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万見
- PDB-5c51: Probing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectiv... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c51
タイトルProbing the Structural and Molecular Basis of Nucleotide Selectivity by Human Mitochondrial DNA Polymerase gamma
要素
  • (DNA polymerase subunit gamma- ...) x 2
  • DNA
  • DNA (5'-D(*(AD)P*AP*AP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*C)-3')
キーワードtransferase/dna / Nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTIs) / HIV RT / human mitochondrial DNA polymerase / mitochondrial toxicity / drug efficacy and toxicity / transferase-dna complex
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ ...gamma DNA polymerase complex / mitochondrial DNA replication / positive regulation of DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication proofreading / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA metabolic process / DNA polymerase processivity factor activity / mitochondrial nucleoid / 付加脱離酵素（リアーゼ）; 炭素-酸素リアーゼ類; その他の炭素-酸素リアーゼ / 5'-deoxyribose-5-phosphate lyase activity / DNA polymerase binding / base-excision repair, gap-filling / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-templated DNA replication / double-stranded DNA binding / protease binding / in utero embryonic development / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / protein-containing complex / mitochondrion / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA-directed DNA-polymerase, family A, mitochondria / DNA mitochondrial polymerase, exonuclease domain / : / DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / DNA polymerase family A ...DNA-directed DNA-polymerase, family A, mitochondria / DNA mitochondrial polymerase, exonuclease domain / : / DNA mitochondrial polymerase exonuclease domain / POLG2, C-terminal / Glycyl-tRNA synthetase/DNA polymerase subunit gamma-2 / Anticodon-binding domain / Anticodon-binding / Anticodon binding domain / DNA polymerase family A / DNA-directed DNA polymerase, family A, conserved site / DNA polymerase family A signature. / Anticodon-binding domain superfamily / DNA-directed DNA polymerase, family A, palm domain / DNA polymerase A domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Ribonuclease H-like superfamily / DNA/RNA polymerase superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1RY / DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase subunit gamma-1 / DNA polymerase subunit gamma-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Virus Chimp162 (ウイルス)
DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.426 Å
データ登録者Sohl, C.D. / Szymanski, M.R. / Mislak, A.C. / Shumate, C.K. / Amiralaei, S. / Schinazi, R.F. / Anderson, K.S. / Whitney, Y.Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Probing the structural and molecular basis of nucleotide selectivity by human mitochondrial DNA polymerase gamma.
著者: Sohl, C.D. / Szymanski, M.R. / Mislak, A.C. / Shumate, C.K. / Amiralaei, S. / Schinazi, R.F. / Anderson, K.S. / Yin, Y.W.
履歴
登録2015年6月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月18日Group: Other

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase subunit gamma-1
B: DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
C: DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial
P: DNA (5'-D(*(AD)P*AP*AP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*C)-3')
T: DNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)261,0048
ポリマ－260,4685
非ポリマー5363
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16790 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area84890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)215.049, 215.049, 161.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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DNA polymerase subunit gamma- ... , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 DNA polymerase subunit gamma-1 / Mitochondrial DNA polymerase catalytic subunit / PolG-alpha


分子量: 136033.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLG, MDP1, POLG1, POLGA / 細胞株 (発現宿主): sf9
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: P54098, DNA-directed DNA polymerase
#2: タンパク質 DNA polymerase subunit gamma-2, mitochondrial / DNA polymerase gamma accessory 55 kDa subunit / p55 / Mitochondrial DNA polymerase accessory ...DNA polymerase gamma accessory 55 kDa subunit / p55 / Mitochondrial DNA polymerase accessory subunit / MtPolB / PolG-beta


分子量: 54991.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POLG2, MTPOLB
発現宿主: Insect cell expression vector pTIE1 (その他)
参照: UniProt: Q9UHN1, DNA-directed DNA polymerase

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DNA鎖 , 2種, 2分子 PT

#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*(AD)P*AP*AP*AP*CP*GP*AP*GP*GP*GP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*CP*CP*GP*TP*AP*C)-3')


分子量: 6779.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: AAAACGAGGGCCAGTGCCGTAC / 由来: (合成) Virus Chimp162 (ウイルス)
#4: DNA鎖 DNA


分子量: 7672.917 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)

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非ポリマー , 2種, 3分子

#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物 ChemComp-1RY / [[(2R,5S)-5-(4-azanyl-5-fluoranyl-2-oxidanylidene-pyrimidin-1-yl)-1,3-oxathiolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] phosphono hydrogen phosphate / (-)-FTC三りん酸


分子量: 487.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H13FN3O12P3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.62 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG4000, KCl, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.42→50 Å / Num. obs: 50770 / % possible obs: 95 % / 冗長度: 8 % / Net I/σ(I): 2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 3.426→47.017 Å / SU ML: 0.66 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 43.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3449 1990 3.94 %
Rwork0.3149 --
obs0.3161 50478 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.426→47.017 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13634 957 30 0 14621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00315078
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.75520629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8695658
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0282222
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042473
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.426-3.51170.47291190.47662879X-RAY DIFFRACTION83
3.5117-3.60660.50751420.43413450X-RAY DIFFRACTION100
3.6066-3.71270.46181440.42793490X-RAY DIFFRACTION100
3.7127-3.83250.48411410.43953452X-RAY DIFFRACTION100
3.8325-3.96940.44861430.3863469X-RAY DIFFRACTION99
3.9694-4.12820.39721420.37233458X-RAY DIFFRACTION100
4.1282-4.3160.39131410.36213478X-RAY DIFFRACTION99
4.316-4.54340.37251430.35183472X-RAY DIFFRACTION99
4.5434-4.82770.38121400.33483482X-RAY DIFFRACTION99
4.8277-5.20010.33581440.32583495X-RAY DIFFRACTION99
5.2001-5.72250.37171450.32573536X-RAY DIFFRACTION100
5.7225-6.54870.34181450.33533549X-RAY DIFFRACTION100
6.5487-8.24340.31421480.30673606X-RAY DIFFRACTION100
8.2434-47.02170.28151530.23653672X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.102-0.08390.18310.8926-0.79623.09740.0653-0.1935-0.1652-0.1288-0.1695-0.35760.40470.3390.01561.33610.007-0.02281.10070.13831.599363.9798-35.592624.5051
2-1.2034-1.0778-1.61453.62030.96781.47070.25520.0378-0.4105-0.3677-0.17280.39490.00330.01910.03731.0179-0.1565-0.11551.19070.19341.609245.9603-1.295927.7705
31.8007-0.5631.17610.865-0.1068-0.53650.28860.54330.1835-0.4874-0.09750.18720.25670.00690.01431.607-0.0958-0.04181.24860.18690.97953.3172-28.07650.8368
48.494-0.6086-0.02824.96110.12220.3817-0.5115-0.91360.65620.19340.4807-0.8537-0.29410.6229-0.1621.45140.07920.2581.08960.13340.45868.469228.221730.0144
54.37541.0847-1.23382.76570.67823.12010.4110.47-0.8822-0.6642-0.3419-0.09620.26660.04210.12681.34030.03080.19091.19680.09371.108468.217321.100319.8683
67.26490.00294.47075.9729-3.00314.2524-0.7776-0.02330.90381.11472.2152-2.8945-0.96071.99990.48051.45520.64020.57962.120.16062.154392.664420.768420.4487
72.54680.4143-4.04512.2710.16286.54730.0184-0.2195-0.2686-0.1726-0.2356-1.2804-0.2590.34860.29060.98430.12520.08281.043-0.01551.182871.305819.527223.5905
84.64143.84540.80776.1554-2.81633.8229-0.07621.64761.47230.0622-0.07010.117-0.5827-1.770.3421.40970.16430.331.44760.17731.561641.993123.894939.2003
93.25022.9380.346.8202-1.18698.6627-0.1080.1333-0.07481.0243-0.15110.7541-1.022-0.90490.27691.39370.07360.21631.29330.2171.544644.706821.420849.1116
104.1231-3.77322.57025.0159-3.69534.8250.83910.1569-0.1993-0.4285-1.36161.11760.1955-0.10330.03881.326-0.2408-0.16691.1883-0.0841.730377.827933.477842.118
116.9109-3.22512.24679.20892.02812.7528-0.58060.18151.31550.51580.2005-0.77-0.57740.19530.31661.7048-0.0227-0.13521.05750.2381.303668.094744.31849.9472
123.2425-1.4022-0.81394.32472.08782.56470.0840.16320.4197-0.36140.226-0.6426-0.24810.3787-0.58451.42370.0056-0.25371.24170.28591.163781.94677.437550.1192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 78 through 417 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 418 through 894 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 895 through 1228 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 68 through 205 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 206 through 306 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 307 through 325 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 326 through 352 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 353 through 395 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 396 through 485 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 67 through 186 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 187 through 353 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 354 through 485 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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