PDB-5jjp: Crystal structure of CmiS6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jjp

タイトル

Crystal structure of CmiS6

要素

Nonribosomal peptide synthase

キーワード

LIGASE / Five-layered alpha-beta-alpha-beta-alpha sandwich fold / ATP-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

amino acid activation for nonribosomal peptide biosynthetic process / secondary metabolite biosynthetic process / ligase activity / phosphopantetheine binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces sp. MJ635-86F5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Cieslak, J. / Miyanaga, A. / Kudo, F. / Eguchi, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Biochemical characterization and structural insight into aliphatic beta-amino acid adenylation enzymes IdnL1 and CmiS6
著者: Cieslak, J. / Miyanaga, A. / Takaku, R. / Takaishi, M. / Amagai, K. / Kudo, F. / Eguchi, T.

履歴

登録	2016年4月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年6月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / diffrn_source Item: _citation.country / _citation.journal_id_ASTM ..._citation.country / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jjp.cif.gz	330.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jjp.ent.gz	263.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jjp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jjp_validation.pdf.gz	470.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jjp_full_validation.pdf.gz	483.1 KB	表示
XML形式データ	5jjp_validation.xml.gz	59.1 KB	表示
CIF形式データ	5jjp_validation.cif.gz	84.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/5jjp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/5jjp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jjqC 3wv4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3mzs-4 6h1b-5 4k4h-3 6jnc-d 1ty2-1 1zb7-d 6dwn-4 4pc0-2 3lm8-5 6jna-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Nonribosomal peptide synthase

B: Nonribosomal peptide synthase

C: Nonribosomal peptide synthase

D: Nonribosomal peptide synthase

235 kDa, 4 ポリマー
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1

A: Nonribosomal peptide synthase

登録者が定義した集合体
58.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Nonribosomal peptide synthase

登録者が定義した集合体
58.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Nonribosomal peptide synthase

登録者が定義した集合体
58.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Nonribosomal peptide synthase

登録者が定義した集合体
58.6 kDa, 1 ポリマー
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5

A: Nonribosomal peptide synthase

D: Nonribosomal peptide synthase

ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 2 ポリマー
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6

B: Nonribosomal peptide synthase

C: Nonribosomal peptide synthase

ソフトウェアが定義した集合体
117 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.290, 109.210, 198.450
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PRO	PRO	A	A	3 - 423	19 - 439
2	1	PRO	PRO	B	B	3 - 423	19 - 439
1	2	SER	SER	A	A	2 - 423	18 - 439
2	2	SER	SER	C	C	2 - 423	18 - 439
1	3	SER	SER	A	A	2 - 423	18 - 439
2	3	SER	SER	D	D	2 - 423	18 - 439
1	4	PRO	PRO	B	B	3 - 423	19 - 439
2	4	PRO	PRO	C	C	3 - 423	19 - 439
1	5	PRO	PRO	B	B	3 - 423	19 - 439
2	5	PRO	PRO	D	D	3 - 423	19 - 439
1	6	SER	SER	C	C	2 - 423	18 - 439
2	6	SER	SER	D	D	2 - 423	18 - 439

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Nonribosomal peptide synthase 分子量: 58631.762 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces sp. MJ635-86F5 (バクテリア) 遺伝子: cmiS6 / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: X5IJ97
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.84 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG20000, MES, magnesium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月21日
放射	モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→56.45 Å / Num. obs: 81297 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 8.8
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.666 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 98.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0029	精密化
iMOSFLM	1.0.7	データ削減
SCALA	3.3.20	データスケーリング
MOLREP	11.0.05	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WV4

3wv4

解像度: 2.3→55.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.924 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / SU B: 6.86 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.234 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24368	4062	5 %	RANDOM
R_work	0.20647	-	-	-
obs	0.20828	77160	98.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.38 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.74 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.92 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.3→55.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12438	0	0	509	12947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	12752
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	12216
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.586	1.985	17388
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.227	3	28023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.186	5	1626
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.228	21.881	553
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.661	15	1854
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.012	15	140
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.095	0.2	1932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	14521
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2905
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	24391	0.08
1	2	B	24391	0.08
2	1	A	23134	0.06
2	2	C	23134	0.06
3	1	A	24464	0.08
3	2	D	24464	0.08
4	1	B	23109	0.07
4	2	C	23109	0.07
5	1	B	24565	0.07
5	2	D	24565	0.07
6	1	C	23448	0.05
6	2	D	23448	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.301	292	-
R_work	0.259	5623	-
obs	-	-	98.71 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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