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万見
- PDB-5c2b: anti-CXCL13 parental scFv - 3B4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5c2b
タイトルanti-CXCL13 parental scFv - 3B4
要素scFv 3B4
キーワードIMMUNE SYSTEM / anti-CXCL13 / scFv
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin heavy variable 1-69D / IGH + IGL c465_light_IGLV2-14_IGLJ1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4049 Å
データ登録者Tu, C. / Bard, J. / Mosyak, L.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Optimization of a scFv-based biotherapeutic by CDR side-chain clash repair
著者: Tu, C. / Terrabube, V. / Tam, A. / Stochaj, W. / Fennell, B. / Lin, L. / Stahl, M. / LaVallie, E. / Somers, W. / Finlay, W. / Mosyak, L. / Bard, J. / Cunningham, O.
履歴
登録2015年6月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月1日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02019年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_torsion / struct / struct_asym / struct_biol / struct_conf / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.label_seq_id / _atom_site.occupancy / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_seq_id / _entity_poly_seq.entity_id / _entity_poly_seq.num / _entity_src_gen.entity_id / _entity_src_gen.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_end_seq_num / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_src_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_asym_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.asym_id / _pdbx_poly_seq_scheme.entity_id / _pdbx_poly_seq_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.seq_id / _pdbx_struct_assembly.details / _pdbx_struct_assembly.method_details / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_asym_id / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _pdbx_validate_torsion.auth_asym_id / _pdbx_validate_torsion.auth_seq_id / _struct.pdbx_descriptor / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.beg_auth_seq_id / _struct_conf.beg_label_asym_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_asym_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.beg_auth_seq_id / _struct_sheet_range.beg_label_asym_id / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_asym_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id
改定 3.02020年6月17日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms ...atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_special_symmetry / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id ..._atom_site.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_struct_special_symmetry.auth_seq_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 3.12024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: scFv 3B4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6664
ポリマ－26,5601
非ポリマー1063
水6,449358
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area390 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area11300 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)131.900, 133.500, 44.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-1320-

HOH

21H-1440-

HOH

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要素

#1: 抗体 scFv 3B4


分子量: 26559.936 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株: HEK293 / 遺伝子: IGHV1-69D, IGHV1-69-2 / 細胞株 (発現宿主): HEK293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A0B4J2H0, UniProt: A0A5C2GBJ8
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 66 % / 解説: very nice brick like
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: The concentration of 3B4 was 11 mg/ml in 20 mM Tris, pH 7.5 and 150 mM NaCl. Each drop contained 0.15 ul 3B4 and 0.15 ul reservoir solution containing 100 mM HEPES, pH 7.5 and 4300 mM NaCl.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4049→50 Å / Num. obs: 77347 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 1.4049→1.48 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.542 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: E10

解像度: 1.4049→32.975 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.93 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1944 3850 4.98 %Random selection
Rwork0.1791 ---
obs0.1798 77314 99.68 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4049→32.975 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1806 0 3 358 2167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061976
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0672716
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.698729
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004352
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.4049-1.42210.28661350.26462475X-RAY DIFFRACTION96
1.4221-1.44010.27481390.2432620X-RAY DIFFRACTION100
1.4401-1.4590.26971310.2462562X-RAY DIFFRACTION100
1.459-1.4790.28081420.23322603X-RAY DIFFRACTION100
1.479-1.50010.25231320.22492615X-RAY DIFFRACTION100
1.5001-1.52250.25521300.21722574X-RAY DIFFRACTION100
1.5225-1.54630.26731440.21032660X-RAY DIFFRACTION100
1.5463-1.57170.25031380.212571X-RAY DIFFRACTION100
1.5717-1.59880.23041350.20122620X-RAY DIFFRACTION100
1.5988-1.62780.22161360.19952597X-RAY DIFFRACTION100
1.6278-1.65920.22031390.18942627X-RAY DIFFRACTION100
1.6592-1.6930.19411370.18272579X-RAY DIFFRACTION100
1.693-1.72980.22431330.18622653X-RAY DIFFRACTION100
1.7298-1.77010.17771440.18162581X-RAY DIFFRACTION100
1.7701-1.81430.20261310.18562618X-RAY DIFFRACTION100
1.8143-1.86340.21761400.1812623X-RAY DIFFRACTION100
1.8634-1.91820.17931360.17632615X-RAY DIFFRACTION100
1.9182-1.98010.2011400.17462622X-RAY DIFFRACTION100
1.9801-2.05090.18291360.16732652X-RAY DIFFRACTION100
2.0509-2.1330.16561350.1682650X-RAY DIFFRACTION100
2.133-2.230.20691380.17522616X-RAY DIFFRACTION100
2.23-2.34760.19481390.18882635X-RAY DIFFRACTION100
2.3476-2.49460.16831400.19062637X-RAY DIFFRACTION100
2.4946-2.68710.20241340.19442638X-RAY DIFFRACTION100
2.6871-2.95740.20231390.18832667X-RAY DIFFRACTION100
2.9574-3.3850.19811380.18512667X-RAY DIFFRACTION100
3.385-4.26330.17641420.14392684X-RAY DIFFRACTION99
4.2633-32.98410.16811470.16442803X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)詳細Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2805-1.5347-0.85314.01721.55311.6197-0.0341-0.0129-0.17560.1706-0.07060.27770.1808-0.13030.1030.15780.01670.01170.16510.00190.1405scFv heavy chain34.822319.120911.8111
22.86450.1904-0.41381.7781-0.34121.20410.06280.0247-0.0222-0.0412-0.00320.1022-0.02320.0083-0.0450.09210.02840.01220.08930.00720.1006scFv light chain55.10614.56849.3845
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain H
2X-RAY DIFFRACTION2chain L

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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