+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4hum | ||||||
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Title | MATE transporter NorM-NG in complex with ethidium and monobody | ||||||
Components |
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Keywords | TRANSPORT PROTEIN | ||||||
Function / homology | Function and homology information Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta Similarity search - Domain/homology | ||||||
Biological species | Neisseria gonorrhoeae (bacteria) Escherichia coli (E. coli) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / AB INITIO PHASING / Resolution: 3.49 Å | ||||||
Authors | Lu, M. | ||||||
Citation | Journal: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / Year: 2013 Title: Structures of a Na+-coupled, substrate-bound MATE multidrug transporter. Authors: Lu, M. / Symersky, J. / Radchenko, M. / Koide, A. / Guo, Y. / Nie, R. / Koide, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4hum.cif.gz | 232 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4hum.ent.gz | 188.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4hum.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/4hum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/hu/4hum | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 49717.574 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Neisseria gonorrhoeae (bacteria) / Gene: NGTW08_0430 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: E8SM44 |
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#2: Protein | Mass: 10916.989 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Escherichia coli (E. coli) / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: M1E1G6*PLUS |
#3: Chemical | ChemComp-ET / |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 7.67 Å3/Da / Density % sol: 83.96 % |
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Crystal grow | Temperature: 300 K / Method: vapor diffusion / pH: 8 / Details: PEG, pH 8, VAPOR DIFFUSION, temperature 300K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 23-ID-D / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 1 / Detector: CCD / Date: Jan 1, 2010 |
Radiation | Monochromator: 1 / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.49→60 Å / Num. all: 25000 / Num. obs: 24111 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: AB INITIO PHASING / Resolution: 3.49→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.906 / SU B: 86.677 / SU ML: 0.563 / Cross valid method: THROUGHOUT / ESU R: 0.947 / ESU R Free: 0.508 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 194.93 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.49→20 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 3.493→3.581 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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