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- PDB-5c6e: Joint X-ray/neutron structure of equine cyanomet hemoglobin in R state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c6e
タイトルJoint X-ray/neutron structure of equine cyanomet hemoglobin in R state
要素
  • Hemoglobin subunit alpha
  • Hemoglobin subunit beta
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Equine Hemoglobin / R-State
機能・相同性
機能・相同性情報


hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / oxygen binding / iron ion binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin ...Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CYANIDE ION / DEUTERATED WATER / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Hemoglobin subunit alpha / Hemoglobin subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Dajnowicz, S. / Sean, S. / Hanson, B.L. / Fisher, S.Z. / Langan, P. / Kovalevsky, A.Y. / Mueser, T.C.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)1R01GM071939-01 米国
National Science Foundation (NSF, United States)446218 米国
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Visualizing the Bohr effect in hemoglobin: neutron structure of equine cyanomethemoglobin in the R state and comparison with human deoxyhemoglobin in the T state.
著者: Dajnowicz, S. / Seaver, S. / Hanson, B.L. / Fisher, S.Z. / Langan, P. / Kovalevsky, A.Y. / Mueser, T.C.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2009
タイトル: Generalized X-ray and neutron crystallographic analysis: more accurate and complete structures for biological macromolecules.
著者: Adams, P.D. / Mustyakimov, M. / Afonine, P.V. / Langan, P.
履歴
登録2015年6月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name
改定 1.32018年4月25日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.source / _diffrn_source.type
改定 1.42019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4566
ポリマ－31,1712
非ポリマー1,2854
水2,216123
1
A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子

A: Hemoglobin subunit alpha
B: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,91112
ポリマ－62,3414
非ポリマー2,5708
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area46020 Å2
ΔGint-119 kcal/mol
Surface area18880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.860, 63.160, 54.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.75, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15138.280 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P01958
#2: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 16032.274 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P02062
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 化合物 ChemComp-CYN / CYANIDE ION / シアニド


分子量: 26.017 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CN
#5: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O

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実験情報

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実験

実験
手法使用した結晶の数
X線回折1
中性子回折1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 %
結晶化温度: 290 K / 手法: batch mode / pH: 7.2 / 詳細: ammonium sulfate,HEPES

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12931
22931
放射光源
由来サイトビームラインタイプID波長
回転陽極RIGAKU FR-E11.54
NUCLEAR REACTORLANSCE PCS20.7-6.0
検出器
タイプID検出器日付詳細
RIGAKU RAXIS IV++1IMAGE PLATE2009年9月16日Osmic Confocal Multilayer
3HE POSITION SENSITIVE DETECTOR2AREA DETECTOR2009年11月25日SERIES OF COLLIMATORS
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2neutron2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.541
20.71
361
反射

Entry-ID: 5C6E

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-IDNet I/σ(I)
1.7-30.23583994.63.80.064112.9
2-21.581878080.22.70.24223.5
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.7-1.793.80.2873.9191.1
2-2.111.90.3561.4267.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMLAUENORMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNSnCNS 1.0.0位相決定
nCNS1.0.0精密化
精密化

交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.5 / 構造決定の手法: 分子置換

解像度 (Å)Refine-IDRfactor RfreeRfactor Rfree errorRfactor RworkNum. reflection RfreeNum. reflection obs% reflection Rfree (%)% reflection obs (%)Diffraction-IDR Free selection details
1.7-30.2X-RAY DIFFRACTION0.2330.0050.211697339145.188.81
2-21.58NEUTRON DIFFRACTION0.3340.030.30175918780579.62RANDOM
Refine analyze
Refine-ID#notag 0
X-RAY DIFFRACTION
FreeObs
Luzzati coordinate error0.220.2
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a0.120.15
Luzzati d res high-1.7
NEUTRON DIFFRACTION
FreeObs
Luzzati coordinate error0.450.41
Luzzati d res low-5
Luzzati sigma a0.80.77
Luzzati d res high-2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→30.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2203 0 90 123 2416
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg16.3
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg42.05
NEUTRON DIFFRACTIONx_bond_d0.008
NEUTRON DIFFRACTIONx_angle_deg1.1
NEUTRON DIFFRACTIONx_torsion_deg16.3
NEUTRON DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg42.05
LS精密化 シェル

Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRefine-IDRfactor Rfree error% reflection obs (%)
1.7-1.780.2541745.30.2744731X-RAY DIFFRACTION0.01967.2
2-2.090.4136350.4182960NEUTRON DIFFRACTION0.05342.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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