.1066-48.9022
308.40440.25050.08098.6334-2.72655.99310.4693-0.27980.91440.54220.1488-0.73470.1082-0.0534-0.71940.29660.0046-0.05510.4916-0.09270.449723.028920.8254-42.1839
312.8297-1.04250.39923.1053-0.34622.3330.04790.05580.95770.2048-0.3245-1.1517-0.77180.53590.19050.6437-0.23750.05680.5049-0.04130.884424.268445.1613-50.7924
324.2782-1.7039-0.03361.5370.55761.17340.40490.94950.85410.7543-0.2477-0.0942-0.67930.14760.01090.5191-0.09-0.08840.795-0.1430.5156-50.387818.938923.3138
336.59241.3096-5.31594.4073-3.75645.98610.16760.6730.61350.36110.542-0.4759-0.53220.1333-0.55940.5669-0.0731-0.02910.6117-0.07230.4921-50.142929.863422.732
344.88524.11264.00487.74595.10914.37520.2006-0.03070.0892-0.0271-0.2582-0.6517-1.33770.0959-0.05010.6951-0.1372-0.10970.6306-0.13960.4236-50.222324.739214.9545
354.39811.67930.17453.14240.87114.0990.0022-0.2517-0.04750.17730.1942-0.3271-0.1150.1879-0.15920.39830.0052-0.07710.4919-0.11610.3869-52.123513.140918.3913
361.4187-1.0957-0.80762.25073.30479.34140.1325-0.30810.44740.810.37920.2426-0.41050.7112-0.39310.3855-00.00580.6234-0.10630.411-71.889816.417423.2863
373.35431.24070.48513.38330.4530.32180.5795-1.16520.37671.0755-0.3056-0.4948-0.18460.5234-0.23060.873-0.1362-0.21.0742-0.26130.6509-48.817120.604331.5993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 4 THROUGH 31 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 32 THROUGH 55 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 56 THROUGH 108 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 109 THROUGH 117 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 118 THROUGH 148 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 149 THROUGH 157 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 158 THROUGH 176 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'B' AND (RESID 4 THROUGH 31 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 32 THROUGH 46 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 47 THROUGH 55 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 56 THROUGH 107 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 108 THROUGH 157 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 158 THROUGH 176 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'C' AND (RESID 4 THROUGH 31 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'C' AND (RESID 32 THROUGH 55 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'C' AND (RESID 56 THROUGH 99 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'C' AND (RESID 100 THROUGH 138 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'C' AND (RESID 139 THROUGH 148 )
19X-RAY DIFFRACTION19CHAIN 'C' AND (RESID 149 THROUGH 176 )
20X-RAY DIFFRACTION20CHAIN 'D' AND (RESID 4 THROUGH 31 )
21X-RAY DIFFRACTION21CHAIN 'D' AND (RESID 32 THROUGH 55 )
22X-RAY DIFFRACTION22CHAIN 'D' AND (RESID 56 THROUGH 108 )
23X-RAY DIFFRACTION23CHAIN 'D' AND (RESID 109 THROUGH 138 )
24X-RAY DIFFRACTION24CHAIN 'D' AND (RESID 139 THROUGH 157 )
25X-RAY DIFFRACTION25CHAIN 'D' AND (RESID 158 THROUGH 176 )
26X-RAY DIFFRACTION26CHAIN 'E' AND (RESID 4 THROUGH 31 )
27X-RAY DIFFRACTION27CHAIN 'E' AND (RESID 32 THROUGH 55 )
28X-RAY DIFFRACTION28CHAIN 'E' AND (RESID 56 THROUGH 99 )
29X-RAY DIFFRACTION29CHAIN 'E' AND (RESID 100 THROUGH 117 )
30X-RAY DIFFRACTION30CHAIN 'E' AND (RESID 118 THROUGH 138 )
31X-RAY DIFFRACTION31CHAIN 'E' AND (RESID 139 THROUGH 176 )
32X-RAY DIFFRACTION32CHAIN 'F' AND (RESID 4 THROUGH 17 )
33X-RAY DIFFRACTION33CHAIN 'F' AND (RESID 18 THROUGH 31 )
34X-RAY DIFFRACTION34CHAIN 'F' AND (RESID 32 THROUGH 46 )
35X-RAY DIFFRACTION35CHAIN 'F' AND (RESID 47 THROUGH 115 )
36X-RAY DIFFRACTION36CHAIN 'F' AND (RESID 116 THROUGH 138 )
37X-RAY DIFFRACTION37CHAIN 'F' AND (RESID 139 THROUGH 176 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る