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- PDB-5c8e: Crystal structure of Thermus thermophilus CarH bound to adenosylc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c8e
タイトルCrystal structure of Thermus thermophilus CarH bound to adenosylcobalamin and a 26-bp DNA segment
要素
  • 26-mer DNA segment containing the CarH operator sequence (antisense strand)
  • 26-mer DNA segment containing the CarH operator sequence (sense strand)
  • Light-dependent transcriptional regulator CarH
キーワードTranscription regulator/DNA / Transcription factor / light sensor / adenosylcobalamin-binding / DNA-binding / Transcription regulator-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Methionine synthase domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / Cobalamin-binding domain / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Methionine synthase domain / : / MerR HTH family regulatory protein ...Methionine synthase domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 - #10 / Cobalamin-binding domain / Cobalamin (vitamin B12)-binding module, cap domain / B12 binding domain / Multidrug-efflux Transporter Regulator; Chain: A; Domain 2 / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Methionine synthase domain / : / MerR HTH family regulatory protein / helix_turn_helix, mercury resistance / MerR-type HTH domain profile. / MerR-type HTH domain / Cobalamin-binding domain superfamily / B12-binding domain profile. / Cobalamin (vitamin B12)-binding domain / Putative DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXYADENOSINE / COBALAMIN / DNA / DNA (> 10) / Probable transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.89 Å
データ登録者Jost, M. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM069857 米国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Structural basis for gene regulation by a B12-dependent photoreceptor.
著者: Jost, M. / Fernandez-Zapata, J. / Polanco, M.C. / Ortiz-Guerrero, J.M. / Chen, P.Y. / Kang, G. / Padmanabhan, S. / Elias-Arnanz, M. / Drennan, C.L.
履歴
登録2015年6月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年11月4日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Light-dependent transcriptional regulator CarH
B: Light-dependent transcriptional regulator CarH
C: Light-dependent transcriptional regulator CarH
D: Light-dependent transcriptional regulator CarH
E: Light-dependent transcriptional regulator CarH
F: Light-dependent transcriptional regulator CarH
G: Light-dependent transcriptional regulator CarH
H: Light-dependent transcriptional regulator CarH
I: 26-mer DNA segment containing the CarH operator sequence (antisense strand)
J: 26-mer DNA segment containing the CarH operator sequence (sense strand)
K: 26-mer DNA segment containing the CarH operator sequence (antisense strand)
L: 26-mer DNA segment containing the CarH operator sequence (sense strand)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,18028
ポリマ－298,52712
非ポリマー12,65316
水00
1
A: Light-dependent transcriptional regulator CarH
B: Light-dependent transcriptional regulator CarH
C: Light-dependent transcriptional regulator CarH
D: Light-dependent transcriptional regulator CarH
I: 26-mer DNA segment containing the CarH operator sequence (antisense strand)
J: 26-mer DNA segment containing the CarH operator sequence (sense strand)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,59014
ポリマ－149,2636
非ポリマー6,3268
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26740 Å2
ΔGint-117 kcal/mol
Surface area46530 Å2
手法PISA
2
E: Light-dependent transcriptional regulator CarH
F: Light-dependent transcriptional regulator CarH
G: Light-dependent transcriptional regulator CarH
H: Light-dependent transcriptional regulator CarH
K: 26-mer DNA segment containing the CarH operator sequence (antisense strand)
L: 26-mer DNA segment containing the CarH operator sequence (sense strand)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,59014
ポリマ－149,2636
非ポリマー6,3268
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area26210 Å2
ΔGint-107 kcal/mol
Surface area47010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)177.940, 141.820, 162.690
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61
71
81
12
22
32
42
13
23
14
24
15
25

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain 'A' and (resseq 81:103 or resseq 106:107 or resseq...
211chain 'B' and (resseq 81:103 or resseq 106:107 or resseq...
311chain 'D' and (resseq 81:103 or resseq 106:107 or resseq...
411chain 'C' and (resseq 81:103 or resseq 106:107 or resseq...
511chain 'E' and (resseq 81:103 or resseq 106:107 or resseq...
611chain 'F' and (resseq 81:103 or resseq 106:107 or resseq...
711chain 'H' and (resseq 81:103 or resseq 106:107 or resseq...
811chain 'G' and (resseq 81:103 or resseq 106:107 or resseq...
112chain 'A' and (resseq 5:28 or resseq 30:36 or resseq 44:74)
212chain 'C' and (resseq 5:36 or resseq 44:57 or resseq 59:74)
312chain 'E' and (resseq 5:36 or resseq 44:74)
412chain 'G' and (resseq 5:36 or resseq 44:74)
113chain 'B' and (resseq 5:36 or resseq 44:74)
213chain 'F' and (resseq 5:36 or resseq 44:74)
114(chain 'I' and (resseq 2:25) and (name P or name...
214(chain 'K' and (resseq 2:25) and (name P or name...
115(chain 'J' and (resseq 2:25) and (name P or name...
215(chain 'L' and (resseq 2:25) and (name P or name...

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5

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要素

#1: タンパク質
Light-dependent transcriptional regulator CarH


分子量: 33323.250 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039) (バクテリア)
株: HB27 / ATCC BAA-163 / DSM 7039 / 遺伝子: TT_P0056 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Star pLysS / 参照: UniProt: Q746J7
#2: DNA鎖 26-mer DNA segment containing the CarH operator sequence (antisense strand)


分子量: 7998.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
#3: DNA鎖 26-mer DNA segment containing the CarH operator sequence (sense strand)


分子量: 7972.207 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Thermus thermophilus HB27 (バクテリア)
#4: 化合物
ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#5: 化合物
ChemComp-5AD / 5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン


分子量: 251.242 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O3

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 16% PEG 3350, 0.2 M L-Proline, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年11月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.89→100 Å / Num. obs: 38480 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.2 % / Rsym value: 0.098 / Net I/σ(I): 15.7
反射 シェル解像度: 3.89→3.99 Å / 冗長度: 12.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3 different models were used for MR: residues 83-270 of PDB ID 5C8A; residues 6-75 of PDB ID 5C8F, and a model of a 26-bp DNA segment with ideal geometry, generated using 3D-DART

5c8a

5c8f


解像度: 3.89→91.638 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 33.69 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2573 1863 4.86 %Random selection
Rwork0.2502 ---
obs0.2505 38338 99.56 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 172 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.89→91.638 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14500 2120 872 0 17492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00518329
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.78925519
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4346821
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0372893
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073290
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A1362X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B1362X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
13D1358X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
14C1355X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
15E1372X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
16F1368X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.061
17H1355X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.058
18G1361X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.024
21A378X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22C378X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.008
23E378X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.005
24G384X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.007
31B387X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32F387X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.003
41I264X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42K264X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
51J264X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52L264X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.004
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.89-3.99520.37991510.36282758X-RAY DIFFRACTION100
3.9952-4.11280.36451660.34512714X-RAY DIFFRACTION100
4.1128-4.24550.30031360.32382795X-RAY DIFFRACTION100
4.2455-4.39720.3081330.29552776X-RAY DIFFRACTION100
4.3972-4.57330.33931380.28062785X-RAY DIFFRACTION100
4.5733-4.78140.26441350.26492774X-RAY DIFFRACTION100
4.7814-5.03350.27781390.27542799X-RAY DIFFRACTION100
5.0335-5.34880.25641290.2782800X-RAY DIFFRACTION100
5.3488-5.76180.27391400.27632816X-RAY DIFFRACTION100
5.7618-6.34150.30511580.2862814X-RAY DIFFRACTION100
6.3415-7.25880.28371510.25932817X-RAY DIFFRACTION100
7.2588-9.1440.18551390.19982880X-RAY DIFFRACTION100
9.144-91.6630.2131480.19852947X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.84783.25121.73082.29071.4121.4838-0.20420.46160.7898-0.6560.141-0.2803-0.1004-0.24990.05411.85480.05380.17071.46610.13721.6435213.710763.2295-91.4571
21.3869-0.27630.0091.0998-0.79840.93960.2315-0.0060.7995-0.0787-0.2307-0.23580.01920.0054-0.01211.7025-0.03160.10251.4951-0.18641.6225203.046165.9482-64.6931
33.8087-1.0326-1.35770.51121.15730.60050.11610.2191-0.21840.006-0.1614-0.38560.2605-0.22720.1221.64730.02650.1561.57640.05821.9591213.504137.5455-77.0905
43.32251.8190.16594.5621-1.6451.81320.08350.6132-0.5208-1.0696-0.07280.1418-0.09520.00130.06952.12990.17710.04852.0647-0.21821.902216.30530.406-102.6438
56.12651.72590.2942.774-1.11851.0494-0.02870.3211-0.5535-0.06310.142-0.0939-0.25280.4526-0.161.5482-0.1573-0.02211.1651-0.1251.1323141.875629.8015-172.9145
63.036-0.7168-0.83253.67271.96181.03870.3884-0.6665-0.59870.6627-0.1699-0.5014-0.2710.437-0.20421.5039-0.1637-0.12871.18470.23541.1585152.263127.1478-147.3151
73.6185-1.13150.64421.314-0.08141.13660.20960.0140.02850.25290.01260.10590.24030.2387-0.2461.4867-0.0064-0.03931.1819-0.01251.2955142.27856.0495-158.4116
82.74052.3301-0.08434.07280.29981.27850.12980.48780.4565-1.0155-0.13260.76410.23330.0934-0.05051.73140.0004-0.07711.41140.19431.3143139.301663.154-183.7668
92.16860.55280.26951.17571.87692.74270.19750.2119-0.6149-0.30060.39820.08830.8513-2.8167-0.55432.1067-0.59190.12642.68750.05321.705176.076639.5569-60.7171
102.6471-0.2495-0.96892.3897-0.63817.41810.518-0.59890.7237-0.01360.6542-0.0264-0.61130.8839-1.12282.1499-0.3889-0.22582.4053-0.06932.0189180.371653.5499-142.1709
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B
3X-RAY DIFFRACTION3chain C
4X-RAY DIFFRACTION4chain D
5X-RAY DIFFRACTION5chain E
6X-RAY DIFFRACTION6chain F
7X-RAY DIFFRACTION7chain G
8X-RAY DIFFRACTION8chain H
9X-RAY DIFFRACTION9(chain I or chain J)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain K or chain L)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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