PDB-5c6m: Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Shewanel...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5c6m

タイトル

Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from Shewanella halifaxensis

要素

Deoxyribose-phosphate aldolase

キーワード

LYASE / DERA / TIM barrel / psychrophilic

機能・相同性

機能・相同性情報

deoxyribose-phosphate aldolase / deoxyribose-phosphate aldolase activity / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / deoxyribonucleotide catabolic process / carbohydrate catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella halifaxensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.76 Å

データ登録者

Weiergraeber, O.H. / Dick, M. / Bramski, J. / Pietruszka, J.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Trading off stability against activity in extremophilic aldolases.
著者: Dick, M. / Weiergraber, O.H. / Classen, T. / Bisterfeld, C. / Bramski, J. / Gohlke, H. / Pietruszka, J.

履歴

登録	2015年6月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5c6m.cif.gz	393.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5c6m.ent.gz	321.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5c6m.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5c6m_validation.pdf.gz	456.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5c6m_full_validation.pdf.gz	464.7 KB	表示
XML形式データ	5c6m_validation.xml.gz	44.6 KB	表示
CIF形式データ	5c6m_validation.cif.gz	66.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c6m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c6/5c6m	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5c2xSC 5c5yC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5c5y-1 3npv-d 1ktn-d 5c5y-2 1p1x-d 1jcl-d 1ytk-d 3q2d-d 5kdd-d 5c2x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

C: Deoxyribose-phosphate aldolase

D: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

113 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxyribose-phosphate aldolase

B: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Deoxyribose-phosphate aldolase

D: Deoxyribose-phosphate aldolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
56.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	154.030, 52.510, 143.210
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 122.340, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Deoxyribose-phosphate aldolase / DERA / 2-deoxy-D-ribose 5-phosphate aldolase / Phosphodeoxyriboaldolase / Deoxyriboaldolase 分子量: 28180.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella halifaxensis (バクテリア) 遺伝子: deoC, Shal_3136 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B0TQ91, deoxyribose-phosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 922 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG 6000, lithium chloride, sodium acetate, MES buffer

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月21日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.76→48.7 Å / Num. obs: 95913 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 23.44 Å² / R_merge F obs: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.068 / R_rim(I) all: 0.078 / Χ²: 0.997 / Net I/σ(I): 12.33 / Num. measured all: 391576

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.76-1.81		4.2	0.705	0.698	2.04	29476	7110	7080	0.801	99.6
1.81-1.86			0.814	0.565	2.48	28057	6872	6846	0.649	99.6
1.86-1.91			0.863	0.461	3.07	27008	6695	6642	0.529	99.2
1.91-1.97			0.896	0.355	3.85	25058	6563	6499	0.411	99
1.97-2.03			0.94	0.278	4.84	25223	6365	6334	0.32	99.5
2.03-2.1			0.964	0.217	6.43	25953	6092	6077	0.248	99.8
2.1-2.18			0.977	0.172	7.81	24995	5900	5887	0.196	99.8
2.18-2.27			0.982	0.143	9.36	24103	5726	5702	0.163	99.6
2.27-2.37			0.985	0.126	10.44	22834	5469	5437	0.144	99.4
2.37-2.49			0.988	0.108	11.69	20944	5226	5178	0.124	99.1
2.49-2.62			0.992	0.084	14.1	19122	5031	4987	0.097	99.1
2.62-2.78			0.995	0.072	17.43	20218	4675	4662	0.082	99.7
2.78-2.97			0.996	0.06	20.12	18632	4426	4407	0.069	99.6
2.97-3.21			0.996	0.051	22.78	17152	4144	4132	0.058	99.7
3.21-3.52			0.997	0.044	26.06	15077	3844	3804	0.051	99
3.52-3.94			0.998	0.037	28.63	12472	3451	3407	0.043	98.7
3.94-4.54			0.998	0.035	32.49	12753	3084	3067	0.039	99.4
4.54-5.57			0.998	0.034	32.54	10453	2608	2587	0.039	99.2
5.57-7.87			0.998	0.034	30.45	7280	2049	2013	0.039	98.2
	7.87		0.999	0.029	36.96	4766	1181	1165	0.033	98.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
XDS	データ削減
XSCALE	データスケーリング
MOLREP	位相決定
PHENIX	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5C2X

5c2x

解像度: 1.76→48.7 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 20.41 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1983	4796	5 %	Random selection
R_work	0.1681	91106	-	-
obs	0.1696	95902	99.54 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 112.87 Å² / B_iso mean: 39.67 Å² / B_iso min: 11.68 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.76→48.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7227	0	6	922	8155
B_iso mean	-	-	33.99	42.51	-
残基数	-	-	-	-	990

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	7476
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.927	10188
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.038	1242
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1335
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.414	2675

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.76-1.78	0.3028	157	0.2732	2981	X-RAY DIFFRACTION	99
1.78-1.8009	0.2618	160	0.2537	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8009-1.8229	0.2863	158	0.2525	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8229-1.846	0.2906	159	0.23	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
1.846-1.8702	0.2532	160	0.2299	3038	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8702-1.8959	0.2648	158	0.2214	3007	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8959-1.9229	0.2467	157	0.2177	2970	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9229-1.9517	0.2926	159	0.2065	3020	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9517-1.9821	0.2618	158	0.2084	3014	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9821-2.0146	0.232	160	0.1992	3025	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0146-2.0494	0.2262	158	0.1916	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0494-2.0867	0.2142	163	0.1798	3080	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0867-2.1268	0.2057	157	0.1751	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1268-2.1702	0.1865	160	0.1677	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1702-2.2174	0.2118	160	0.1684	3040	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2174-2.269	0.2224	160	0.1667	3037	X-RAY DIFFRACTION	100
2.269-2.3257	0.2238	159	0.1703	3033	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3257-2.3886	0.2129	161	0.1745	3045	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3886-2.4589	0.2078	157	0.176	2995	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4589-2.5382	0.2238	160	0.173	3034	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5382-2.629	0.1799	161	0.1584	3059	X-RAY DIFFRACTION	99
2.629-2.7342	0.1787	158	0.1658	2999	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7342-2.8586	0.2073	160	0.1691	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8586-3.0093	0.2099	161	0.1752	3069	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0093-3.1978	0.1842	160	0.1792	3041	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1978-3.4447	0.2113	162	0.1655	3072	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4447-3.7912	0.1771	160	0.1464	3040	X-RAY DIFFRACTION	99
3.7912-4.3395	0.1715	163	0.1339	3095	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3395-5.4661	0.1692	162	0.139	3081	X-RAY DIFFRACTION	99
5.4661-48.7138	0.1469	168	0.1525	3178	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4709	-0.3889	0.0181	1.2934	0.206	0.9545	-0.05	-0.0269	0.0713	0.0667	0.0722	-0.1035	-0.0591	0.1923	-0.0228	0.1417	-0.014	0.0092	0.1534	-0.0004	0.1447	18.001	53.2744	45.9512
2	1.514	-0.0114	-0.0784	1.2316	-0.0975	1.147	-0.0411	0.0244	-0.0195	0.0264	0.0498	0.1052	0.0351	-0.215	-0.01	0.1478	-0.0088	0.0129	0.1637	0.0047	0.1605	-15.4779	36.1082	43.7965
3	2.7669	-0.5563	-0.6808	2.0987	0.4836	1.9041	-0.0367	0.3754	-0.4036	-0.328	-0.0432	0.0708	0.1145	0.0728	0.0709	0.2707	0.037	-0.0139	0.3422	-0.0784	0.2006	35.81	24.4569	15.0538
4	2.0748	0.244	0.8657	1.4935	-0.1253	1.9377	0.0765	-0.1211	-1.1051	-0.0473	0.2318	0.4252	0.1034	-0.5271	-0.2772	0.3895	0.0023	-0.0357	0.6711	0.0137	0.9363	-1.8447	20.2049	15.9126

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and resid 1:248	A	1 - 248
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B and resid 1:248	B	1 - 248
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C and resid 2:247	C	2 - 247
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D and resid 2:249	D	2 - 249

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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万見 (Yorodumi)