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- PDB-5c9j: Human CD1c with ligands in A' and F' channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c9j
タイトルHuman CD1c with ligands in A' and F' channel
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • T-cell surface glycoprotein CD1c,T-cell surface glycoprotein CD1b
キーワードIMMUNE SYSTEM / Antigen Presentation / CD1 / human CD1 / MHC-like / Immunology / lipid antigen
機能・相同性
機能・相同性情報


glycolipid binding / T cell activation involved in immune response / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding ...glycolipid binding / T cell activation involved in immune response / endogenous lipid antigen binding / exogenous lipid antigen binding / antigen processing and presentation, endogenous lipid antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation, exogenous lipid antigen via MHC class Ib / lipopeptide binding / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / negative regulation of receptor binding / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of neurogenesis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / peptide antigen binding / negative regulation of epithelial cell proliferation / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / positive regulation of immune response / Modulation by Mtb of host immune system / sensory perception of smell / positive regulation of T cell activation / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / negative regulation of neuron projection development / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / early endosome membrane / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / adaptive immune response / amyloid fibril formation / learning or memory / lysosome / endosome membrane / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / Golgi membrane / intracellular membrane-bounded organelle / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / Golgi apparatus / cell surface / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...MHC-I family domain / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / Beta-2-Microglobulin / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / PHOSPHATE ION / STEARIC ACID / T-cell surface glycoprotein CD1b / T-cell surface glycoprotein CD1c / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Tews, I. / Machelett, M.M. / Mansour, S. / Gadola, S.D.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
HEFCE 英国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Cholesteryl esters stabilize human CD1c conformations for recognition by self-reactive T cells.
著者: Mansour, S. / Tocheva, A.S. / Cave-Ayland, C. / Machelett, M.M. / Sander, B. / Lissin, N.M. / Molloy, P.E. / Baird, M.S. / Stubs, G. / Schroder, N.W. / Schumann, R.R. / Rademann, J. / Postle, ...著者: Mansour, S. / Tocheva, A.S. / Cave-Ayland, C. / Machelett, M.M. / Sander, B. / Lissin, N.M. / Molloy, P.E. / Baird, M.S. / Stubs, G. / Schroder, N.W. / Schumann, R.R. / Rademann, J. / Postle, A.D. / Jakobsen, B.K. / Marshall, B.G. / Gosain, R. / Elkington, P.T. / Elliott, T. / Skylaris, C.K. / Essex, J.W. / Tews, I. / Gadola, S.D.
履歴
登録2015年6月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: T-cell surface glycoprotein CD1c,T-cell surface glycoprotein CD1b
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,46411
ポリマ－43,2202
非ポリマー1,2439
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6350 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area19420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.130, 97.130, 115.080
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 T-cell surface glycoprotein CD1c,T-cell surface glycoprotein CD1b


分子量: 31472.225 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD1C, CD1B / プラスミド: pET23d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P29017, UniProt: P29016
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11748.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET23d / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: P61769

-
非ポリマー , 5種, 125分子

#3: 化合物 ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#4: 化合物 ChemComp-STE / STEARIC ACID / ステアリン酸


分子量: 284.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H36O2
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris pH 8, 10% PEG 8000, 1:1 protein to precipitant ratio.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年8月8日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.839
11-h,-k,l20.161
反射解像度: 2.4→28.34 Å / Num. obs: 46442 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): -4 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.04 % / Biso Wilson estimate: 52.941 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.066 / Χ2: 1.063 / Net I/σ(I): 15.39 / Num. measured all: 141258
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.4-2.460.6220.5991.786330346929460.75684.9
2.46-2.530.6890.5072.177417342131270.63391.4
2.53-2.60.7920.4013.069126336232980.49298.1
2.6-2.680.8460.343.9610163324932260.41199.3
2.68-2.770.9030.2724.8910144313431320.32799.9
2.77-2.870.9380.2056.269895305330490.24799.9
2.87-2.980.9610.167.999311287428730.192100
2.98-3.10.9760.12310.149189284128380.14899.9
3.1-3.240.9870.08713.868832273127280.10599.9
3.24-3.390.9920.06517.748159252925280.079100
3.39-3.580.9950.05221.567778249224600.06298.7
3.58-3.80.9960.04325.217243229122760.05199.3
3.8-4.060.9970.03628.956817219121710.04499.1
4.06-4.380.9980.03131.876484203820330.03799.8
4.38-4.80.9980.02835.075884186518580.03499.6
4.8-5.370.9980.02834.825373169816930.03499.7
5.37-6.20.9970.03132.884620147114680.03799.8
6.2-7.590.9970.03133.273863126912620.03799.4
7.59-10.730.9990.02239.4531439809790.02699.9
10.730.9990.01940.5214875244970.02394.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
Coot0.8.1モデル構築
PHASER1.8.4位相決定
XSCALE03.11.14データスケーリング
XDS03.11.14データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3OV6

3ov6


解像度: 2.4→28.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 7.852 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.048 / ESU R Free: 0.04 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20006 1992 8.2 %RANDOM
Rwork0.15453 ---
obs0.15823 22416 97.55 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.771 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--8.85 Å20 Å20 Å2
2---8.85 Å20 Å2
3---17.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3052 0 82 116 3250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0193246
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.022976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3721.9464394
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.18836869
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2145384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.59124.025159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.61915503
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.3381515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1470.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0213654
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6085.1191524
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.6035.1181523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1387.6571903
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1367.6581904
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.7525.581719
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.75.5751711
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.9318.1512476
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.66441.0843523
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.6640.9813505
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.318 118 -
Rwork0.219 1369 -
obs--83.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9753-0.15811.29131.4656-0.35722.17130.01950.00680.01160.031-0.0464-0.02540.04040.01620.02680.00770.00220.00370.00860.00080.0038-5.89629.5990.463
23.07291.69-21.4151-0.90661.42590.1111-0.18550.06590.0428-0.07940.0621-0.04750.0746-0.03170.0581-0.0219-0.06040.0793-0.02520.098-38.83210.8056.213
32.65781.11310.9961.44710.41.83450.10140.0432-0.39140.03710.0874-0.11110.2568-0.0323-0.18880.04250.0038-0.03670.0243-0.02820.1037-17.5234.2722.986
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A6 - 184
2X-RAY DIFFRACTION2A185 - 285
3X-RAY DIFFRACTION3B1 - 99

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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