PDB-5c8j: A YidC-like protein in the archaeal plasma membrane

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c8j

タイトル

A YidC-like protein in the archaeal plasma membrane

要素

Antibody fragment, heavy chain
Antibody fragment, light chain
Protein MJ0480

キーワード

MEMBRANE PROTEIN / membrane protein insertase

機能・相同性

機能・相同性情報

small molecule binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.502 Å

データ登録者

Borowska, M.T. / Dominik, P.K. / Anghel, S.A. / Kossiakoff, A.A. / Keenan, R.J.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	R01 GM086487	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U01 GM094588	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	U54 GM087519	米国

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: A YidC-like Protein in the Archaeal Plasma Membrane.
著者: Borowska, M.T. / Dominik, P.K. / Anghel, S.A. / Kossiakoff, A.A. / Keenan, R.J.

履歴

登録	2015年6月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年9月16日	Group: Database references
改定 1.2	2015年9月23日	Group: Derived calculations
改定 1.3	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb5c8j.ent.gz	783.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5c8j_validation.pdf.gz	759.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c8j_full_validation.pdf.gz	847.5 KB	表示
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CIF形式データ	5c8j_validation.cif.gz	117.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/5c8j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c8/5c8j	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6m3c-2 4rfo-d 4pz6-d 3b9k-2 7cdj-d 4ydj-1 4g80-3 4pz7-d 6puf-2 3rg5-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Antibody fragment, heavy chain

B: Antibody fragment, light chain

C: Antibody fragment, heavy chain

D: Antibody fragment, light chain

E: Antibody fragment, heavy chain

F: Antibody fragment, light chain

G: Antibody fragment, heavy chain

H: Antibody fragment, light chain

I: Protein MJ0480

J: Protein MJ0480

K: Protein MJ0480

L: Protein MJ0480

ヘテロ分子

293 kDa, 12 ポリマー
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1

A: Antibody fragment, heavy chain

B: Antibody fragment, light chain

I: Protein MJ0480

登録者が定義した集合体
73 kDa, 3 ポリマー
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2

C: Antibody fragment, heavy chain

D: Antibody fragment, light chain

L: Protein MJ0480

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
73.6 kDa, 3 ポリマー
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3

E: Antibody fragment, heavy chain

F: Antibody fragment, light chain

J: Protein MJ0480

登録者が定義した集合体
73 kDa, 3 ポリマー
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4

G: Antibody fragment, heavy chain

H: Antibody fragment, light chain

K: Protein MJ0480

登録者が定義した集合体
73 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	180.250, 251.420, 96.110
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: 抗体	Antibody fragment, heavy chain 分子量: 25591.508 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: OBTAINED BY PHAGE DISPLAY FROM A LIBRARY OF HUMAN IGG. ANTIBODY FRAGMENT; THE CDRS ARE COMPLETELY SYNTHETIC 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)
#2: 抗体	Antibody fragment, light chain 分子量: 23298.830 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: OBTAINED BY PHAGE DISPLAY FROM A LIBRARY OF HUMAN IGG. ANTIBODY FRAGMENT; THE CDRS ARE COMPLETELY SYNTHETIC 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: RH2.2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)
#3: タンパク質	Protein MJ0480 分子量: 24156.955 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (strain ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440) (メタン生成菌) 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ0480 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q57904
#4: 糖	ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシドタイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₄H₄₆O₁₁ / コメント: 可溶化剤*YM
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.99 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.08 M calcium acetate and 18% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→76.4 Å / Num. obs: 55459 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 6.8 % / Net I/σ(I): 8.9

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX		精密化
xia2		データ削減
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 3.502→89.774 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 32.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3024	2446	5.08 %
R_work	0.253	45725	-
obs	0.2555	48171	86.24 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 283.73 Å² / B_iso mean: 114.6489 Å² / B_iso min: 34.92 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.502→89.774 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17808	0	81	0	17889
B_iso mean	-	-	195.98	-	-
残基数	-	-	-	-	2308

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	18336
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.498	24990
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	2834
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3083
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.746	10743

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.502-3.5735	0.4962	35	0.3537	744	779	24
3.5735-3.6512	0.3607	77	0.3232	1310	1387	43
3.6512-3.7362	0.4005	95	0.3386	1757	1852	57
3.7362-3.8296	0.3573	114	0.3098	2159	2273	70
3.8296-3.9331	0.3326	140	0.2998	2505	2645	82
3.9331-4.0489	0.3813	144	0.2963	2915	3059	94
4.0489-4.1796	0.3303	176	0.2858	3081	3257	100
4.1796-4.329	0.3097	189	0.2598	3030	3219	100
4.329-4.5023	0.3541	161	0.2339	3076	3237	100
4.5023-4.7072	0.2543	158	0.2144	3097	3255	100
4.7072-4.9553	0.2675	174	0.2037	3071	3245	100
4.9553-5.2658	0.238	162	0.206	3128	3290	100
5.2658-5.6723	0.2433	145	0.2141	3159	3304	100
5.6723-6.243	0.2798	160	0.2294	3119	3279	100
6.243-7.146	0.325	166	0.252	3149	3315	100
7.146-9.0019	0.2749	174	0.2425	3181	3355	99
9.0019-89.8037	0.3042	176	0.2794	3244	3420	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.1728	4.3087	-0.4966	6.0789	-0.3617	4.5591	-0.3706	-0.2174	-0.4203	-1.152	0.0498	-0.5758	0.5532	0.1822	0.3345	1.2296	-0.0784	0.0796	0.4467	0.1211	0.8221	-18.833	43.6084	-73.9227
2	7.5565	2.5455	0.8833	7.764	-1.6237	4.2538	0.5045	-0.9363	0.8528	1.1799	0.3322	-0.4424	-0.7218	0.3491	0.3054	1.169	-0.0156	-0.1252	0.6861	-0.1749	0.756	-19.139	55.6292	-56.9969
3	1.5304	1.5425	0.8136	3.2769	0.7718	1.2784	-0.8738	-0.2991	-0.6952	-1.1402	0.0896	0.3082	0.0635	0.1675	0.2105	1.3438	-0.2232	0.3368	0.6351	0.0872	0.719	-27.8722	28.9467	-78.6692
4	0.5182	-1.6966	0.1395	6.6251	1.2462	2.7388	-1.0539	0.479	-1.3659	-1.4465	0.3795	-0.2955	1.3398	-0.1436	0.3161	1.6389	-0.5353	0.4501	0.3514	0.0241	0.8967	-44.5199	9.6549	-77.2348
5	9.3258	0.6313	-2.6058	3.3592	-3.494	7.2426	-0.8475	0.3086	-0.1166	-0.1024	0.6676	-0.1812	0.0202	-0.4694	0.2478	1.0433	-0.1575	0.134	0.5636	-0.1166	0.5527	-40.9572	19.0325	-80.3534
6	5.3331	0.9536	-1.2195	8.2534	-0.4375	5.1681	0.2033	-0.7957	0.1843	1.0304	-0.4291	-1.0241	0.3211	0.4953	0.1458	0.8275	-0.1427	-0.106	0.717	0.1739	0.3761	-25.3951	36.942	-51.6022
7	3.3909	3.2968	1.6438	3.506	1.552	3.6409	-0.1587	-0.5349	0.0708	0.0303	-0.5983	0.0217	0.1252	-0.2202	0.8519	1.1345	0.0525	0.0565	0.4067	0.0238	0.7632	-32.7633	20.8876	-64.4317
8	4.5683	-0.1828	-0.4976	5.187	1.6623	4.7427	0.643	-0.0724	-1.015	0.1303	-0.4769	-1.133	0.6578	-0.3429	-0.0291	1.0888	-0.0995	0.2667	0.5444	-0.0061	0.997	-35.0462	3.7478	-70.2696
9	3.331	1.897	3.1137	8.1752	3.5846	7.323	0.2181	0.4548	-0.2852	-0.4728	-0.6607	0.1226	0.827	0.6438	0.2788	1.2633	0.1545	0.162	0.8617	0.1857	0.363	-27.1324	120.6829	-67.305
10	2.9846	-2.1087	0.4921	4.8188	1.5468	2.7064	0.042	-0.0214	0.3697	0.2188	0.1315	-0.2	-0.635	0.4569	0.0431	1.0634	-0.0585	0.1541	0.4868	0.1742	0.3429	-19.1046	123.6816	-71.0976
11	2.7941	0.0173	-1.4816	2.1648	1.1145	2.971	0.4005	0.5697	-0.2777	-0.5026	-0.7531	-0.8322	0.0151	-0.4257	-0.0929	1.0799	0.0852	-0.0237	0.4641	0.4028	0.7343	-26.1409	125.0285	-74.7366
12	2.9719	3.0028	0.898	4.7732	3.0599	2.9611	-0.9533	0.2638	1.9319	1.0652	-0.7079	-0.037	-2.1192	-0.5017	1.5674	1.1461	0.2167	-0.0155	0.6668	-0.0254	0.8448	-49.252	157.079	-67.0074
13	4.8592	-0.7431	3.0874	3.5091	-0.887	8.4286	-0.5009	0.3554	0.1482	0.9625	-0.3151	0.3137	-0.1192	-0.1893	0.7175	1.1098	-0.0144	0.017	0.4034	-0.057	0.5785	-44.1265	147.2964	-63.2452
14	5.129	-2.63	1.1556	6.7498	-0.67	3.608	0.2098	0.1465	0.4512	-1.3983	-0.4773	-1.3215	-0.3164	0.411	0.178	1.3413	0.1064	0.2917	0.8191	0.3254	0.635	-28.8088	129.3947	-91.1195
15	5.6326	-3.7061	1.16	6.0038	-0.3171	2.7136	0.6286	0.6697	0.8698	-0.7184	-0.6754	-0.1129	-0.2481	0.2271	0.1301	1.3573	-0.0777	0.0629	0.8295	0.2354	0.7028	-27.2519	130.038	-91.1035
16	2.3119	-1.4715	0.1057	4.7983	3.2635	5.1682	-0.2221	0.2347	0.6802	-1.1135	0.1771	-0.1994	-1.0188	0.8966	0.6493	1.4055	0.1574	-0.0528	0.5037	0.1706	0.6805	-40.3319	157.0446	-74.7401
17	3.0155	-0.1219	0.0178	1.5623	0.7654	1.8177	-0.8272	0.575	0.7837	-0.5525	0.0329	0.2081	-1.1652	-0.1184	0.4216	1.3827	-0.0109	-0.2664	0.7633	0.3384	0.9922	-37.6551	155.0646	-76.4487
18	2.7975	0.8556	2.0492	3.8387	1.8565	3.7881	0.1065	-0.2927	0.7026	-1.0787	-0.2484	0.3222	-1.0612	-1.3005	0.7501	1.5274	0.2716	-0.1053	0.5672	0.1151	0.8288	-39.7921	165.8272	-70.3872
19	4.9592	-3.6338	2.8773	9.7418	-3.6057	3.8617	0.0798	0.2735	0.5795	-0.6422	-0.2187	-1.1652	-0.4445	0.2002	0.1597	1.5056	0.0607	0.0039	0.2143	0.094	0.3644	-31.6866	121.515	-51.1564
20	4.2278	1.4662	2.1948	4.0446	-1.1291	2.1916	0.6431	-0.0869	-0.0387	-0.618	-0.4289	-0.2587	-0.1999	-0.4893	-0.0725	1.5119	0.0176	0.2126	0.7478	-0.0393	0.4695	-37.3779	111.8974	-49.5351
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62	8.8129	5.1858	3.3122	5.2902	0.5156	2.8961	0.8206	-1.1652	-2.4335	-0.7077	0.7568	-0.9708	1.6958	0.9388	-1.1965	1.2563	0.1501	-0.1739	1.0855	-0.3372	2.1251	-44.4921	77.4665	-60.4552
63	6.8691	-3.9054	-0.6007	2.1405	0.2524	1.7444	-0.4382	1.403	0.1623	-1.5557	-0.6382	-1.4314	0.4852	-0.1833	-0.1673	1.1634	0.1142	0.754	0.3624	0.1262	1.1422	-1.109	98.3117	-87.3615
64	8.3559	-4.8144	-2.5258	3.1662	1.8959	3.1757	0.2669	0.3411	-1.7451	1.6214	-0.2457	0.5957	0.7968	0.3933	0.0717	1.0961	0.1044	-0.0524	0.751	-0.0587	1.3181	2.0566	94.0384	-81.0439
65	3.4305	1.0051	1.3083	2.4882	0.4819	1.3336	0.0612	0.3419	-0.3355	-0.1629	-0.5043	-0.9192	0.0354	-0.0584	-0.1343	0.4953	-0.1536	0.0659	0.4076	0.0467	0.4116	-14.0652	89.4775	-76.09
66	6.9303	2.7115	-0.6133	6.8758	2.5692	5.5181	0.7922	-0.8158	-0.0228	0.8162	-0.5327	1.0174	-0.2997	0.5941	-0.3103	1.4	-0.0443	0.0939	0.5771	0.2026	0.9509	-11.0626	75.6832	-65.8653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 102 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 103 through 117 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 118 through 142 )	A
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 143 through 163 )	A
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 164 through 232 )	A
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 2 through 76 )	B
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 77 through 140 )	B
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 141 through 215 )	B
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 3 through 36 )	C
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 37 through 102 )	C
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 103 through 141 )	C
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 142 through 161 )	C
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 162 through 234 )	C
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 2 through 64 )	D
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 65 through 103 )	D
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'D' and (resid 104 through 151 )	D
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 152 through 173 )	D
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 174 through 215 )	D
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 4 through 20 )	E
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'E' and (resid 21 through 86 )	E
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'E' and (resid 87 through 102 )	E
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 103 through 117 )	E
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 118 through 142 )	E
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 143 through 161 )	E
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 162 through 195 )	E
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'E' and (resid 196 through 210 )	E
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'E' and (resid 211 through 233 )	E
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 2 through 64 )	F
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 65 through 91 )	F
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'F' and (resid 92 through 103 )	F
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'F' and (resid 104 through 116 )	F
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'F' and (resid 117 through 129 )	F
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'F' and (resid 130 through 173 )	F
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'F' and (resid 174 through 214 )	F
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'G' and (resid 4 through 43 )	G
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'G' and (resid 44 through 102 )	G
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'G' and (resid 103 through 117 )	G
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'G' and (resid 118 through 152 )	G
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'G' and (resid 153 through 195 )	G
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'G' and (resid 196 through 232 )	G
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'H' and (resid 2 through 19 )	H
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'H' and (resid 20 through 64 )	H
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'H' and (resid 65 through 140 )	H
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'H' and (resid 141 through 151 )	H
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'H' and (resid 152 through 189 )	H
46	X-RAY DIFFRACTION	46	chain 'H' and (resid 190 through 214 )	H
47	X-RAY DIFFRACTION	47	chain 'I' and (resid 5 through 44 )	I
48	X-RAY DIFFRACTION	48	chain 'I' and (resid 45 through 121 )	I
49	X-RAY DIFFRACTION	49	chain 'I' and (resid 122 through 143 )	I
50	X-RAY DIFFRACTION	50	chain 'I' and (resid 144 through 161 )	I
51	X-RAY DIFFRACTION	51	chain 'I' and (resid 162 through 175 )	I
52	X-RAY DIFFRACTION	52	chain 'I' and (resid 176 through 194 )	I
53	X-RAY DIFFRACTION	53	chain 'J' and (resid 5 through 22 )	J
54	X-RAY DIFFRACTION	54	chain 'J' and (resid 23 through 121 )	J
55	X-RAY DIFFRACTION	55	chain 'J' and (resid 122 through 161 )	J
56	X-RAY DIFFRACTION	56	chain 'J' and (resid 162 through 175 )	J
57	X-RAY DIFFRACTION	57	chain 'J' and (resid 176 through 194 )	J
58	X-RAY DIFFRACTION	58	chain 'K' and (resid 5 through 22 )	K
59	X-RAY DIFFRACTION	59	chain 'K' and (resid 23 through 42 )	K
60	X-RAY DIFFRACTION	60	chain 'K' and (resid 43 through 161 )	K
61	X-RAY DIFFRACTION	61	chain 'K' and (resid 162 through 175 )	K
62	X-RAY DIFFRACTION	62	chain 'K' and (resid 176 through 194 )	K
63	X-RAY DIFFRACTION	63	chain 'L' and (resid 5 through 98 )	L
64	X-RAY DIFFRACTION	64	chain 'L' and (resid 99 through 130 )	L
65	X-RAY DIFFRACTION	65	chain 'L' and (resid 131 through 161 )	L
66	X-RAY DIFFRACTION	66	chain 'L' and (resid 162 through 194 )	L

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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