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- PDB-5c7r: Revealing surface waters on an antifreeze protein by fusion prote... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c7r
タイトルRevealing surface waters on an antifreeze protein by fusion protein crystallography
要素Fusion protein of Maltose-binding periplasmic protein and Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / fusion protein
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / extracellular region / membrane
類似検索 - 分子機能
Antifreeze, type III / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II ...Antifreeze, type III / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Zoarces americanus (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.94 Å
データ登録者Sun, T. / Gauthier, S. / Campbell, R.L. / Davies, P.L.
引用
ジャーナル: J.Phys.Chem.B / 年: 2015
タイトル: Revealing Surface Waters on an Antifreeze Protein by Fusion Protein Crystallography Combined with Molecular Dynamic Simulations.
著者: Sun, T. / Gauthier, S.Y. / Campbell, R.L. / Davies, P.L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2001
タイトル: Understanding the mechanism of ice binding by type III antifreeze proteins.
著者: Antson, A.A. / Smith, D.J. / Roper, D.I. / Lewis, S. / Caves, L.S. / Verma, C.S. / Buckley, S.L. / Lillford, P.J. / Hubbard, R.E.
履歴
登録2015年6月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22015年10月21日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / citation / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _citation.journal_id_CSD / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion protein of Maltose-binding periplasmic protein and Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
B: Fusion protein of Maltose-binding periplasmic protein and Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,2256
ポリマ－97,0242
非ポリマー1,2014
水9,728540
1
A: Fusion protein of Maltose-binding periplasmic protein and Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1133
ポリマ－48,5121
非ポリマー6012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Fusion protein of Maltose-binding periplasmic protein and Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1133
ポリマ－48,5121
非ポリマー6012
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.050, 110.800, 96.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.16, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Fusion protein of Maltose-binding periplasmic protein and Type-3 ice-structuring protein HPLC 12 / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Antifreeze protein QAE(HPLC 12) / ISP type III HPLC 12


分子量: 48512.152 Da / 分子数: 2
断片: UNP P0AEY0 residues 27-384, UNP P19614 residues 1-63
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Zoarces americanus (魚類)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: P19614, UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 540 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.4 / 詳細: 1.75 M (NH4)2SO4, 100 mM NaOAC (pH 4.4)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年8月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.94→48.2 Å / Num. obs: 72126 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.133 / Net I/σ(I): 9.36
反射 シェル解像度: 1.94→2 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 1.362 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 86.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HG7,3G7W

1hg7

3g7w


解像度: 1.94→48.158 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 24.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 2000 2.77 %
Rwork0.1764 --
obs0.178 72081 96.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.94→48.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6668 0 78 540 7286
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0127077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.329662
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2142594
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0541092
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061251
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9397-1.98820.3641260.3174462X-RAY DIFFRACTION86
1.9882-2.0420.29341390.25794979X-RAY DIFFRACTION97
2.042-2.10210.25211290.24074954X-RAY DIFFRACTION96
2.1021-2.16990.27211570.2214986X-RAY DIFFRACTION97
2.1699-2.24750.28091290.20475016X-RAY DIFFRACTION97
2.2475-2.33750.24571490.19764985X-RAY DIFFRACTION97
2.3375-2.44390.26871470.18694991X-RAY DIFFRACTION97
2.4439-2.57270.21041510.17825070X-RAY DIFFRACTION97
2.5727-2.73390.24521410.17985022X-RAY DIFFRACTION98
2.7339-2.94490.25911470.1835101X-RAY DIFFRACTION98
2.9449-3.24120.24441460.1865077X-RAY DIFFRACTION98
3.2412-3.71010.2221430.15395113X-RAY DIFFRACTION98
3.7101-4.67370.18231450.12965124X-RAY DIFFRACTION99
4.6737-48.17240.20951510.15095201X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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