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- PDB-5c9f: Crystal structure of a retropepsin-like aspartic protease from Ri... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c9f
タイトルCrystal structure of a retropepsin-like aspartic protease from Rickettsia conorii
要素ApRick protease
キーワードHYDROLASE / pepsin / ApRick
機能・相同性
機能・相同性情報


acyltransferase activity / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Clan AA aspartic peptidase, C-terminal / Retropepsin-like domain, bacterial / gag-polyprotein putative aspartyl protease / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rickettsia conorii (丘疹熱リケッチア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2 Å
データ登録者Li, M. / Gustchina, A. / Cruz, R. / Simoes, M. / Curto, P. / Martinez, J. / Faro, C. / Simoes, I. / Wlodawer, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015
タイトル: Structure of RC1339/APRc from Rickettsia conorii, a retropepsin-like aspartic protease.
著者: Li, M. / Gustchina, A. / Cruz, R. / Simoes, M. / Curto, P. / Martinez, J. / Faro, C. / Simoes, I. / Wlodawer, A.
履歴
登録2015年6月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ApRick protease
B: ApRick protease
C: ApRick protease
D: ApRick protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,38319
ポリマ－62,8884
非ポリマー49415
水3,837213
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area26430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.102, 94.153, 118.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A94 - 225
2010B94 - 225
1020A94 - 225
2020C94 - 225
1030A94 - 225
2030D94 - 225
1040B94 - 225
2040C94 - 225
1050B94 - 225
2050D94 - 225
1060C94 - 225
2060D94 - 225

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
ApRick protease


分子量: 15722.117 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rickettsia conorii (丘疹熱リケッチア)
遺伝子: RC1339 / プラスミド: pET23a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92FY8, 加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.8 / 詳細: 24% PEG4000, 0.2 M lithium sulfate, pH 5.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月14日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 38668 / Num. obs: 36685 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rsym value: 0.058 / Net I/σ(I): 30.56
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / % possible all: 64

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / SU B: 10.055 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.198 / ESU R Free: 0.182 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25452 1140 3.1 %RANDOM
Rwork0.19864 ---
obs0.20034 35542 94.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.87 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.2 Å2-0 Å20 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4052 0 15 213 4280
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0194145
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0090.024196
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7251.975578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.45439627
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7445518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.5224.432176
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.5215792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1361520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.024600
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0090.02936
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it9.1676.0912063
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other9.1196.0882062
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.74311.2562572
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.7611.2652573
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it13.3448.0012082
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other13.3327.9852080
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other15.78113.8753002
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined17.61327.0384477
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other17.6626.9214434
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A72000.12
12B72000.12
21A74810.12
22C74810.12
31A73530.11
32D73530.11
41B72200.12
42C72200.12
51B74020.12
52D74020.12
61C73260.11
62D73260.11
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 66 -
Rwork0.274 1773 -
obs--65.87 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5782-0.236-0.11341.8021-0.57391.1852-0.0739-0.02560.0292-0.03280.0703-0.1067-0.0389-0.01610.00360.03140.00650.01990.10330.00120.040220.82222.8895-1.7369
22.5288-2.2324-0.80253.29410.23181.0856-0.3859-0.2809-0.33320.35530.2640.36440.13570.10020.1220.16230.0910.05770.11170.02270.134-10.618622.465520.9344
32.68530.60640.86421.5216-0.04062.9261-0.0108-0.1316-0.13030.1104-0.04930.06910.3167-0.20790.06010.1512-0.00140.07960.06860.05290.1086-14.0883-10.258311.0898
42.40370.04530.83111.1909-0.87413.16530.06540.26590.1251-0.05270.055-0.0419-0.41750.1851-0.12040.1343-0.00850.01930.0528-0.01010.065121.34825.253832.2425
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A104 - 225
2X-RAY DIFFRACTION2B104 - 225
3X-RAY DIFFRACTION3C104 - 225
4X-RAY DIFFRACTION4D104 - 225

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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