PDB-5c6p: protein C

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c6p

タイトル

protein C

要素

protein C
protein D

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / protein

機能・相同性

機能・相同性情報

cell-substrate junction assembly / antiporter activity / proteoglycan binding / extracellular matrix structural constituent / xenobiotic transmembrane transporter activity / monoatomic ion transport / cell-matrix adhesion / integrin binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Neisseria gonorrhoeae (淋菌)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3 Å

データ登録者

Lu, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Structural basis for the blockade of MATE multidrug efflux pumps.
著者: Radchenko, M. / Symersky, J. / Nie, R. / Lu, M.

履歴

登録	2015年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c6p.cif.gz	232.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c6p.ent.gz	187.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c6p.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c6p_validation.pdf.gz	756.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c6p_full_validation.pdf.gz	837.3 KB	表示
XML形式データ	5c6p_validation.xml.gz	24.6 KB	表示
CIF形式データ	5c6p_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c6p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c6p	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c6nC 5c6oC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4hum-d 4huk-d 4hul-d 4hun-d 3h9c-d 5mu7-d 1pfw-d 1d0x-d 3r9p-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#185 - 2015年5月タイチン (Titin) 類似性 (1) #52 - 2004年4月成長ホルモン (Growth Hormone) 類似性 (1) #141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: protein C

B: protein D

ヘテロ分子

61.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	117.642, 117.642, 225.989
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	protein C / Putative efflux pump protein 分子量: 49717.574 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (strain ATCC 700825 / FA 1090) (淋菌) 株: ATCC 700825 / FA 1090 / 遺伝子: NGO0395 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5F9J8
#2: タンパク質	protein D 分子量: 10916.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1E1G6
#3: 化合物	ChemComp-4YH / (2S)-2-(3,4-dimethoxyphenyl)-5-{[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethyl](methyl)amino}-2-(propan-2-yl)pentanenitrile / (-)-ベラパミル分子量: 454.602 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₈N₂O₄

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 7.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 83.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3→100 Å / Num. obs: 33124 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 20

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
REFMAC	精密化
HKL-2000	データ削減
HKL-2000	データスケーリング
SHARP	位相決定

精密化

解像度: 3→20 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	-	-
R_work	0.28	-	-
obs	-	31380	91 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4215	0	33	0	4248

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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