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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hun | ||||||
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Title | MATE transporter NorM-NG in complex with R6G and monobody | ||||||
![]() |
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![]() | TRANSPORT PROTEIN | ||||||
Function / homology | ![]() : / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Lu, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Structures of a Na+-coupled, substrate-bound MATE multidrug transporter. Authors: Lu, M. / Symersky, J. / Radchenko, M. / Koide, A. / Guo, Y. / Nie, R. / Koide, S. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 232.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 189.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 659.5 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 741.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 32.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 43.4 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 49717.574 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() |
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#2: Protein | Mass: 10916.989 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
#3: Chemical | ChemComp-RHQ / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 7.4 Å3/Da / Density % sol: 83.38 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 / Details: PEG, pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 1 / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2010 |
Radiation | Monochromator: 1 A / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.59→60 Å / Num. all: 22000 / Num. obs: 21652 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 3.59→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.907 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.907 / SU B: 99.088 / SU ML: 0.579 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 1.22 / ESU R Free: 0.544 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 178.253 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.59→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.588→3.678 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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